2020 01-30 微生物研究中常见图表含义说明 | 16S专题 一、OTU统计分析 1.聚类统计表 为了方便研究样品的物种的组成多样性信息,需对样品的有效序列进行聚类,按照97%的序列相似度将这些序列聚类成为OTUs( OperationalTaxonomic Units ),得到每个cluster的序列及其代表序列(即为OTU),用于统计每个OTU序列和丰度进行下游分析。 图1 OTU聚类统计表 每行代表一个OTU 在不同样品中的序列数,每列代... 阅 读 全 部 >
2020 01-28 Windows下的微生物(16S/18S/ITS)差异分析神器 一、STAMP软件介绍可以说STAMP软件[1][2]是专为微生物研究量身定制,可以在微生物的物种丰度以及功能丰度信息基础上进行统计分析,以及图形化处理,官方网址为:http://kiwi.cs.dal.ca/Software/STAMPSTAMP软件目前已经经历了version1到version2的更新,引用量高达260。STAMP软件是基于python编写的,除了windows版本外也有Lin... 阅 读 全 部 >
2020 01-28 微生物多样性alpha分析看不明白?看这里! 在微生物多样性分析的报告中主要包括五个部分:Alpha多样性分析、Beta多样性分析、物种组成分析、进化关系分析、差异分析,本文主要介绍Alpha多样性分析的结果。在微生物多样性分析的报告中主要包括五个部分:Alpha多样性分析、Beta多样性分析、物种组成分析、进化关系分析、差异分析,其中Alpha多样性分析是生态学中生物多样性的一个重要的组成部分,也是比较基础的一部分。Alpha...阅读全文... 阅 读 全 部 >
2020 01-27 微生物研究中常见图表含义说明 | 16S专题 一、OTU统计分析 1.聚类统计表 为了方便研究样品的物种的组成多样性信息,需对样品的有效序列进行聚类,按照97%的序列相似度将这些序列聚类成为OTUs( OperationalTaxonomic Units ),得到每个cluster的序列及其代表序列(即为OTU),用于统计每个OTU序列和丰度进行下游分析。 图1 OTU聚类统计表 每行代表一个OTU 在不同样品中的序列数,每列代... 阅 读 全 部 >
2020 01-27 重要知识点!!微生物多样性分析详解及步骤 微生物多样性或者宏基因组分析中,往往有几个出现频率很高的词,比如 OTU,群落结构,alpha多样性, beta多样性。今天就来通过分析思路上(主要围绕微生物多样性)给大家解释一下这些高频词汇。一、OTU分类OTU[1]全称为Operational Taxonomic Unit, 直译过来是操作分类单元,其实是人为进行定义的分类单元, 即一般是在微生物多样性分析中,对序列以97%的...... 阅 读 全 部 >
2019 02-11 酵母浸出物和牛肉膏、蛋白胨的区别? 酵母浸出物分为酵母浸粉和酵母浸膏:酵母浸粉:采用新鲜酵 母经酵母自溶、过滤、 浓缩、喷雾干燥而得到 的一种浅黄色至类白色 干燥粉末。有酵母自然 香味,易溶于水,水溶 液呈淡黄色。本品极具 吸湿性,请放阴凉干燥 处保存。酵母粉当中含有氨基酸类、肽类、水溶性维生素、及酵母多糖、酵母核酸组成的一种混合物,它当中含有丰富的B族维生素和各种氨基酸。核苷酸类、有机酸类、矿物质类及...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >