微生物的基因组序列被研究的越来越多，当我们得到菌株的基因组序列后，我们该怎样进行分析研究？通常我们会通过NCBI、KEGG等公共数据库来进行基因组的注释分析，但有时你会发现分析结果没有针对性，想要研究却无从下手。这时我们不妨换个专有数据库来试试，或许能得到不一样的结果，从而踏上“不一样”的科研之路，发更高分的文章。下面就让小编来介绍几个微生物专有数据库供大家参考。
Isfinder (the reference centre for bacterial insertion sequences)
Isfinder是一个用于查询细菌插入序列的专用数据库。细菌中外来的插入序列通常会携带一些抗性或致病性基因，有了这个数据库，能够更快速了解研究菌株与参考菌株表型不一致的原因。
网址：
https://www-is.biotoul.fr/
HGT-DB (Horizontal Gene Transfer Database)
HGT-DB是一个预测水平转移基因的数据库，功能与Isfinder 类似，但其预测范围不仅包括外来插入序列，还包括噬菌体前体、单位转座子等基因信息。但该数据库目前只包含94个细菌和古菌的完整基因组的序列分析，其预测结果可能具有一定的局限性。
网址：
http://usuaris.tinet.cat/debb/HGT/welcomeOLD.html
VFDB (Virulence factors Database)
VFDB是一个病原菌毒力因子数据库。该数据库是由中国医学科学院研发，目前收集了包括30个属（74个病原菌）的细菌独立基因序列信息，并提供对应的500多种毒力基因核酸和蛋白质序列信息。从事这方面研究的小伙伴不要错过哟。
网址：
http://www.mgc.ac.cn/VFs/main.htm
PHI (Pathogen Host Interactions)
PHI是病原与宿主互作数据库。该数据库收录的都是被实验证实的具有毒力和效应基因的细菌、卵菌、真菌，宿主包括动物、植物和真菌。在这个数据库里，不仅可通过相关序列、基因名和病原菌名称，还可以按宿主和疾病名称来检索相关信息。
网址：
http://www.phi-base.org/
EffectiveDB (Prediction of bacterial protein secretion)
EffectiveDB是一个细菌中分泌蛋白的比对分析数据库。其数据来源于EggNOG 4.0以及NCBI两个数据库，包含了近1800个细菌的的分泌蛋白信息，可以有效地鉴定出基因组中分泌蛋白信息。
网址：
http://www.effectors.org/
CARD (The Comprehensive Antibiotic Resistance Database)
CARD是抗性基因数据库，是一个集合了抗药基因包括抗生素的数据库。通过序列同源性的比对就可以得到相应的抗性基因注释结果，能够看到基因的抗性类型、机制等信息。同时该数据库还提供画图功能，高效实用。
网址：
https://card.mcmaster.ca/
HPIDB3.0 (Host-Pathogen Interaction Database)
HPIDB 3.0是病原菌与宿主互作数据库。该数据库目前收录了62782组蛋白互作关系，包括66个宿主（其中99%的宿主为动物）和653个病原菌。
网址：
http://www.agbase.msstate.edu/hpi/main.html
以上就是小编本期想要分享给大家的全部内容，希望对各位有所帮助。这些都是进行微生物研究必备工具哦，赶紧收藏~
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