不知各位小伙伴是否有过这样的体验:
拿到一份新鲜出炉的转录组测序结果,热火朝天地查找文献、挖掘信息,最终确定了目标基因,正准备设计引物进行qPCR验证时,却发现怎么都找不到基因的序列。
于是便有了以下这段对话:
由于篇幅有限,这次我们先来学习一下如何在Ensembl数据库查找目标基因序列。话不多说,让我们开始吧!
在Ensembl数据库查找目标基因序列
利用Ensembl数据库查找目标序列较为简单,只需根据物种分类,进入不同的库,然后搜索对应的基因ID即可。我们以大鼠为例,具体操作如下:
01、进入Ensembl数据库
登录网址https://asia.ensembl.org/index.htm,在搜索栏输入基因ID进行搜索:
02、搜索结果如下
03、点击第一个结果,然后点击左边的sequence
04、得到以下结果
05、下载相应的序列
点击download sequence,出现界面如下,选择要下载的序列类型,如cDNA,cds,还是最后的genomic sequence即DNA基因全长序列,最后点击download,即可下载相应的序列。
总体而言,Ensembl数据库对基因信息的呈现方式较为直观,查找起来也十分方便。需要注意的一点就是:Ensembl根据物种所属类型的不同,细分出了多个不同的库,因此我们查找基因时,也应“有的放矢”,选择正确的数据库。
如果蝇的基因,可在Ensembl Metazoa库中查找:
水稻的基因,则应在Ensembl Plants库中查找:
Ensembl根据物种类型划分的各数据库网址如下,供大家参考:
看到这里,您是否对在Ensembl数据库查找目标基因序列的方法有所了解了呢?
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