作者：Carson 数据分析师，R语言中文社区专栏作者。知乎专栏：https://zhuanlan.zhihu.com/carson-0814数据源：朝阳医院2016年销售数据分析指标：1、月均消费次数；2、月均消费金额；3、客单价；4、消费趋势打开excel数据源，数据的基本字段如下：一、将excel数据源导入R中二、对数据进行预处理“数据是一件麻烦的事——一件非常非常麻烦的事。”，数据分析工作... 阅 读 全 部 >
作者：James D. Miller;翻译：王雨桐;校对：万文菁本文约5300字，建议阅读10+分钟。本文将介绍数据清洗过程的主要步骤，并通过案例和代码演示如何利用R语言进行数据清洗。R是进行运算、清洗、汇总及生成概率统计等数据处理的一个绝佳选择。此外，由于它独立于平台、短期内不会消失，所以生成的程序可以在任何地方运行。并且，它具备非常棒的辅助资源。本文摘录自James D.Miller撰写...... 阅 读 全 部 >
各位医学方的朋友，大家好，我是Flyman，今天给大家分享一篇WGCNA的文章，WGCNA不可否认在样本数目较多的情况下，应用越来越多，特别是基于WGCNA进行biomarker筛选，这篇文章是17年发表在Experimental Eye Research（（IF：3.152）杂志上。今天，我们主要从数据集的搜集与前处理、网络构建、模块识别、功能富集以及hub基因挑选5个方面来解读这篇文章。0..... 阅 读 全 部 >
我们上一期介绍了数据挖掘中的表达量挖掘法（回顾戳这里☞），相信大家都已经了解了四大利器的威力，那么今天我们就带大家接着了解一下功能挖掘法和寻找“明星”的数据挖掘方法吧。图1.转录组数据挖掘常用方法功能挖掘法虽然我们进行了表达量的挖掘，但是每个基因在生物过程中都具有它们独特的功能，仅关注表达量的信息，会让我们漏掉非常多的信息。因此我们不能局限于表达量挖掘，而忽略了基因的功能。数据的挖掘除了...阅读... 阅 读 全 部 >
ChromImpute是一款用于大规模系统表观基因组分析的软件。在大规模的系统表观组学分析中，缺失值的存在是不可避免的，为了尽可能的减小缺失值对结果的影响，这个时候我们就需要一款这样的软件，可以基于大量的数据集进行训练，从而对缺失值进行科学的插补，达到即使存在缺失值也不对最终的结果形成影响的效果。上图是经ChromImpute处理的数据，可以看到，蓝色部分是真实的观察值，红色部分是插值后的结果，经... 阅 读 全 部 >
GO分析相信是所有小伙伴都需要用到的，那么，我们如何使用R中的GOplot包绘制一张完美的GO富集分析图呢？首先，我们打开R，用以下命令进行 G O p l o t 包的安装install.packages('GOplot')#安装GOplot包安装完后，我们将R包及分析好的GO数据导入library(GOplot)#导入R包data(EC) #导入数据head(EC$david)#...阅读全文... 阅 读 全 部 >
Cytoscape是一个优秀的生物软件平台，可以完成很多的生物学分析，我们可以使用cytoscape中的bingo插件，完成模式物种的GO富集分析。首先，打开cytoscape，安装bingo插件运行bingo输入保存名称输入差异基因输入检验方式与阈值输入要聚类的条目选择物种保存运行，得到富集结果可以看到，颜色越深，代表越显著，圆圈越大，代表富集到的基因越多颜色表示的数值可以将网络图导出...阅读... 阅 读 全 部 >
今天分享的是使用CAMERA对代谢物加和峰进行注释。下面我们就来介绍一下具体方法。操作步骤#载入R包library(CAMERA)#单个样品file <- system.file('mzdata/MM14.mzdata', package = "CAMERA") xs <- xcmsSet(file,method="centWave",ppm=30,peakw...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
在进行差异基因表达分析时，得到显著差异基因后，接下来就需要分析这些基因参与了哪些功能，常见的就是GO功能注释和KEGG通路富集分析，今天就来介绍一下如何使用在线分析工具DAVID与KOBAS的进行KEGG通路富集分析。操作步骤进入DAVIDhttps://david.ncifcrf.gov/conversion.jsp上传基因列表选择物种开始分析选择转换选择格式，按照ENTREZ_GENE_ID转... 阅 读 全 部 >
新一代测序技术的发展使测序成本大为降低，测序数据也呈现爆炸式的增长。其中，转录组数据RNA-seq最受研究人员欢迎。通过分析感兴趣的器官/组织/细胞中的基因表达模式，研究人员可以更好地了解基因在不同发育时期、不同环境或是处理条件下表达水平的变化，从而进一步分析基因功能。处理大型RNA-seq数据集的工具eFP‐Seq Browser实现了用户友好的基因表达分析和可视化。说起可视化工具，大家最熟悉的... 阅 读 全 部 >