近日，美国麻省理工学院联合Broad研究所、加州大学等研究团队在 Nature genetics 上发表了题为“Polygenic enrichment distinguishes disease associations of individual cells in single-cell RNA-seq data”的研究文章。研究人员引入了 单细胞疾病相关性评分（scDRS），这是一种在单细胞... 阅 读 全 部 >
分类目录归档：组学教程
近日，美国麻省理工学院联合Broad研究所、加州大学等研究团队在 Nature genetics 上发表了题为“Polygenic enrichment distinguishes disease associations of individual cells in single-cell RNA-seq data”的研究文章。研究人员引入了 单细胞疾病相关性评分（scDRS），这是一种在单细胞... 阅 读 全 部 >
2023
12-31
12-31
10x Genomics FFPE样本单细胞转录组+空间转录组解决方案
FFPE（formalin fixation and paraffin embedding）样本，即福尔马林固定石蜡包埋的组织样本。它承载了众多疾病的关键信息，又可长期室温保存，所以是病理科当之无愧的“瑰宝”。在世界范围内，大约有数十亿份组织样品存储在医院或生物样本库中，其中绝大多数是FFPE样本。但是，FFPE样本也因为福尔马林的固定容易使组织中的核酸发生不同程度的降解和分子间...阅读全文&g... 阅 读 全 部 >
2023
12-19
12-19
FFPE样本的空间转录组是怎么做的？
上期我们介绍了空间转录组冰冻组织样本的制备，那么这期就来聊一聊空间转录组FFPE样本的那些事儿。FFPE样本常用于储存临床上的病理组织，是珍贵的医学研究材料，但由于FFPE样本固定时福尔马林的使用和保存时间久等原因，导致核酸存在不同程度的降解，使得研究基因表达颇为棘手。10x Genomics经过探索推出了Visium FFPE空间基因表达解决方案，不仅突破了这个障碍，能从 FFPE 样本...阅... 阅 读 全 部 >
2023
12-17
12-17
小白课堂 | 挑战不可能，FFPE样本该如何进行单细胞测序？
福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）样本自诞生以来，凭借着保存时间长、可关联临床及多组学数据等诸多优点，是生物技术研究、药物发现和回顾性基因研究的宝贵资源。不过令人遗憾的是，FFPE样本目前在单细胞研究中的使用却非常少，组学检测项目也相当有限，究其原因是FFPE处理使得样本中的RNA质量下降且存在片段化，所以难以准确评估转录本的表达。为突破这一壁垒，10x Genomics 经过不断优化...阅读全文... 阅 读 全 部 >
2023
12-16
12-16
单细胞+空间 | 3种技术助力解锁FFPE样本中的新世界！
福尔马林固定石蜡包埋的组织样本（FFPE）作为长期保存病理样本的金标准，已经存档了大量生物样品，不过这些被存档样品却因为前期固定包埋的时候，发生了核酸片段化、蛋白与核酸交联等情况，导致其价值无法被最大程度利用。随着基础研究和分子生物学相关技术的不断发展，FFPE样本的技术局限逐渐被破解，如今不仅可以在FFPE样本上开展单细胞转录组测序和空间转录组测序研究，还能同时进行空间原位多靶标蛋白检测，这..... 阅 读 全 部 >
2023
10-15
10-15
基于SSR分子标记的裸花紫珠种质资源遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建
裸花紫珠Callicarpanudiflora Hook. et Arn为马鞭草科紫珠属植物，干燥叶入药，主产于海南、广东、广西等省份，是海南省道地药材和黎药大品种，为《中国药典》2020年版唯一新增收载药材，具有消炎、解肿毒、化湿浊、止血等功效[1]。课题组前期对海南岛裸花紫珠种质资源进行调查，发现生产上尚无优势品种，人工栽培种苗大部分来源于自留种，长期以来会导致种质混杂，药材产量与质量参差不齐... 阅 读 全 部 >
2023
10-03
10-03
学术论文共享平台Authorea创始人直怼arXiv，是时候与时俱进了！
学术论文共享平台Authorea的创始人Alberto Pepe、首席研究员Josh Nicholson以及加州大学-圣塔芭芭拉的科学家 Matteo Cantiello，一同撰写了一篇有有关arXiv的文章，对arXiv的历史变迁、优缺点及成功原因做了如下分享。arXiv是世界上最受欢迎的预收录论文库。自1991成立以来，arXiv允许用户自由分享发表论文。arXiv的普及使得学术论文的...阅... 阅 读 全 部 >
2023
10-02
10-02
学术论文共享平台Authorea创始人直怼arXiv，是时候与时俱进了！
学术论文共享平台Authorea的创始人Alberto Pepe、首席研究员Josh Nicholson以及加州大学-圣塔芭芭拉的科学家 Matteo Cantiello，一同撰写了一篇有有关arXiv的文章，对arXiv的历史变迁、优缺点及成功原因做了如下分享。arXiv是世界上最受欢迎的预收录论文库。自1991成立以来，arXiv允许用户自由分享发表论文。arXiv的普及使得学术论文的创建..... 阅 读 全 部 >
2023
09-30
09-30
sgRNA文库想做个自我介绍
基因是一切生命活动的源头，对于生命科学的研究，只要找到目标基因，就能针对性地开展这个基因的功能、机制以及后续表达等一系列研究。研究基因在代谢通路或某些特定疾病发生过程中的功能，对于疾病机理研究及药物研发具有非常重要的意义。近年来，CRISPR基因编辑技术以其操作简单和通用的独特优势，已发展为研究分子生物学机制的强有力工具。利用CRISPR技术建立可能与某类功能相关的突变体库，通过功能性筛选和...... 阅 读 全 部 >
2023
09-29
09-29
CRISPR文库火“出圈”啦！还不会用？这篇给你从头到尾梳理一遍！
最近CRISPR文库火“出圈”了，小源在这里整理了一份CRISPR文库速记攻略，帮助你快速了解CRISPR文库！攻略主要包括以下几个部分：1. CRISPR文库简介2. CRISPR文库有哪些应用？2.1筛选癌症治疗相关靶点2.1.1识别肿瘤驱动基因2.1.2筛选合成致死基因对2.1.3筛选肿瘤耐药基因2.2筛选病毒感染相关的宿主因子2.3其他（信号通路、抗...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
