上发表题为Microbiomes as sources of emergent host phenotypes综述，在这篇综述中，作者回顾了有关宿主因素对微生物群落结构的贡献，以及微生物组对新兴宿主表型的相应影响。此外，作者还特别关注了动物行为，并将其作为理解微生物组在影响宿主神经生物学潜在作用的基础。 一、宿主决定因素 动物以多种方式...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
1.环境：CentOS7+已安装好miniconda 2.conda安装wget<pre>conda install wget</pre>3.下载conda环境文件<pre>wget https://data.qiime2.org/distro/core...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
随着抗生素药物的发现及使用，越来越多的耐药菌株由此产生。而耐药菌株的发展则会增加疾病治疗的难度和成本，因此耐药微生物的研究则显得尤为重要。目前，通过对耐药基因的鉴定挖掘能够一定程度上帮助我们揭开耐药机制，为疾病的治疗、药物研发提供参考。ARDB是最先整合了各种微生物中抗药基因的数据库，但它从2009年开始就不再更新。而CARD(the Comprehensive Antibiotic Rese..... 阅 读 全 部 >
微生物的基因组序列被研究的越来越多，当我们得到菌株的基因组序列后，我们该怎样进行分析研究？通常我们会通过NCBI、KEGG等公共数据库来进行基因组的注释分析，但有时你会发现分析结果没有针对性，想要研究却无从下手。这时我们不妨换个专有数据库来试试，或许能得到不一样的结果，从而踏上“不一样”的科研之路，发更高分的文章。下面就让小编来介绍几个微生物专有数据库供大家参考。Isfinder (the ref... 阅 读 全 部 >
随着抗生素药物的发现及使用，产生了越来越多的耐药菌株。耐药性会增加疾病治疗的难度和成本，因此耐药微生物的研究显得尤为重要。细菌的多种耐药机制由大量耐药基因所编码。耐药菌在基因水平上的改变主要包括固有耐药性、获得耐药性以及多重耐药性。固有耐药性来源于细菌本身染色体上的耐药基因。获得耐药性则是由于敏感的细菌发生基因突变或获得外源性耐药基因所产生的。多重耐药性则是指细菌同时对多种不同作用机制，或结...... 阅 读 全 部 >
今天小编将与大家一起分享云平台里的微生物基因组数据上传指南，一起学起来吧~BioProject ID 的获得1.在 NCBI 主页右上角（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/）My NCBI 登录系统中创建新的账号（已有就不需要），点击 Register for an account 创建账号：2.登录 BioProject（https://submit.ncbi.nlm.n... 阅 读 全 部 >
上一期为大家介绍了用主流基因组数据库查询物种基因组的办法。那么问题来了，当在这些数据库中没有查到目标物种参考基因组，就一定是无参吗？这期我们就给大家列举一些主流基因组数据库之外的Genome Data base。JGI基因组数据库以植物基因组为主，且植物基因组更新较快，其他物种的更新较慢。1、植物：https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/po...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
物种分析作为微生物群落研究的核心，决定了文章最终是否能够揭示分组差异的微生物响应/驱动机制。今天，我跟大家分享一篇非常有特色的物种分析案例，文章通过多种高级分析方法，找到了可以指示珊瑚生态系统扰动的微生物。期刊 2019 Microbiome IF=10.465研究背景不论是局部区域还是全球尺度，珊瑚生态系统都面临着前所未有的压力。虽然微生物对珊瑚礁稳定性和功能的重要贡献已被广泛认知，但不同的珊瑚... 阅 读 全 部 >
今天我们来分析一下 Veterinary Microbiology 。期刊介绍 荷兰农林科学-兽医学期刊 Veterinary Microbiology（ISSN: 0378-1135）是一本老牌期刊，创刊于1976年，至今已有44年，由著名出版商Elsevier每月发布，中科院大类2区小类兽医学1区，top 期刊，今年影响因子3.03。 Veterinary Microbiolo...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
LEfSe分析，可以分析组间菌群差异，可以找出各组间特异的主要菌群，有助于开发biomaker等研究。其实我们自己也可以进行Lefse分析，只需要按照要求整理好相应的表格即可，下文是具体步骤及示例数据，大家可以自行进行尝试。数据准备输入文件环境样本丰度表，处理的格式如下图所示：数据摘抄于网上。第一行：以氧含量区分的名字第二行：以组织部位的样本名字第三行：代表编号第四行：是分类水平的最高级，依次往下... 阅 读 全 部 >