转录组项目有很多老师反馈自己的RNA-Seq样本提取完整性差、提取量不足，下机数据质量差，分析结果不理想等问题，影响自己的课题进度。目前有针对分析条件的优化，但“RNA-Seq千里之行，始于样本”，保证RNA提取的完整性与总量，是RNA-Seq的第一步，也是很重要的一步！从源头分析，您的样本准备做好了吗？

由于RNA样本的特殊性：

1）结构的特殊性，（相比于DNA）极易降解；

2）RNA酶非常稳定且几乎无处不在，常规的高压灭菌等物理方法很难有效灭活RNA酶；

3）RNA在细胞体内有严谨有序的调控模式，这些信号通路会因为外部环境的改变而改变。

基于这三点，您的RNA样本可能在提取、运送，甚至在取样过程中就已经降解了，为保证RNA的质量及所获得的数据能够真实反应母体内该组织或器官的RNA表达，小编这这里给您做几点分享，希望对您的研究有所帮助。

植物样本

植物样本提取过程中常见的干扰：

多酚：植物样本在提取中，经过匀浆，植物体内的酚类物质被释放，被氧化，氧化后的酚类物质会和RNA稳定结合，影响RNA纯度，而且随着植物生长，植物中的酚类物种会增多。

多糖：多糖的理化性质和RNA相似，去除多糖的同时会带走一部分RNA，另外在沉淀RNA时，多糖会形成凝胶状沉淀，会影响RNA总量和纯度。另外，还有一些酶类物质的影响。

我们建议

1）采样时选取幼嫩组织；

2）在采集样本之前，将样本置于黑暗环境24-48h后再取材；

3）如果需要立即取材，请尽快采集好样本后，迅速置于低温保存，干冰运输，减少因酚等化合物的氧化对核酸的影响。

动物样本

动物样本提取RNA干扰：针对于动物样本，不同的组织间差异较大，主要是一些内源酶的影响，如蛋白酶、淀粉酶、脂肪酶和纤维素酶等，针对不同组织样本的内源酶可以相应的做处理。动物组织离体后RNA迅速降解，所以针对动物组织来讲，取样过程一定要迅速！

我们建议

1）从活体中获取目的组织后，快速用RNase-free水清洗，以去除血渍和污物，吸干表面液体；

2）可以将样品分割成黄豆大小的小块（提取时冰冻状态下难以切开，提高提取效率），液氮速冻，干冰运送。

细胞样本

因为细胞样本比较脆弱，针对于细胞样本，一般采取的方案是先把细胞裂解，再寄送。

针对不同类型的细胞样本

我们建议

贴壁细胞：倒掉培养基，按一定的细胞比例加入TRIzol试剂；

悬浮细胞：可以先离心，按照约每100个细胞加1ml的TRIzol的比例加入TRIzol试剂。使用移液器反复吹打细胞，使之充分溶解于TRIzol中形成清亮不粘稠的液体。

血液样本

用于提取Total RNA的血液，强烈建议分离白细胞或使用血液保护剂送样。

我们建议

哺乳动物分离白细胞后，加入适量的TRIzol试剂（2ml血液分离获得的白细胞约加入1ml的TRIzol），使用移液器反复吹打细胞，直至看不见成团的细胞块，使之充分溶解于TRIzol中形成清亮不粘稠的液体，并全部转移至标记好的进口冻存管中，将冻存管迅速投入液氮速冻，然后于液氮中存放或转入-80℃超低温冰箱保存；

注意：严禁使用肝素抗凝管采血，因为肝素使提取效率降低也会影响PCR效率。