尽管从一群细胞中获得全基因组范围的mRNA表达量对理解生物学机制非常有用，但这种方法只能获得平均基因表达水平，有时候会掩盖，甚至误导一些有意思的生物学现象。幸运的是，随着高通量测序技术的迅速发展，我们可以获得单个细胞的转录组。与大体积（bulk）RNA测序相比，单细胞RNA测序的数据结构虽然与其相同，但也有它不一样的特征：起始RNA极其稀少、分辨率高（resolution，即存在大量的基因有0..... 阅 读 全 部 >
全基因组测序（Whole Genome Sequencing），简称WGS，目前默认指的是人类的全基因组测序。所谓全（Whole），指的就是把物种细胞里面完整的基因组序列从第一个DNA开始一直到最后一个DNA，完完整整地检测出来并排列好。因此这个技术几乎能够鉴定出基因组上任何类型的突变。这种从头测序和组装通常应用于没有参考基因组可用或可用参考质量较差的生物体。之前未测序的基因组...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
导读在农业科学中，为了提升作物农艺性状，经常会遇到将与性状相关的基因或位点在基因组上进行定位的需求，此时BSA作为一种简便又高效的分析方法便有了大显身手的机会。可是BSA究竟是怎样的一种研究方法呢，适用于什么群体呢？跟着小编了解一下吧！什么是BSA?BSA（Bulked segregation analysis）即混合分组分析，也称分离群体分组分析，是指利用目标性状存...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
领略高端套路，发表高分文章！ 小伙伴们大家好，我是菠小萝。这里是菠小萝的高分生信SCI解读专栏。说到套路，大家都是又爱又恨，简单的套路分数低，分高的套路实验多，难道就没有我们自己也能通过基础的生信和简单的实验发表的高分文章吗？2020年的12月，菠小萝将以“你也能发表的高分生信”为专题，带给大家不一样的生信套路套路~本周我要与大家分享的是一篇2018年发表在《Cell Systems》上的纯生..... 阅 读 全 部 >
前言条形图专用于离散变量和数值变量之间的可视化展现，其通过柱子的高低，直观地比较离散变量各水平之间的差异，它被广泛地应用于工业界和学术界。在R语言的ggplot2包中，读者可以借助于geom_bar函数轻松地绘制条形图。对于条形图大家对其的印象是什么呢？又见过哪些种类的条形图呢？在本篇文章我将带着各位网友说道说道有关条形图的哪些品种。ggplot2的语法讲解如果读者对...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
差异基因富集方法之Friends分析大家好，我是阿琛。今天，我们来给大家介绍一种常见的拓展生信分析方法。在常规的⽣信文章中，我们往往能够得到⼀大堆的显著差异表达基因。然而，从⾥面挑选哪⼀个基因出来进行验证常常让我们感到困扰。 通常，我们会从这些特定的蛋白功能信息出发，根据差异基因的条⽬进⾏富集分析，查找与其功能相似或相关的蛋白质，关联、比较、量化，看看是否富集在某个GOterm或者KEGG通路当中... 阅 读 全 部 >
整理 | 夕颜【导读】网上关于各种降维算法的资料参差不齐，但大部分不提供源代码。近日，有人在 GitHub 上整理了一些经典降维算法的 Demo(Python)集合，同时给出了参考资料的链接。PCA资料链接：https://blog.csdn.net/u013719780/article/details/78352262https://blog.csdn.net/u013719780/articl... 阅 读 全 部 >
实际工作中要处理的变量之间的关系往往是错综复杂的。处理这些多变量数据的最大挑战之一就是信息过度复杂，若数据集有100个变量，如何了解其中所有的交互关系呢?即使只有20个变量，当试图理解各个变量与其他变量的关系时，也需要考虑190对相互关系。主成分分析等方法是用来探索和简化多变量复杂关系的常用方法。在这里我们重点介绍两种简化多变量复杂关系，即降维的方法：主成分分析和t-SNE（t-Distri...... 阅 读 全 部 >
全转录组是指特定组织或细胞在特定状态下转录出的所有转录本信息的总和。与常规转录组相⽐，通过构建链特异转录组⽂库和⼩RNA⽂库的全转录组测序可以同时获得mRNA、lncRNA、circRNA和miRNA四种类型的RNA信息，对其进⾏种类鉴定、定量、差异分析和RNA互作整 合分析。⽬前单⼀的mRNA或ncRNA研究可能⽆法满⾜科研需求，通过全转录组测序和联合多种RNA的整合分析可以更全⾯的解析转录..... 阅 读 全 部 >
来源：生物通新一代测序技术在爆炸式发展的同时，也衍生出许多其他技术创新。RNA深度测序（RNA-Seq）就是其中之一，这项技术使我们对细胞发育及其调控机制的理解，达到了前所未有的深度和广度。尽管研究细胞RNA并不是什么新鲜事，但RNA-Seq的出现大大拓展了转录组研究的规模，取得了累累硕果，这些是传统技术难以企及的。RNA-seq可以获得相当惊人的数据量，而这恰恰是一柄双...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >