分类目录归档：

2023
04-29

基因家族分析流程及保姆级实操流程

森言森语下午开完组会，吃过晚饭终于得空干点别的，于是决定将之前写过的这篇关于基因家族分析的推文再检查完善一下。检查日志2021年9月30日：黄底红字为更新内容，其他色彩为原文。最近的一段时间是倦怠的，虽然忙，却实际上浑浑噩噩，没有长进。不管怎么样，一个阶段的结束，总要写点东西来宣告它的结束，然后迎接新的开始。已经很久没有跑步了，原本计划今年参加6月份的兰州马拉松...阅读全文>>... 阅读全部 >

2023
04-29

手把手教你用 Fast Tree 快速构建序列进化树

常见的建树方法有：贝叶斯法（Bayesian），最大似然法（Maximum likelihood，ML），最大简约法（Maximum parsimony，MP），邻接法（Neighbor-Joining，NJ），最小进化法（Minimum Evolution，ME），类平均法（UPGMA）。一般来讲，如果模型合适，最大似然法的效果较好。对于近缘序列，最大简约法用的假设最少，各种方法结果...阅读全... 阅读全部 >

2023
04-20

FigTree构建进化树（柱状）教程

一直关注联川公众号的小伙伴们都知道，联川云平台已于2018年12月6日正式上线( http://cloud.lc-bio.com:5390/index.html)；还没使用过的小伙伴，赶紧点开大显身手一番~使用指南详情请戳此链接：联川生物云平台使用指南；联川云平台包含FAQ/SOP和云平台双重功能：丰富的FAQ/SOP，助你快速上手入门，更有详尽的分析技能小技巧等你来学习；云平台中包含科研中经常用... 阅读全部 >

2023
04-19

如何绘制“松针”状的进化树？

在一些高分文章中，我们经常会看到一些非常漂亮的进化树，而进化树的美化往往离不开一些进化树编辑可视化工具。比如下图这篇NC文章的进化树就是由MEGA构建，之后用一款叫FigTree的小工具美化的。(Naturecommunications, 2018)FigTree是一款小巧的系统发生树可视化软件，可生成发表级质量的图片。为了方便大家的安装使用，软件的安装包（包括Macintosh OS X、Win... 阅读全部 >

2023
04-17

一文读懂进化树

声明：本文转载自“微生物生态”公众号，一个有干货的公众号系统发育树系统发育树（Phylogenetic tree）又称为系统进化树，是用一种类似树状分支的图形来概括各物种之间的亲缘关系，可用来描述物种之间的进化关系。1.系统发育树构建步骤2.多序列比对系统发育树构建的第一步是进行多序列比对，常用的软件包括MEGA， cluster X，Muscle，phylip等。（都很常用，就看哪个...阅读... 阅读全部 >

2023
04-12

看完就能实战群体进化之进化树分析 | 含画图代码和实战数据

群体进化第一期带大家实战了基于群体SNP的PCA分析，相信大家都已经练得很熟了，那我们今天带大家进行实战进化树分析，依然含分析和绘图代码哦。系统进化树（Phylogenetic tree，又称Evolutionary tree进化树）是描述群体间分化顺序的分支图或树，用来表示群体间的进化关系。根据群体的物理或遗传学特征等方面的共同点或差异可以推断出它们的亲缘关系远近。实战之前我们先熟悉一下进化树的... 阅读全部 >

2023
03-29

如何在24h内拿到细胞器基因组的进化树

细胞器基因组研究相对于微生物基因组来说，要相对容易的多，因为细胞器基因组不大（高等植物叶绿体基因组大小基本在130~160kb左右，动物线粒体基因组基本都在20kb以内），拷贝数高，GC含量与基因组有较大差别（针对大部分物种），所以在高通量测序技术应用非常普通的今天，细胞器基因组很容易从total DNA测序数据中拼接分离出来。而且，细胞器基因组的基因构成相对很稳定，所以细胞器基因组研究的初步工作... 阅读全部 >

2022
06-30

GraPhlAn：最美进化树或层级分类树学习笔记

Graphlan可视化进化树撰文：文涛南京农业的大学责编：刘永鑫中科院遗传发育所GraPhlAn简介总体来讲，Graphlan是一个可视化进化树和基于分类等级绘制层级分类树的工具。可以制作分类树是它不同于R包ggtree和iTOL的地方。然就进化树而言，iTOL功能最为全面，ggtree最容易上手，从功能上来讲graphlan很多地方不如iTOL，...阅读全文>>... 阅读全部 >

2022
01-22

进化树的构建与美化

1.进化树1.0版本上一期已经给大家介绍根据基因或者蛋白ID在NCBI上进行BLAST并下载FASTA序列，然后将序列导入MEGA软件中进行比对，最后生成.meg的序列比对文件。那么用这个文件是不是就能构建进化树呢，当然可以。方法也很简单，单击菜单【File】→【Open A File/Session】，打开上述.meg文件，点击工具栏中的【PHYLOGENY】→【C...阅读全文>>... 阅读全部 >