比较转录组≠无参转录组的比较

派森诺转录组致力于科技服务的产品丰富且专业，产品在丰富的同时也有细致划分。今天带大家来了解一下对于无参考基因组的物种，比较转录组和无参转录组的区别。

区别：

1、分析目的不同：

无参转录组测序：利用高通量测序技术进行cDNA测序，全面快速地获取某一种特定器官或组织在某一状态下的几乎所有转录本。根据将不同组的unigene进行比较，得到差异基因进行分析。

比较转录组测序：是基于高通量测序平台，通过RNA-seq技术手段研究物种进化，通过不同物种或亚种间mRNA序列差异进而分析近源物种间的亲缘关系，挖掘明显受到正向选择或负向选择的基因。适用于同一物种不同遗传背景品系（不同亚种、野生种、栽培种）。

2、拼接方式不同：

无参转录组要求样品是相同物种，拼接时所有样品的reads在一起拼接成unigene当做背景，然后进行命名和注释。

比较转录组的样品是不同种，因此拼接时将每组样品的reads在分开拼接，然后分别进行命名和注释。这样就无法对不同组的样品进行差异基因的比较。

3、分析内容不同：

无参转录组分析内容：

比较转录组分析内容：

无参转录组可以做差异基因的表达量分析，而比较转录组由于是不同物种，unigene是分开拼接的原因，无法统计表达量。原因是测序后的reads会通过软件拼接成unigene，在此过程中，由于拼接方式不同，我们是先对拼接好的unigene进行命名，然后做接下来的分析，因此导致相同基因在不同物种中命名不一致，或者命名相同的基因实质上不是同一个基因。所以无法做差异基因表达量的统计。

如果研究的生物没有基因组信息，建议不要将不同品系，甚至不同种的生物在一起拼接当做无参转录组测序分析。