今天就跟大家分享一篇 巨简单的生信分析 + 巨简单的实验发 7+ 的非肿瘤研究生信文章，看完直呼：我也行！ 文章题目：Identification and Clinical Validation of Key Extracellular Proteins as the Potential Biomarkers in Relapsing-Remitting Multiple Sclerosi...阅... 阅 读 全 部 >
在进行差异基因表达分析时，得到显著差异基因后，接下来就需要分析这些基因参与了哪些功能，常见的就是GO功能注释和KEGG通路富集分析，今天为大家介绍在线分析工具的使用——DAVID与KOBAS 3.0。DAVID是一个生物信息数据库，其整合了生物学数据和分析工具，为大规模的基因或蛋白列表提供系统综合的生物功能注释信息，帮助用户从中提取生物学信息。目前DAVID数据库主要用于差异基因的功能和通路...... 阅 读 全 部 >
GO和KEGG分析是最常用的生信分析方法，在SCI论文中也经常见到，那么你能想到的GO和KEGG分析结果的展示方法有哪些呢？条形图：饼状图：表格：相比于上面这些，这样的网络图展示起来是不是立马提升了几个档次：首先讲一下如何获取这一利器，ClueGO和CluePedia是Cytoscape的APP，点开Cytoscape的Apps菜单，找到这两个APP把它们下载安装了。然后你就能在Apps...阅读... 阅 读 全 部 >
作者：yhat大约3年前我开始使用R，起初进展很慢，与我习惯的语言相比，语法更加直观也比较简单，而且需要一段时间才能习惯于细微的差别。我还不清楚语言的力量与社区和各种包的密切关系。和其他语言（比如Python和Java）相比，R可以更模糊和麻烦。好消息是，有大量的包可以在R基础库上提供简单和熟悉的界面。这篇文章是我喜欢和每天使用的10个包，并且我希望自己能早些知道他们。...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
使用R语言clusterProfiler包进行KEGG富集分析（有参分析）我们在前面的视频教程中，为大家讲述了GO、KEGG富集分析的基本原理，并展示了如何使用DAVID进行GO富集在线分析的过程，详情请添加微信公众号查看“没想到基因GO富集分析这么简单”。本节继续以R语言clusterProfiler包中的方法为例，展示如何进行KEGG富集分析。下文使用的测试数据和R代码等，可添...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
随着技术的进步和革新，高通量的数据越来越容易，在SCI文章中也越来越重要。不管是转录组学还是蛋白质组学，对分析得到的差异分子进行聚类，最先想到的，必然是GO富集分析。GO富集分析在很多文章中都成为Figure的一部分，一张好看的GO分析图，是可以给数据加分的。在此，小编在此给大家分享最常见的GO分析图的绘制，保证手把手学会哟。壹软件运行准备Prism和excel，小编用的是Prism 8版本，以及... 阅 读 全 部 >
通过KEGG、GO等经典富集分析，我们能够了解到阈值筛选出的差异基因参与的通路和具备的功能，以及哪些功能/通路对表型变化是可能起主导作用的。但在经典富集分析中，我们无法得知某条通路下差异基因的总体变化趋势，即富集到同一通路下的基因既又上调也有下调，那么这条通路的表现形式到底是被激活了呢？还是被抑制了呢?且设定的阈值可能也会卡掉一些在统计学意义上无显著差异但实则有着重要生物学意义的基因，导致重要通路... 阅 读 全 部 >
前面已经讲述了R包用clusterProfiler做GO富集分析clusterProfiler的GO富集分析方法，本篇继续演示R包goseq的GO富集分析。相比clusterProfiler中的GO富集分析方法，goseq的特别之处在于，不再使用超几何分布（Hyper-geometric distribution）检验，而是使用了Wallenius non-central hype...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
这期番茄君为大家带来如何利用DAVID在线数据库做GO与KEGG分析。1.点击文末“阅读全文”，获取DAVID在线数据库网址链接。打开后如下（部分）：2.点击上图中红色框里的Start Analysis。如下： 3.上传基因。Step1: Enter Gene List有两个选项可以上传基因：第一种方法是在A: Paste a list的白色框里输入基因名字；第二种方法是利用B：Choose ..... 阅 读 全 部 >
什么类型的可视化用于什么类型的问题？本文可帮助您为特定分析目标选择正确的图表类型，以及如何使用ggplot2在R中实现它。一个有效的图标:在不歪曲事实的情况下传达正确的信息简单而优雅的表达信息内容通过美学表达信息，而不是掩盖信息没有信息负载下面介绍了八类常见的图表可视化情景。在绘图之前，请仔细考虑你准备如何通过可视化的方式...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >