1.TCGA RNA-seq数据更新情况2022年3月29日，GDC官网(https://portal.gdc.cancer.gov/)发布了新的更新版本(Data Release 32.0)数据。此次数据更新范围广、变化大，导致许多网上的教程一夜之间不再直接可用。具体的更新情况，在官网页面(https://docs.gdc.cancer.gov/Data/Release_Notes/Data_R... 阅 读 全 部 >
今天，小编将为大家介绍一个无需代码，并且免费使用的TCGA子数据库——cBioportal网站。毋庸置疑，这是一个科研汪们集万千宠爱的网站。首先，我们进入网站了解一下。官网网址为http://www.cbioportal.org/。进入官网后，主页分为以下三个区域，左侧的为选择研究的区域(按器官对各肿瘤分类)，中间是下载研究数据的区域，右侧区域是对各研究数据的一个总结及该癌种的临床信息。...阅读... 阅 读 全 部 >
前言随着测序技术的发展，一些大规模的癌症基因组项目，例如癌症基因组图谱（The Cancer Genome Atlas ,TCGA）和国际癌症基因组联盟（International Cancer Genome Consortium ,ICGC）收集了大量多维度的癌症基因组数据，同时这也给癌症基因组数据的整合、研究和分析带来了更大的挑战。因此，今天给大家介绍一款比较经典且好用的综合性数...阅读全文... 阅 读 全 部 >
数据集为“2012年TCGA发表的乳腺癌的研究”；分析类型，确定数据分析类型，以突变数据、拷贝数数据和表达数据为例；检索的基因，以“ERBB2”为例。点击Submit后会得到如下结果。OncoPrint页面显示的是检索的基因在所有样本中的突变、拷贝数、表达情况，如ERBB2在463个乳腺癌样本中发生变化的样本数目是89个，其中图中一个小竖条代表一个样本。把鼠标放到某个样本上可以显示更多信息，点击其... 阅 读 全 部 >
TCGA是目前最大的癌症基因信息数据库，通过TCGA不仅可以验证你的实验结果，还可以寻找新的研究方向，围绕TCGA已经有很多重量级文章出现，对它的使用愈发重要。目前使用的方法有两种，一是利用一些在线工具进行检索和查询，例如cBioPortal（http://www.cbioportal.org/public-portal/cgds_r.jsp）。二是下载肿瘤的三级数据，自行进行分析。在使用这...... 阅 读 全 部 >
CNV变化的GISTIC_2.0分析大家好，我是阿琛。在基因组水平，除了单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP）水平的改变，拷贝数(Copy number variation, CNV)的变化同样是一个十分重要的改变因素。拷贝数变异，是由基因组发生重排而导致的, 一般指长度为 1 kb 以上的基因组大片段的拷贝数增加或者减少,主要表现为亚显微水平的缺失... 阅 读 全 部 >