测序行业的蓬勃发展，带来微生物组学日新月异的变化。目前，单一组学的文章不断“贬值”，前沿研究的目光从单一组学逐步拓展至多组学对贯穿分析，即结合多个组学的分析角度，从多个层面阐述生物学机制。微生物多组学贯穿分析策略十分丰富：如常见的16s与宏基因组贯穿分析，可以验证物种的特征、丰富功能的探究；而16s与代谢组的贯穿分析思路同样常见于高分文章中，通过16s探究不同处理/环境下菌群的物种组成变化，结合代... 阅 读 全 部 >
一、 介绍宏基因组 ( Metagenome) 指特定环境下所有生物遗传物质的总和。它包含了可培养的和未可培养的微生物的基因。一般从环境样品中提取基因组DNA, 进行高通量测序，从而分析微生物多样性、种群结构、功能信息、与环境之间的关系等。宏基因组的分析目前主要包括三种方法：基于组装分析、基于reads分析、基于bin分析。下面我们介绍基于Reads比对的分析方...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
上一期为大家介绍了用主流基因组数据库查询物种基因组的办法。那么问题来了，当在这些数据库中没有查到目标物种参考基因组，就一定是无参吗？这期我们就给大家列举一些主流基因组数据库之外的Genome Data base。JGI基因组数据库以植物基因组为主，且植物基因组更新较快，其他物种的更新较慢。1、植物：https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/po...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
所研究物种是否有可用参考基因组是做转录组测序之前需要确认的第一个问题，这决定了我们是做有参转录组测序还是无参转录组测序。有参转录组项目会将测到的转录本序列直接比对到参考基因组，以确定基因信息；无参的话，我们就需要借助拼接软件，获得unigene集后去做注释来获得基因信息。基因组只有序列信息可以做为转录组测序的参考基因组吗？答案是不能哦！转录组测序的参考基因组不仅需要有序列信息，还要...阅读全文&... 阅 读 全 部 >