全转录组是指特定组织或细胞在特定状态下转录出的所有转录本信息的总和。与常规转录组相⽐，通过构建链特异转录组⽂库和⼩RNA⽂库的全转录组测序可以同时获得mRNA、lncRNA、circRNA和miRNA四种类型的RNA信息，对其进⾏种类鉴定、定量、差异分析和RNA互作整 合分析。⽬前单⼀的mRNA或ncRNA研究可能⽆法满⾜科研需求，通过全转录组测序和联合多种RNA的整合分析可以更全⾯的解析转录..... 阅 读 全 部 >
by 星之翼近年来lncRNA的研究进展迅猛，各类 lncRNA 被大量发现，lncRNA的研究将是 RNA 基因组研究领域非常热门的一个方向。小编也正好也在做lncRNA相关的课题，今天就总结一下lncRNA的研究套路和最新研究进展。1. LncRNA基本介绍LncRNA：long non-coding RNAs是一类长度大于200nt，但不编码蛋白质的RNAs，广泛存在于动植物...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
在RNA-Seq的分析中，对基因或转录本的read counts数目进行标准化（normalization）是一个极其重要的步骤，因为落在一个基因区域内的read counts数目取决于基因长度和测序深度。很容易理解，一个基因越长，测序深度越高，落在其内部的read counts数目就会相对越多。当我们进行基因差异表达的分析时，往往是在多个样本中比较不同基因的表达量，如果不进行数据标准...阅读全... 阅 读 全 部 >
相信不少小伙伴都遇到过这样的疑惑：收到一份转录组测序结果，辛辛苦苦查找文献，挖掘关键基因信息，眼看一篇高大上的文章即将诞生，却卡在了进行qPCR验证这最后一步：我关注的RNA序列在哪里？没有序列信息我要怎么设计引物做荧光定量PCR呢？莫慌，我们整理了派森诺各种常规转录测序产品的RNA序列信息，下面就一起来看看吧！1、 有参转录组有参考基因组的转录组项目在进行分析时，我们是...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
来源：生物通新一代测序技术在爆炸式发展的同时，也衍生出许多其他技术创新。RNA深度测序（RNA-Seq）就是其中之一，这项技术使我们对细胞发育及其调控机制的理解，达到了前所未有的深度和广度。尽管研究细胞RNA并不是什么新鲜事，但RNA-Seq的出现大大拓展了转录组研究的规模，取得了累累硕果，这些是传统技术难以企及的。RNA-seq可以获得相当惊人的数据量，而这恰恰是一柄双...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
当当当当，基迪奥有参转录组升级啦，升级的部分从最开始的比对参考基因组，到最实用的差异分析和富集分析都有。想要了解转录组分析点的朋友们，赶紧看过来吧~首先，来看一下我们的分析流程，由于动植物的非模式生物与人大小鼠的模式生物的基因组、研究侧重点不一样，因此我们将报告拆分成了农学和医学的报告。基于非模式生物的基因组不够完整的特点，我们会进行新基因鉴定和基因结构优化的分析；而由于人大小鼠的基因组非常的完善... 阅 读 全 部 >
您的小可爱上线啦！“长链非编码RNA研究进展周刊”的专题连载如期更新，小编今日为大家更新第15期lncRNA研究进展周刊，走过路过不容错过！公告通知非编码RNA（ncRNA）是一组缺乏蛋白编码的内源RNA，分为小RNA和长链非编码RNA（lncRNA）。之前的研究多关注蛋白编码基因，对ncRNA功能知之甚少，甚至称其为转录“噪音”。然而，近年来的研究发现，ncRNA在多个生物学过程中起着...阅读... 阅 读 全 部 >
grep 'Overall alignment rate: ' *.log |sed 's/Overall alignment rate: //'|sed 's/.log://'可以重定向阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
测试开头爸妈: 今年不回来么?1引言没错, 就是美国大名鼎鼎的航天局 NASA, 2021 年 4 月 23 日 在 iScience 期刊上发表了一篇处理 RNA-seq 数据的一篇文章。这篇文章提供了标准分析的一些代码,并且采用了 ENCODE 计划中的参考代码。这个 pipeline 主要包括了 quality control, read trimming,...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
RNA-seq 即转录组测序技术，就是用高通量测序技术进行测序分析，反映出 mRNA，smallRNA，noncodingRNA 等或者其中一些的表达水平，寻找表达差异的基因预测或验证相关的分子机制及功能。2016 年发表在 nature protocols 上一篇关于转录本精确定量[1]的文章：文章中以 HISAT + Stringtie + Ballgrown 的...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >