分类目录归档：科研绘图

2023
04-29

绘制高质量的曼哈顿图，就用CMplot包啦！

在Genome-wide association study（GWAS，全基因组关联研究）关联分析的时候，我们经常会看到一些非常漂亮的曼哈顿图，能对候选位点的分布和数值一目了然。请输入就用R语言中CMplot包，帮你绘制高质量的曼哈顿图。请输入1. 安装CMplot包> install.packages("CMplot")> ...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2023
04-23

连锁不平衡图的绘制

连锁不平衡图，用来可视化不同SNP之间的连锁程度，前同事间俗称“倒三角”图。本文使用自己的数据，因为安装R包后使用内置数据集运行出结果较容易，但是自己的数据就可能会有一些不大不小的“坑”，我替你们趟了。。。一 、载入R包数据数据为内置CEUData保存后，进行了“细微”的处理（去掉SNP碱基之间的“/”），因为这种基因型形式文件很常见；library("LDheatmap")#读入数据SNP ..... 阅 读 全 部 >
2023
04-21

karyoploteR定制基因组可视化

karyoploteR是一个bioconductor的一个R包，用于定制非环形全基因组数据的可视化。其绘图绘图过程按照R的基本绘图系统，并且不需要其他图形包。karyoploteR旨在给使用者提供一种可以创建任何线性染色体基因组的表征，并在染色体上绘制相关基因组注释和实验数据。 karyoploteR仅仅只是一个绘图工具，因此意味着无法用这个R包来下载数据，需要使用者自己去下载然后导入R...阅... 阅 读 全 部 >
2023
04-20

FigTree构建进化树（柱状）教程

一直关注联川公众号的小伙伴们都知道，联川云平台已于2018年12月6日正式上线( http://cloud.lc-bio.com:5390/index.html)；还没使用过的小伙伴，赶紧点开大显身手一番~使用指南详情请戳此链接：联川生物云平台使用指南；联川云平台包含FAQ/SOP和云平台双重功能：丰富的FAQ/SOP，助你快速上手入门，更有详尽的分析技能小技巧等你来学习；云平台中包含科研中经常用... 阅 读 全 部 >
2023
04-19

如何绘制“松针”状的进化树？

在一些高分文章中，我们经常会看到一些非常漂亮的进化树，而进化树的美化往往离不开一些进化树编辑可视化工具。比如下图这篇NC文章的进化树就是由MEGA构建，之后用一款叫FigTree的小工具美化的。(Naturecommunications, 2018)FigTree是一款小巧的系统发生树可视化软件，可生成发表级质量的图片。为了方便大家的安装使用，软件的安装包（包括Macintosh OS X、Win... 阅 读 全 部 >
2023
03-25

神包ggseqlogo，让你的序列缤纷多彩

基因序列是大多数生物医学研究僧经常碰到的一种的数据。不同于长达几kb的序列，在一些情况下，我们需要在文中展现局部的，比如仅有10-20bp，序列突变情况，这就构成了一个seqlogo。那seqlogo是啥？长啥样，请看下图：在openi网站，输入关键词sequence logo，就可以发现有非常多的seqlogo，这些图都来自于已经发表的SCI论文（是不是又给大家透露了一个科研神器）。简单来说，s... 阅 读 全 部 >
2023
03-01

基因表达相关性可视化—弦图（R语言）

表达谱分析中，经常会使用到相关性分析，探索一组基因间的共表达特征。例如，这些基因间的表达是否存在较强的协同性，一个基因表达值的改变是否与另一个基因表达值改变显著相关，它们之间是共激活还是抑制关系等。对于相关性分析结果的可视化，通常有多种方法，例如相关性散点图、弦图、共表达网络图。本篇教程则主要带大家了解如何基于基因表达值的相关性，绘制弦图。如下弦图来自文献“CUL4B pro...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
2023
01-15

工具篇 | 这个R包，让你迅速提升SCI文章的逼格！

撰写： 小高 来源：小张聊科研平台的“ i生信”公众号，微信公众号搜索“ i生信”即可关注/扫描关注见文末#生信分析# #生信发文#今天笔者带来的是一篇整合分析RNA-Seq和ChIP-Seq的文章。RNA-seq是用于分析不同细胞类型和状态的差异基因表达的重要工具，基因表达受到多种机制的调控，包括表观遗传学上的翻译后的组蛋白修饰，这可以通过ChIP-Seq获得。单独分析...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
2023
01-14

50个ggplot2可视化案例

什么类型的可视化用于什么类型的问题？本文可帮助您为特定分析目标选择正确的图表类型，以及如何使用ggplot2在R中实现它。一个有效的图标:在不歪曲事实的情况下传达正确的信息简单而优雅的表达信息内容通过美学表达信息，而不是掩盖信息没有信息负载下面介绍了八类常见的图表可视化情景。在绘图之前，请仔细考虑你准备如何通过可视化的方式...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
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