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2023
04-15

解读神秘的eRNA

在发育和分化过程中基因的表达涉及许多顺式调控DNA元件和反式作用蛋白的复杂机制的调控。调节基因转录的顺式调控DNA元件是启动子，绝缘子，增强子和沉默子。最近，一类被称为增强子RNA（eRNA）的增强子转录的ncRNA被发现，eRNA的长度为0.5-5kb，因此可以分类为lncRNA。启动子是基因近端调控DNA元件，包括基础启动子元件。 基础启动子与一般转录因子相关联，招募和定位RN...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
2023
04-05

高通量测序与增强子相关研究

对增强子、超级增强子相关研究作个汇总。1 增强子鉴定寻找目标增强子是研究增强子的第一步，也是引出下游分析及试验的开端。那么，如何寻找基因组中潜在的增强子区域呢？组蛋白修饰的ChIP-seq分析组蛋白修饰能预测染色质的类型、区分基因组功能元件，例如H3K4me1、H3K27ac通常在增强子区域存在富集。一般而言，当增强子区只有H3K4me1富集时，该增强子处于平衡...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2023
04-05

eRNA与Super Enhancer RNA在转录调控中扮演的角色

增强子是真核生物中关键的顺式作用基因调控元件，能有效地促进基因表达。它们可以通过作为转录因子和辅助因子的结合平台来维持转录的精确控制。超级增强子是由一簇典型增强子串联组成的具有更强转录调控能力的顺式元件。而全基因组分析发现增强子和超级增强子可以普遍进行转录，产生eRNA和SE-lncRNA。它们都具有组织表达特异性，而且在影响增强子活性和其他不同机制来调控着基因表达。这两年e...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
2023
03-02

怎么使用ROSE鉴定超级增强子

本篇文章给大家分享的是有关怎么使用ROSE鉴定超级增强子，小编觉得挺实用的，因此分享给大家学习，希望大家阅读完这篇文章后可以有所收获，话不多说，跟着小编一起来看看吧。ROSE是最经典的超级增强子预测软件，由Richard A. Young大牛团队开发，源代码的网址如下http://younglab.wi.mit.edu/super_enhancer_code.html...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2023
03-02

HACER human增强子数据库的示例分析

今天就跟大家聊聊有关HACER human增强子数据库的示例分析，可能很多人都不太了解，为了让大家更加了解，小编给大家总结了以下内容，希望大家根据这篇文章可以有所收获。大多数的增强子数据库利用chip_seq,DNase_seq和CAGE_seq的数据来鉴定增强子, HACER则通过GRO_seq和PRO_seq来分析增强子RNA，从而达到鉴定已经激活的增强子的目的。与其...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
2022
11-19

Enhancer 与 Super-enhancers

1. Enhancer 与 Super-enhancers1.1. 增强子（Enhancer）所谓增强子（Enhancer），位于结构基因附近，是一类非编码DNA顺式作用元件，在真核生物的发育过程中通过结合转录因子、辅因子以及染色质复合物作用于启动子，可以激活或增强基因的转录。简单说：增强子是能够增加启动子活性从而增加基因转录频率的DNA序列。图1. 增强子及复合物...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >