2020
01-28
01-28
Beta多样性分析
Beta多样性用于不同生态系统之间多样性的比较，也就是样品间的差异，而上次提到的alpha多样性分析为样品内的多样性；Beta多样性利用各样本序列间的进化关系及丰度信息来计算样本间距离，反映样本（组）间是否具有显著的微生物群落差异。Beta多样性计算 Beta多样性计算中主要基于OTU的群落比较方法，有欧式距离、bray curtis距离、Jaccard 距离，这些方法优势在于算法简单，考...阅... 阅 读 全 部 >
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Beta多样性用于不同生态系统之间多样性的比较，也就是样品间的差异，而上次提到的alpha多样性分析为样品内的多样性；Beta多样性利用各样本序列间的进化关系及丰度信息来计算样本间距离，反映样本（组）间是否具有显著的微生物群落差异。Beta多样性计算 Beta多样性计算中主要基于OTU的群落比较方法，有欧式距离、bray curtis距离、Jaccard 距离，这些方法优势在于算法简单，考...阅... 阅 读 全 部 >
2020
01-28
01-28
微生物多样性alpha分析看不明白？看这里！
在微生物多样性分析的报告中主要包括五个部分：Alpha多样性分析、Beta多样性分析、物种组成分析、进化关系分析、差异分析，本文主要介绍Alpha多样性分析的结果。在微生物多样性分析的报告中主要包括五个部分：Alpha多样性分析、Beta多样性分析、物种组成分析、进化关系分析、差异分析，其中Alpha多样性分析是生态学中生物多样性的一个重要的组成部分，也是比较基础的一部分。Alpha...阅读全文... 阅 读 全 部 >
2020
01-27
01-27
微生物研究中常见图表含义说明 | 16S专题
一、OTU统计分析 1.聚类统计表 为了方便研究样品的物种的组成多样性信息，需对样品的有效序列进行聚类，按照97%的序列相似度将这些序列聚类成为OTUs( OperationalTaxonomic Units )，得到每个cluster的序列及其代表序列（即为OTU），用于统计每个OTU序列和丰度进行下游分析。 图1 OTU聚类统计表 每行代表一个OTU 在不同样品中的序列数，每列代... 阅 读 全 部 >
2019
01-20
01-20
16S 基础知识、分析工具和分析流程详解
16S概念什么是16S？S是什么意思？16S分析是用来干嘛的？能分析什么？16S大致的分析原理是什么？有点生物学基础的会知道16S和核糖体有关，但大多数还是搞不清楚它们之间的关系。先明确一些概念：核糖体：Ribosome，由 RNA(rRNA）和蛋白质 组成，配合 tRNA 来翻译 mRNA。核糖体按沉降系数来分类，S就是沉降...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
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