马上2019就过完了,实验还没眉目?标书还没开始?我想起了那句名言:Deadline是第一生产力。今天师兄又给大家送温暖,送干货,讲解一个Cell大牛总结的lncRNA研究套路。 据说看懂这张图,lncRNA研究易如反掌,咳咳咳师兄似乎看懂了看是看得懂,就是没钱啊这张图是不是很厉害的样子,咳咳咳,师兄装作自己看得懂的样子给大家继续讲解(1)人家一篇review都能发Cell能在CNS上面发肯定是大牛中的大牛,大牛的综述才有人看嘛,不过大牛一般都不好看,肯定是这样。Cell review:Functional Classification and Experimental Dissection of Long Noncoding RNAs 作者:Joshua T. Mendell 好像也挺帅的。。。 怎么说呢,一年一篇CNS吧(2)这篇Cell到底说了lncRNA啥?这篇文章主要总结了lncRNA在核内调控基因表达的作用机制:cis调控和trans调控。 这里cell大神给咱们理清了lncRNA的研究思路1.测序知道lncRNA的染色质位点2.lncRNA的二级结构确定3.lncRNA上的蛋白结合位点的确定4.lncRNA的过表达、敲减→临近基因转录是否改变?5.如果lncRNA临近基因转录改变→PolyA信号序列插入→如果基因表达有差异,可以考虑是因为lncRNA的转录或者剪接体导致的;如果基因表达没差异改变,则可以考虑lncRNA上面有DNA调控元件6.如果lncRNA临近的基因转录没改变→FISH细胞内定位→根据lncRNA的定位以及二级结构、序列和蛋白结合序列预测靶标RNA、DNA、蛋白→利用RNA、DNA、蛋白研究工具证明两者结合(3)lncRNA的cis调控和trans调控首先我们需要先确定lncRNA的胞内位置,胞核?胞质?通常会使用FISH探针的方式,从而去判断参与的分子机制,对症下药。等等什么是CIS?什么是Trans?简单地讲,cis调控就是指非编码RNA对临近mRNA的一种转录激活与表达调控方式,而trans相反,则是对远端mRNA转录的调控。1.顺式cis调控方式CIS调控主要分为以下几个情景①lncRNA以序列互补为原理结合在未解链的染色质大沟中,或者和解链的DNA链结合
③LncRNA以剂量依赖形式在胞质或者胞核内,调控结合的蛋白或者RNA的活性,确定细胞内拷贝数非常重要,例如咱们熟悉的ceRNA就属于这一类。 参考文献:Long Noncoding RNA Discovery in Cardiovascular Disease Decoding Form to FunctionThe Diversity of Long Noncoding RNAs and Their GenerationThe multidimensional mechanisms of long noncoding RNA function