论文：Peripheral whole blood lncRNA expression analysis in patients with eosinophilic asthma（嗜酸粒细胞哮喘患者外周血INcRNA表达分析）
MRNA和INcRNA的DGE分析
我们分析了外周全血的转录组。电针组与对照组之间的表达模式有显着性差异。用2倍的表达差异作为截止点，共有41份incRNA转录产物被特异性地调控(27份incRNA转录本上调，14份incRNAs转录本被下调；P < .05) in EA compared with control samples 。此外，共有762个mRNAs在EA样本中被特异性调控，其中286个mRNAs上调，476个mRNAs下调。
我们还对所有配对比较进行了差异表达分析：EAH与对照样本、EAL与对照样本和EAH与EAL样本。EAH和EAL的基因表达谱和聚类分析表明，EAH和EAL在基因表达上存在差异。
在mRNA方面，共有1103个mRNAs有显著差异表达(P-值≤.05)。文恩图和热图显示了两个差异表达式分析之间的重叠。
两个样本集显示了不同的mRNA表达谱模式。同样，共有66个incRNAs被差异表达(P-值≤.05)。文恩图和热图显示了两个差异表达式分析之间的重叠。两个样本集显示了不同的INcRNA表达谱型。
EA与对照样品中INcRNA的GO项预测及KEGG途径分析
我们用反式和顺式分析INcRNA与mRNA表达的相关性。为了探索差异表达INcRNAs的生物学基础，我们用基因符号注释它们，并使用GOseq R软件包搜索GO术语的富集，并对基因长度偏差进行校正。使用修正的术语P-数值<.05被认为是显著丰富的。
我们使用Kobas软件测试KEGG通路中差异表达基因或INcRNA靶基因的富集情况。与对照组比较，Go分析显示上调和下调转录产物参与免疫应答、免疫系统过程、应激反应和生物过程的负调控。
图中还显示了最重要的分子功能(Mf)富集分数。KEGG通路注释提示麻疹、T细胞受体信号通路、PPAR信号通路、FCγR介导的吞噬通路、NF-kappa、B信号通路、趋化因子信号通路和原发性免疫缺陷是最丰富的途径。T细胞受体信号通路是一种重要的信号转导途径。
EA中调控异常的INcRNAs与对照组的比较
总结
最近的研究表明，INcRNA PVT 1参与了哮喘的发病过程。PVT 1在糖皮质激素敏感的非重症哮喘患者中降低，在激素不敏感的重度哮喘患者中升高，随后的靶向研究表明，这种INcRNA在控制严重哮喘患者的ASMCs增殖和IL-6释放中的重要性。
我们在我们的研究中确认了PVT 1，但没有发现样本间的差异。我们将这些差异归因于这样一个事实：我们的INcRNA来自外周血而不是中性粒细胞、淋巴细胞、单核细胞或脂肪组织。
为了研究特定的INcRNA是否影响IgE的表达，我们将EA标本分为两组(EAH和EAL)。我们发现EAH组织中CD40LG的mRNA表达明显增加。B淋巴细胞要转化为IgE，需要Th2细胞以细胞因子IL-4/IL-13和CD40L的形式提供2个信号。通过顺式分析，我们发现INcRNA ENST 00000454385.5可能在IgE的产生中起一定作用。
总之，由于EA主要影响气道，因此分析呼吸道细胞中的基因表达是非常有用的。支气管镜检查是一种痛苦和侵袭性的检查方法，对哮喘的诊断是必要的，这将有助于开发无创标记物。
在这里，我们使用了外周血全血，这是一个易于获取和储存，并为生物标志物的开发优秀的样本。我们的结果提供了大量关于血液转录组的信息。目前正在进行进一步的研究，以确定这些INcRNA是否可以作为EA的新的治疗靶点和诊断标志。
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