在一些高分文章中，我们经常会看到一些非常漂亮的进化树，而进化树的美化往往离不开一些进化树编辑可视化工具。比如下图这篇NC文章的进化树就是由MEGA构建，之后用一款叫FigTree的小工具美化的。
(Naturecommunications, 2018)
FigTree是一款小巧的系统发生树可视化软件，可生成发表级质量的图片。为了方便大家的安装使用，软件的安装包（包括Macintosh OS X、Windows、Linux三个版本）已上传到Omicshare论坛，大家也可通过文章底部 阅读原文查看， 建议大家到电脑端下载。
链接：http://www.omicshare.com/forum/thread-3930-1-1.html
好了，下面我们就看下如何绘制类似上图的“松针”状进化树吧。
进化树准备
首先，打开用MEGA构建的进化树，通过File/ExportCurrent Tree(Newick) ，如下图，在弹出的文本编辑格式转化窗口点保存按钮，将MEGA构建的进化树（mts格式）转为Newick格式。
关于Newick格式（Newick tree format），在1984年出现在首个进化树构建软件（PHYLIP）上。它是一种主要用圆括号和逗号表示分支关系，数字表示分支长度的进化树表示方法。
这里简单的举个例子，希望大家对进化树的表示方法有更进一步的理解。例如，下图的进化树用Newick格式可表示为：
(A:0.1,B:0.2,(C:0.3,D:0.4)E:0.5)F
（Wikipedia）
Newick格式适用于多种进化树美化工具，比如高大上的在线工具ITOL，它可以作为一种兼容性很强的“桥梁”格式。
进化树美化
首先，点FigTree v1.4.3.exe打开软件，通过File/Open打开进化树，方法如下图，关于示例数据，软件包里自带两个拓展名为”.tree”的两个文件可供大家练习，MEGA导出的Newick格式为“.nwk”。
接下来改变树的形状，将进化树由Rectangular tree 转换为Radial tree，如下图。
接下来，取消掉序列标签和标尺的显示，为了美观，可以对“树枝形状”进行进一步的标准化处理，点开trees选项卡，勾选Transform branches，这里的变换方法选cladogram，如下图。
接下来，将鼠标的选择模式由Node改为Clade，然后选择不同的“簇”进行着色，方法如下图。
当然，你也可以“分支“的粗细进行调整，如下图。
图片的导出
调整好了之后，可通过File/Save进行下保存，重新打开之后你可以接着上次继续调整。当然，你也可以导出为其他格式的“树“，如下图。
得到想要的效果之后，你就可以导出图片，FigTree支持PDF和SVG两种矢量图格式。保存成这两种格式之后，可在Illustrator（Ai）中做更多个性化的调整。
最终，导出的效果如下图：
参考资料
Williams G D,Townsend D, Wylie K M, et al. Nucleotide resolution mapping of influenza Avirus nucleoprotein-RNA interactions reveals RNA features required forreplication[J]. Nature communications, 2018, 9(1): 465.
https://en.wikipedia.org/wiki/Newick_format
http://www.evolgenius.info/evolview/#mytrees/SHOWCASES/showcase%2002
http://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtree/- 本文固定链接: https://maimengkong.com/image/1459.html
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