分类目录归档：组学教程

2023
04-26

肿瘤研究中常见的单细胞分析方法一

转眼到了2022年的下半年，各位奋战在科研实验，埋首期刊文献中的小伙伴可有收获？最近一直收到很多老师同学的咨询，跟随单细胞的大潮测了不少单细胞样本，在拿到数据之后不知道做哪些挖掘可以解决自己想要说明的问题。本章专题将结合文献和大家分享单细胞中的那些分析以及结果的阐述。在进行接下来的介绍之前，我们假定您已经拥有细胞分群已经细胞亚群定义的结果。一：单细胞轨迹研究...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >

2023
04-25

群体遗传进化专题之选择性清除分析

所谓选择性清除：当一个有利突变发生后，这个突变基因的适合度越高，就越容易被选择固定。当这个基因被快速固定之后，与此基因座连锁的染色体区域，由于搭车效应也被固定下来，大片紧密连锁的染色体区域因此失去多态性，这种由于搭车效应引起多态性下降的现象，遗传上称为选择清除。下图可以形象的展示受选择后的结果。    圈子不同，别瞎凑合。...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >

2023
04-24

单细胞组学测序分析中实用性超强的配受体对数据库

不论是做实验还是做高通量测序分析，我们往往离不开要对分子层面的作用机制进行研究，而其中基因可以编码下游蛋白，通过调控蛋白之间的相互作用或是影响蛋白质本身行使的功能从而最终影响表型的变化。这么一来，对于蛋白作用的了解就显得格外重要了。这些信息可以来源于KEGG数据库的注释也可来源于Uniprot对蛋白功能的注释，但不论是存在于KEGG还是Uniprot数据库的信息，都过于分散，是否有已经整理好的蛋白... 阅 读 全 部 >

2023
04-24

全基因组关联分析GWAS专题2——连锁不平衡

连锁不平衡（linkage disequilibrium, LD）分析是群体遗传学研究中常见的分析内容，也是关联分析的基础，在很多的GWAS文章中都会出现LD衰减图及单倍型block图，接下来一起连锁不平衡（linkage disequilibrium, LD）初探。图1 水稻自然群体连锁不平衡衰减与桃果糖含量位点相关单倍型区块1、LD的概念当位于某一座位的特定等位基因与另一座位...阅读全文&g... 阅 读 全 部 >

2023
04-21

快速入门群体结构分析，Structure教程来了！

tructure是由斯坦福大学Pritchard实验室开发的一款群体结构分析软件。structure可通过贝叶斯聚类方法对每个样本的来源进行判断，进而反应群体的遗传结构。真正跑时burnin设为100000，跑100000代，k设为1-20，每轮运行10次。序列文件用xmfa2struct转为structure可识别的格式，SSR用Genalex转为structure可识别的格式。操作步骤打开st... 阅 读 全 部 >

2023
04-17

GWAS真的只有关联分析这么简单？

近年来，全基因组关联分析（Genome wide associationstudy，GWAS）在筛查和鉴定动植物重要经济性状的主效基因方面得到了广泛应用。GWAS关联精度高，研究周期短，已成为功能基因挖掘的重要手段。我们在看文献的时候一般会看到全基因组关联分析线性模型计算出的曼哈顿图和QQ图。那在关联分析之前，如何评估群体结构和亲缘关系？你知道么？图1 曼哈顿图和QQ图[1]今天我们就从GWAS入... 阅 读 全 部 >

2023
04-16

【技术干货】动植物GWAS经典软件TASSEL的使用

做功能基因定位的生物狗基本都知道，经过10来年的发展，关联分析与连锁分析一样，已经成为一项基本工具，广泛应用于动植物功能基因挖掘中。在动植物（尤其是植物）的关联分析中，TASSEL软件是最早出现的开源软件，相对于其他软件，TASSEL也是使用的最广泛的，您想不想知道在您有了表型、基因型之后，怎么使用TASSEL进行关联分析呢？往下看吧，小编教你啊~先给软件的下载地址 ht...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >

2023
04-16

Admixture：一款快速分析群体遗传结构的软件

群体遗传结构(Structure)指遗传变异在物种或群体中的一种非随机分布。按照地理分布或其他标准可将一个群体分为若干亚群，处于同一亚群内的不同个体亲缘关系较高，而亚群与亚群之间则亲缘关系稍远。群体结构分析有助于理解进化过程，并且可以通过基因型和表型的关联研究确定个体所属的亚群。一般进行群体分析所使用的软件为STRUCTURE，但是STRUCTURE的运行速度较慢，如今Admixture凭借其高速... 阅 读 全 部 >

2023
04-15

WGCNA中的eigengene有什么重要意义呢？

经过软阈值确定，TOM矩阵计算，层次聚类和动态切割后，我们获得了一些基因模块，每个模块里面都可以看成是有共同目的的团伙。为了方便后面纷至沓来的相关性分析，尤其是跟性状的联合分析，现在需要选取出每个模块中的代表人物。这个过程就是寻找每个模块的eigengene(读音: 爱根金)这样，模块信息就变成了，行是eigengene，列是样本的矩阵了，十分简化。...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >

2023
04-15

ChIP-seq分析方法：实用的工作流程和高级应用

大家好，这是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。2020年03月，《Methods》杂志上发表一篇关于表观组学ChIP-seq分析方法的综述文章，详细介绍了染色质免疫共沉淀（ChIP-seq）的工作流程和高级应用。以下为原文总结分享：一、介绍（Introduction）染色质免疫共沉淀测序（ChIP-seq）是表观基因组学研究中的一种主要方法。全基因组的组蛋白...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >