一、序列处理在线工具包（The Sequence Manipulation Suite）
序列处理在线工具包是DNA与蛋白序列分析与格式化在线工具的集合，是一款非常实用的序列比对分析网站。网站常用的功能包括：DNA/蛋白质序列过滤器，反序与补序工具，DNA/蛋白质序列分组工具，翻译和蛋白分子量等。
下面简单介绍一下常用功能：
1
DNA/蛋白质序列过滤器
DNA/蛋白质序列过滤器用来从文本中移去非DNA字符。应用这个程序可将序列中的数字与空格去除以使序列适用与其它应用程序。
2
反序与补序工具
很方便的得到原DNA序列的反向序列与互补序列以及反补序列，在设计反向引物序列时非常好用。最主要的是可以快速得到以及复制编辑后序列。
3
限制位点概要工具
输入一条DNA序列，可以分析得到该序列限制酶切位点的位置与数量。可用于查找质粒的限制性酶切位点，或者分析插入基因片段中是否包含酶切位点。
4
翻译
输入基因的mRNA序列，可以获得翻译后的蛋白质序列。常用于分析基因特定功能域得到所对应的蛋白质序列。
5
蛋白分子量
可以预测蛋白的分子量，特别是可以选择不同的标签，预测融合后蛋白的分子量。也可用于感兴趣的蛋白功能域或者截短模式蛋白分子量的计算。
二、OligoCalc
DNA寡核苷酸在分子生物学中被广泛用作引物和探针。随着全基因组测序的发展，各种基因组和芯片技术，使得寡核苷酸成为分子生物学常用的实验室试剂之一。
OligoCalc是一款寡核苷酸属性计算器网站，可用于分析DNA/RN寡核苷酸序列的分子质量、解链温度、溶液浓度、分子间是否互补以及是否形成发卡结构等，分析单链和双链RNA和DNA的性质。
首先，我们回顾下引物设计的几个基本原则：
1.引物长度：常用的引物长度是17-25 bp，引物过长会导致其延伸温度大于74℃，不适于Taq DNA聚合酶进行反应。
2．GC含量：引物序列的GC 含量一般为40-60%，过高或过低都不利于引发反应。同时上下游引物的GC含量不能相差太大。
3.Tm值：引物所对应模板位置序列的Tm 值在72℃左右可使复性条件最佳。
4.自身避免互补：引物自身不应存在互补序列，否则引物自身会折叠成发夹结构（Hairpin）使引物本身复性。这种二级结构会因空间位阻而影响引物与模板的复性结合。引物自身不能有连续4个碱基的互补。
OligoCalc使用方法非常简单，在输入序列框中输入需要分析的序列，点击“calculation”按钮,即可分析序列的长度、GC含量、解链温度等。
点击Check self，即可检测引物之间是否存在互补以及是否可以形成发卡结构。
除此之外，网站还有一个非常好用的功能，即Blast引物序列进而确认引物的特异性。输入序列后，点击Blast按钮，进入Blast网页界面，继续点击View report按钮，即可查询引物所对应的基因名称以及物种。
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