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2022
07-10

【转录组学】LncRNA鉴定思路与软件比较分析

1.非编码RNA简介非编码RNA是一类被认为不具备编码能力RNA，目前已知的已经有十多种，主要包括了：小RNA(sRNA) <40nt、小干扰RNA、miRNA(18-24nt)、长非编码lncRNA(>200nt)、核糖体RNA、核小RNA、核仁小RNA等等。随着人们认知的逐渐深入，发现这些非编码RNA在转录调控上发挥着重要的作用，并且其他部分同样具有编码...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2022
07-09

16S从实验到数据分析最全流程

本文主要介绍了16S的实验、建库、数据分析等过程，也是我自己近期的一个小总结，初学之时从很多前辈的无私分享中受益良多，在此也和大家分享一些我的见解，当然我也只是一个初学者，还有很多不完备之处，希望能与各位一起交流分享。导航本文一共分为三个部分：实验部分建库测序16S测序数据分析一. 实验部分：DNA提取与质检1...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2022
07-02

RNA-seq : Hisat2+Stringtie+DESeq2

RNA-seq 即转录组测序技术，就是用高通量测序技术进行测序分析，反映出 mRNA，smallRNA，noncodingRNA 等或者其中一些的表达水平，寻找表达差异的基因预测或验证相关的分子机制及功能。2016 年发表在 nature protocols 上一篇关于转录本精确定量[1]的文章：文章中以 HISAT + Stringtie + Ballgrown 的...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2022
06-30

simpleEnrichment--对GO富集分析结果进一步处理！

作者：作图丫背景介绍通常我们进行功能富集分析，对基因集进行功能注释的时候，往往会得到大量显著富集的功能，今天小编给大家介绍的simplifyEnrichment包，就可以通过binary cut的方法，将GOSemSim得到的GO相似度矩阵进行划分，从而将GO划分为几个类，通过注释就可以知道每个类对应的功能是什么。R包安装###通过github安装simplifyEnrichment...阅读全文... 阅 读 全 部 >
2022
06-29

高逼格生信绘图神器 —ClueGO

GO和KEGG分析是最常用的生信分析方法，在SCI论文中也经常见到，那么你能想到的GO和KEGG分析结果的展示方法有哪些呢？条形图：饼状图：表格：相比于上面这些，这样的网络图展示起来是不是立马提升了几个档次：首先讲一下如何获取这一利器，ClueGO和CluePedia是Cytoscape的APP，点开Cytoscape的Apps菜单，找到这两个APP把它们下载安装了。然后你就能在A...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
2022
06-29

手把手教你画GO 功能分类图 | 分析技能

GO介绍GO是Gene ontology的缩写，GO数据库分别从功能、参与的生物途径及细胞中的定位对基因产物进行标准化描述，即对基因产物进行注释，通过GO富集分析可以了解差异基因富集在哪些生物学功能、途径或者细胞定位，是高通量测序数据解读中比较常用的一种数据分析方法。下面跟着小编一起来来学习如何用excel画GO 功能分类图吧~一.图片结构说明观察上图，发现横坐标有分子类和父类，其次是纵坐标为..... 阅 读 全 部 >
2022
06-26

3分钟搞定GO/KEGG富集分析

在进行差异基因表达分析时，得到显著差异基因后，接下来就需要分析这些基因参与了哪些功能，常见的就是GO功能注释和KEGG通路富集分析，今天为大家介绍在线分析工具的使用——DAVID与KOBAS 3.0。DAVID是一个生物信息数据库，其整合了生物学数据和分析工具，为大规模的基因或蛋白列表提供系统综合的生物功能注释信息，帮助用户从中提取生物学信息。目前DAVID数据库主要用于差异基因的功能和通路...... 阅 读 全 部 >
2022
06-25

高逼格生信绘图神器 —ClueGO

GO和KEGG分析是最常用的生信分析方法，在SCI论文中也经常见到，那么你能想到的GO和KEGG分析结果的展示方法有哪些呢？条形图：饼状图：表格：相比于上面这些，这样的网络图展示起来是不是立马提升了几个档次：首先讲一下如何获取这一利器，ClueGO和CluePedia是Cytoscape的APP，点开Cytoscape的Apps菜单，找到这两个APP把它们下载安装了。然后你就能在Apps...阅读... 阅 读 全 部 >
2022
06-23

10个令人相见恨晚的R语言包

作者：yhat大约3年前我开始使用R，起初进展很慢，与我习惯的语言相比，语法更加直观也比较简单，而且需要一段时间才能习惯于细微的差别。我还不清楚语言的力量与社区和各种包的密切关系。和其他语言（比如Python和Java）相比，R可以更模糊和麻烦。好消息是，有大量的包可以在R基础库上提供简单和熟悉的界面。这篇文章是我喜欢和每天使用的10个包，并且我希望自己能早些知道他们。...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
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