2022
11-08
11-08
r语言ggplot2误差棒快速指南
给直方图和线图添加误差棒 准备数据这里使用ToothGrowth 数据集。它描述了维他命C对Guinea猪牙齿的生长影响。包含了三种不同的剂量（Vitamin C (0.5, 1, and 2 mg)）和相应的两种不同使用方法（ [orange juice (OJ) or ascorbic acid (VC)]）。library(ggplot2) df <...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
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给直方图和线图添加误差棒 准备数据这里使用ToothGrowth 数据集。它描述了维他命C对Guinea猪牙齿的生长影响。包含了三种不同的剂量（Vitamin C (0.5, 1, and 2 mg)）和相应的两种不同使用方法（ [orange juice (OJ) or ascorbic acid (VC)]）。library(ggplot2) df <...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2022
11-04
11-04
一文掌握小提琴图的所有画法
导语GUIDE ╲我们平时说的小提琴图其实是箱式图与核密度图的结合，箱式图展示了分位数的位置，小提琴图则展示了任意位置的密度，小提琴图可以展示密度较高 的位置。下面我们一起来看看几种绘图R包。 小提琴图是通过使用密度曲线描述一组或多组的数值数据分布。每条曲线的宽度对应于各区域数据点的近似频率。通常密度会随附一种叠加的图表类型，如箱形图，以提供一些其他的数据信息，即矩形上下边框代表第一个和第三个四分... 阅 读 全 部 >
2022
10-16
10-16
R导出可编辑图到ppt：结合使用ggplot2以及officer
作者：Bruno Rodrigues原文链接：https://www.brodrigues.co/blog/2018-10-05-ggplot2_purrr_officer/来源：R语言最近我面临以下的问题：创建数以百计的图片以便我们的客户仍旧可以编辑。这意味着我需要把图表导出到Excel、PPT或者其它客户熟悉的工具，而不是像往常那样把图片直接以pdf或者png形式导出。尽管我还是希望使用R解决... 阅 读 全 部 >
2022
10-15
10-15
【统计分析】R语言统计与绘图：怎么加载Windows系统字体到图形上？
前言作图的时候常出现一个问题，我把 windows 系统字体“ Times New Roman ”指定为图形里的字体，虽然在 RStudio 图形窗口会显示指定字体，但是在保存为 PDF 时出现问题， 出现字体类别错误，指定字体无法显示。library(readxl)Bar <- read_excel( "Bar.xlsx", col_types = c( "tex...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
2022
10-07
10-07
R语言数据实战 | 描述分析及可视化
1、基础描述分析历史上有这样一幅著名的图，它出自1854年的克里米亚战场之中，一名叫南丁格尔的护士利用一幅扇状的玫瑰饼图展示了她所管理的野战医院里不同季节中死于不同病因的病人数变化（见图1），直观地让英国政府看到：每年死于感染的士兵数（即蓝色区域）比死于战场（红色区域）和其他原因（黑色区域）的要多得多，这才终于使得政府开始制定措施改善战地士兵的卫生条件，降低了士兵的死亡率。因此这幅图被称...阅读... 阅 读 全 部 >
2022
10-07
10-07
R|ggplot2(四)|stat_ geom_ 和position
作者：dwzb，R语言中文社区专栏作者。知乎专栏：https://zhuanlan.zhihu.com/Data-AnalysisR第一篇戳：第二篇戳：R|ggplot2(二)|覆盖柱状图各种需求引用一句Hadley在ggplot2网站上的一句话A layer combines data, aesthetic mapping, a geom (geometric object), a stat..... 阅 读 全 部 >
2022
10-07
10-07
如何使用R软件识别并移除离群值？
目录1.离群值的基础知识1.1 为什么需要关注离群值outliers？1.2 什么是离群值outliers2. 离群值的可视化2.1用Boxplot来可视化离群值（Outliers）2.2 另一种方法更好地可视化离群值（Outliers）3. 删除离群值3.1 方法一（更简单的方法）3.2 方法二（更易懂的方法）4. 小结5. 参考资料1.离群值的基础知识1.1 为什么需要关注离群值outlier... 阅 读 全 部 >
2022
10-07
10-07
R语言可视化学习笔记之添加p-value和显著性标记
taoyan：伪码农，R语言爱好者，爱开源。个人博客: https://ytlogos.github.io/上篇文章中提了一下如何通过ggpubr包为ggplot图添加p-value以及显著性标记,本文将详细介绍。利用数据集ToothGrowth进行演示。#先加载包library(ggpubr)#加载数据集ToothGrowthdata("ToothGrowth")head(ToothGrow..... 阅 读 全 部 >
2022
10-06
10-06
生信分析不得不学的技能：GSEA分析
各位医学方的朋友，大家好。我是Flyman！做过下游分析的小伙伴都知道富集分析的重要性，生信类文章大家总会在最后一步针对我们前面筛选出来的差异基因做一下GO/KEGG富集分析，研究一下他们参与到什么信号通路上或者参与什么生物学过程？富集分析的本质是什么呢？实际上就是一个超几何分布，超几何分布是统计学上一种离散概率分布。它描述了从有限N个物件（其中包含M个指定种类的物件）中抽出n个物件，成功抽出该指... 阅 读 全 部 >
2022
10-05
10-05
在GSEA中标注候选基因原来如此简单！
之前使用clusterProfiler包进行GSEA富集，得到的标准的GSEA富集结果图中只展示基因集的ES排序，但在图中不能标注基因，一直令我比较头秃。但最近看到一个R包GseaVis，刚好可以和clusterProfiler互补，使之能轻松在GSEA标准图上标注候选基因，同时也支持点阵图样式，非常简单！今天就来用用看！#部分所需R包安装与载入：devtools::install_github(... 阅 读 全 部 >