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2022
08-02

lncRNA的研究思路(路线图)

马上2019就过完了,实验还没眉目?标书还没开始?我想起了那句名言:Deadline是第一生产力。
今天师兄又给大家送温暖,送干货,讲解一个Cell大牛总结的lncRNA研究套路。
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据说看懂这张图,lncRNA研究易如反掌,咳咳咳师兄似乎看懂了
 
看是看得懂,就是没钱啊
这张图是不是很厉害的样子,咳咳咳,师兄装作自己看得懂的样子给大家继续讲解
(1)人家一篇review都能发Cell
能在CNS上面发肯定是大牛中的大牛,大牛的综述才有人看嘛,不过大牛一般都不好看,肯定是这样。
Cell review:Functional Classification and Experimental Dissection of Long Noncoding RNAs
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作者:Joshua T. Mendell
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好像也挺帅的。。。
 
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怎么说呢,一年一篇CNS吧
 
(2)这篇Cell到底说了lncRNA啥?
这篇文章主要总结了lncRNA在核内调控基因表达的作用机制:cis调控和trans调控。
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这里cell大神给咱们理清了lncRNA的研究思路
1.测序知道lncRNA的染色质位点
2.lncRNA的二级结构确定
3.lncRNA上的蛋白结合位点的确定
4.lncRNA的过表达、敲减→临近基因转录是否改变?
5.如果lncRNA临近基因转录改变→PolyA信号序列插入→如果基因表达有差异,可以考虑是因为lncRNA的转录或者剪接体导致的;如果基因表达没差异改变,则可以考虑lncRNA上面有DNA调控元件
6.如果lncRNA临近的基因转录没改变→FISH细胞内定位→根据lncRNA的定位以及二级结构、序列和蛋白结合序列预测靶标RNA、DNA、蛋白→利用RNA、DNA、蛋白研究工具证明两者结合
 
(3)lncRNA的cis调控和trans调控
首先我们需要先确定lncRNA的胞内位置,胞核?胞质?通常会使用FISH探针的方式,从而去判断参与的分子机制,对症下药。
等等什么是CIS?什么是Trans?
简单地讲,cis调控就是指非编码RNA对临近mRNA的一种转录激活与表达调控方式,而trans相反,则是对远端mRNA转录的调控。
 
1.顺式cis调控方式
CIS调控主要分为以下几个情景
①lncRNA以序列互补为原理结合在未解链的染色质大沟中,或者和解链的DNA链结合
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②lncRNA位点附近的基因转录会受到该lncRNA对正在转录或者剪接体的影响
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③某个基因的转录起始元件出现在临近的lncRNA转录位点中
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2.反式trans调控方式
这里说的是,lncRNA远走他乡,去异地求学打工,然后在当地娶媳妇儿安家的过程
①lncRNA可以调控远距离的基因的表达,例如结合增强子和启动子等
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②lncRNA可以起到支架作用,组织蛋白复合物行使功能,充当亚细胞结构
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③LncRNA以剂量依赖形式在胞质或者胞核内,调控结合的蛋白或者RNA的活性,确定细胞内拷贝数非常重要,例如咱们熟悉的ceRNA就属于这一类。
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参考文献:
Long Noncoding RNA Discovery in Cardiovascular Disease Decoding Form to Function
The Diversity of Long Noncoding RNAs and Their Generation
The multidimensional mechanisms of long noncoding RNA function


最后编辑:
作者:萌小白
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