表达谱分析中，经常会使用到相关性分析，探索一组基因间的共表达特征。例如，这些基因间的表达是否存在较强的协同性，一个基因表达值的改变是否与另一个基因表达值改变显著相关，它们之间是共激活还是抑制关系等。对于相关性分析结果的可视化，通常有多种方法，例如相关性散点图、弦图、共表达网络图。本篇教程则主要带大家了解如何基于基因表达值的相关性，绘制弦图。如下弦图来自文献“CUL4B pro...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
撰写： 小高 来源：小张聊科研平台的“ i生信”公众号，微信公众号搜索“ i生信”即可关注/扫描关注见文末#生信分析# #生信发文#今天笔者带来的是一篇整合分析RNA-Seq和ChIP-Seq的文章。RNA-seq是用于分析不同细胞类型和状态的差异基因表达的重要工具，基因表达受到多种机制的调控，包括表观遗传学上的翻译后的组蛋白修饰，这可以通过ChIP-Seq获得。单独分析...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
什么类型的可视化用于什么类型的问题？本文可帮助您为特定分析目标选择正确的图表类型，以及如何使用ggplot2在R中实现它。一个有效的图标:在不歪曲事实的情况下传达正确的信息简单而优雅的表达信息内容通过美学表达信息，而不是掩盖信息没有信息负载下面介绍了八类常见的图表可视化情景。在绘图之前，请仔细考虑你准备如何通过可视化的方式...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
比较基因组学中,共线性的分析的图无疑是最漂亮的，共线性分析可以很好地解释进化关系和多倍化事件。Mauve是一款非常简便高效的基因组比对工具，可以用它来画基因组共线性图。下面我们就来介绍一下使用方法。操作步骤安装Geneious安装Mauve插件将基因组导入选中要比对的序列选择比对全基因组默认参数，OK等待程序运行完结果出来了，紫色部位是重排区放大之后的效果，可以看到基因组位点间的线性关系再放大可看... 阅 读 全 部 >
今天要介绍一下数据挖掘，从大量已有的数据来产生新的hypothesis。正如我在ChIPseeker的文章里写的：There are increasing evidences shown that combinations of TFs are important for regulating gene expression (Perez-Pinera et al., 2013; ...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
要说ggplot2中那些使用不多但是却功能强大的图层函数，我首先想到的就是geom_rect、geom_linerange、geom_segment、geom_ploygon。这四个函数分别定义了ggplot2中的矩形图、垂直线图（线范围图）、线段图、几何多边形图。这四种图表类型独立使用的机会很少，一般都是作为图表的辅助信息，但是如果能恰到好处的使用，你会挖掘出很多新意。geom_rectgeom... 阅 读 全 部 >
关于柱形图的实用性和重要性这里就不再过多赘述，通过Excel、Origin、GraphPad Prism等常见科研绘图软件都能够比较轻松获得所需样式的柱形图。但是，在当下内卷的科研环境中，普通的柱形图和条形图显然不够看，那么如何让自己的柱形图更加出彩呢？之前为大家分享过当前一些高分期刊中常用到的变种柱形图表的绘制方法，详细可见推文：《给你的柱形图“烫个头”，跟上科研大佬们的时尚步伐！》 ...阅读... 阅 读 全 部 >
作者简介Introductiontaoyan：伪码农，R语言爱好者，爱开源。个人博客: https://ytlogos.github.io/R语言学习笔记之聚类分析Hadley Wickham创建的可视化包ggplot2可以流畅地进行优美的可视化，但是如果要通过ggplot2定制一套图形，尤其是适用于杂志期刊等出版物的图形，对于那些没有深入了解ggplot2的人来说就有点困难了，ggpl...阅读... 阅 读 全 部 >
暑假到了，在这个火热的夏日，还有比一张美丽的文章主图更能让我们充满激情和力量吗？在这组学撑起生物信息学半边天的时代，火山图，在转录组、蛋白组、代谢组等多种组学数据中，都占有举足轻重的地位。那么，什么是火山图（Volcano Plot）。正如名称所描述，火山图的图形非常像火山喷发的形状。火山图通常用来展示差异表达的基因，常常出现在芯片、转录组、蛋白组、代谢组等组学检测技术的结果中，并且通常...阅读... 阅 读 全 部 >
如果一篇科研论文没有 bar图，那它可能就不是一篇合格的科研论文。很多同学也许会问，bar图有什么难的，我科研论文做第一张图就是bar图，so~so~easy。其实bar图也有很多种的，最大的差别，就是我们家的 bar图和别人家的bar图。为什么别人家的 bar图可以上CNS，我们家的bar图match却只能在一两分的角落里画圈圈呢。当然实验设计和内容绝对占99...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >