一、STAMP软件介绍
可以说STAMP软件[1][2]是专为微生物研究量身定制，可以在微生物的物种丰度以及功能丰度信息基础上进行统计分析，以及图形化处理，官方网址为：http://kiwi.cs.dal.ca/Software/STAMP
STAMP软件目前已经经历了version1到version2的更新，引用量高达260。
STAMP软件是基于python编写的，除了windows版本外也有Linux以及OS X版本。
二、STAMP软件使用方法
1. 您需要一台windows电脑；
2. 下载STAMP软件包： windows版本的点击下载红框中版本就好哦；
三、分析步骤详解
Step1: 准备两个文件otu.biom文件以及Sample_info.txt文件
otu.biom文件为QIIME软件分析过程中生成的OTU table文件， 即OTU丰度以及注释的矩阵文件。常见的OTU丰度矩阵长这样：
在PICRUSt文章中也有提到过，BIOM为上述文件的一种衍生格式，文件格式较为小众，一般人类看不太懂，在此不做详细介绍。但是咱们得知道这个文件是什么，以及分析怎么用。只要老师您是在我们欧易做微生物项目，我们都会提供BIOM文件的哟。
Sample_info文件长这样（理论上各个样本的Barcode应该不同，此处仅作案例展示）：
该文件中最为重要的两列为“#SampleID”以及”Group”，分别为样本信息以及分组信息。
Step2: 将项目BIOM文件转化为STAMP软件可识别的格式
点击File – Create STAMP profile from – BIOM profile
BIOMfile部分就可以导入Load我们的 otu.biom文件； Metadata field部分选择<observation ids>
最后点击 Create STAMP profile选项储存即可。
Step3: 导入OTU文件以及Sample_info.txt文件
点击File – Load data选项
分别导入STAMP转化后的spf文件以及Sample_info.txt文件
Step4: 各项分析大览
导出完成后，我们就来看看可以得到哪些结果吧。大体结果见下图。笔者用4个框框圈（知识点哟各位：动词、名词、动名词活用，请记好笔记！！！）出了较为重要的地方。
红色（左上角）： 差异统计算法选择部分。包括Multiple Groups即大于2个组的统计方法（包括ANOVA算法以及Kruskal Wallis算法）； 以及Two Groups即2个组间比较统计方法(包括Welch's t-test、equal variance t-test以及White's non-parameter t-test); 以及Two Samples间的比较（包括多种差异统计）如下：
玫红色（绿色上方）： 可选的图形化展示。包括物种组间比较Barplot分析、物种组间比较Boxplot分析、Heatmap分析（OTU数目小于1000）、PCA分析（3个维度）、组间比较散点图分析、以及差异统计的柱状图和Error bar分析等。
绿色（左下角）： 为Sample_info部分，如果需要去除重复性不好的样本，则可以选择Filter进行去除。
蓝色（右上角）： 为Sample_info.txt中的样本分组的依据信息，例如样本的年龄Age、性别Sex等信息， 即可以根据不同的分组依据来进行分析。
四、可做的的分析内容有（选择Configureplot选项可修改图形形状）：
[1]. Multiple groups的多项分析
上图分别为物种组间箱线图、物种组间柱状图、以及PCA图展示。
[2]. Two groups两两组间比较的分析
上图分别为物种组间柱状图、物种组间箱线图、以及样本间散点图。
[3].Two samples两个样本间比较分析
上图分别为OTU丰度柱状图、以及2样本间散点图。
好了，基本上软件的详细介绍已经结束。软件功能其实还是很强大的，几乎涵盖了很大部分微生物项目的分析需求，并且交互式界面也很友好。
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