2020 02-21 16S/ITS功能预测 | PICRUSt等5款软件带你上车 利用16S/ITS多样性测序,可以准确了解群落的微生物组成,同时也可以大概的了解群落功能组成情况。因为16S、ITS的功能预测能在一定程度上代替宏基因组、宏转录组的群落功能的分析,所以是现在微生物比较热门的分析点。16S的功能预测有四个相关软件,分别是PICRUSt[1]、Tax4Fun[2]、FAPROTAX[3]、BugBase[4]ITS的功能预测相关软件是FUNG...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
2020 02-19 干货|自已如何在线做LEfSe分析? LEfSe分析,可以分析组间菌群差异,可以找出各组间特异的主要菌群,有助于开发biomaker等研究。其实我们自己也可以进行Lefse分析,只需要按照要求整理好相应的表格即可,下文是具体步骤及示例数据,大家可以自行进行尝试。数据准备输入文件环境样本丰度表,处理的格式如下图所示:数据摘抄于网上。第一行:以氧含量区分的名字第二行:以组织部位的样本名字第三行:代表编号第四行:是分类水平的最高级,依次往下... 阅 读 全 部 >
2020 02-01 做微生物研究必懂的OTU table相关知识 微生物多样性分析中最基础、最重要的文件为OTU table,几乎所有的后续分析,如alpha多样性分析,beta多样性分析,差异分析等等都是基于OTU table展开的。因此理解OTU table的含义和来路,对微生物多样性分析至关重要。下面我们就来介绍一下OTU table是怎么样一步一步得来的,及其注意事项。建库测序步骤: 16s/18S/ITS rRNA测序首先需要提取环境样品的DNA,..... 阅 读 全 部 >
2020 01-30 微生物研究中常见图表含义说明 | 16S专题 一、OTU统计分析 1.聚类统计表 为了方便研究样品的物种的组成多样性信息,需对样品的有效序列进行聚类,按照97%的序列相似度将这些序列聚类成为OTUs( OperationalTaxonomic Units ),得到每个cluster的序列及其代表序列(即为OTU),用于统计每个OTU序列和丰度进行下游分析。 图1 OTU聚类统计表 每行代表一个OTU 在不同样品中的序列数,每列代... 阅 读 全 部 >
2020 01-30 扩增子图片解读7三元图 三元图/三元相图 Ternary Plot 三元图有6种英文叫法,其中ternary plot最为常用。三元图是重心图的一种,它有三个变量,但需要三者总和为恒定值。在一个等边三角形坐标系中,图中某一点的位置代表三个变量间的比例关系。常用于物理化学、 岩石学、矿物学、冶金学和其它物理科学,用于表示在同一个系统中三组分间的比例。在群体遗传学中,它被称做Finet...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2020 01-29 扩增子图表解读2散点图:组间整体差异分析(Beta多样性) 背景介绍(Introduction)宏基因组学宏基因组学目前的主要研究方法包括:16S/ITS/18S扩增子、宏基因组、宏转录组和代谢组,其中以扩增子研究最为广泛。目的意义本系列文章将带领大家结合较新的16S扩增子相关文献,来理解宏基因组16S扩增子文章中常用图表种类、图中包括的基本信息,以及作者想表达的结果。主要内容本系列文章内容包括:箱线图、散点图、热图、曼哈顿图、维恩图、三元图和...阅读全... 阅 读 全 部 >
2020 01-28 Beta多样性分析 Beta多样性用于不同生态系统之间多样性的比较,也就是样品间的差异,而上次提到的alpha多样性分析为样品内的多样性;Beta多样性利用各样本序列间的进化关系及丰度信息来计算样本间距离,反映样本(组)间是否具有显著的微生物群落差异。Beta多样性计算 Beta多样性计算中主要基于OTU的群落比较方法,有欧式距离、bray curtis距离、Jaccard 距离,这些方法优势在于算法简单,考...阅... 阅 读 全 部 >
2020 01-28 微生物多样性alpha分析看不明白?看这里! 在微生物多样性分析的报告中主要包括五个部分:Alpha多样性分析、Beta多样性分析、物种组成分析、进化关系分析、差异分析,本文主要介绍Alpha多样性分析的结果。在微生物多样性分析的报告中主要包括五个部分:Alpha多样性分析、Beta多样性分析、物种组成分析、进化关系分析、差异分析,其中Alpha多样性分析是生态学中生物多样性的一个重要的组成部分,也是比较基础的一部分。Alpha...阅读全文... 阅 读 全 部 >
2020 01-27 微生物研究中常见图表含义说明 | 16S专题 一、OTU统计分析 1.聚类统计表 为了方便研究样品的物种的组成多样性信息,需对样品的有效序列进行聚类,按照97%的序列相似度将这些序列聚类成为OTUs( OperationalTaxonomic Units ),得到每个cluster的序列及其代表序列(即为OTU),用于统计每个OTU序列和丰度进行下游分析。 图1 OTU聚类统计表 每行代表一个OTU 在不同样品中的序列数,每列代... 阅 读 全 部 >
2019 01-20 16S 基础知识、分析工具和分析流程详解 16S概念什么是16S?S是什么意思?16S分析是用来干嘛的?能分析什么?16S大致的分析原理是什么?有点生物学基础的会知道16S和核糖体有关,但大多数还是搞不清楚它们之间的关系。先明确一些概念:核糖体:Ribosome,由 RNA(rRNA)和蛋白质 组成,配合 tRNA 来翻译 mRNA。核糖体按沉降系数来分类,S就是沉降...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >