摘自生信草堂今天的文章中我给大家介绍环状RNA预测的另一款重要的软件——CIRCexplorer2. 该软件是由中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所陈玲玲研究组和计算生物学研究所杨力研究组共同开发的，他们团队已经在《Cell》, 《Mol Cell》和《Genome Res》等国际顶尖杂志发表多篇环状RNA研究文章。CIRCexplorer2继承...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
此前我们已讲解许多关于RNA甲基化相关实验设计和研究思路套路，今天，我们来点新干货，从生物信息学分析的角度来独家解析MeRIP-Seq数据的分析利器——exome Peak。通过exomePeak包能够进行RNA甲基化位点peak鉴定、peak定量以及差异分析，一起来看看这款经典软件的内部原理吧。关于exomePeakexomePeak是目前主流的MeRIP-seq(m6A-s...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
circRNA 如何预测其靶基因？在完成与参考基因组的比对后，我们的流程从宿主基因中进行circRNA的鉴定，并计算排名。 对于鉴定结果的宿主基因，即为circRNA的靶基因。对于具有circRNA鉴定结果，并在两组间存在显著差异结果的genelist，后续我们对其进行了富集分析。circRNA分析流程如下：circ鉴定结果展示如下：IGV示意如下...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
lncRNA如何预测其靶基因？整个流程可以用两句话总结：将IP与input进行callPeak的结果与已知lncRNA进行相交，将交集得到的lncRNA进一步查找其附近具有功能的Protein-coding基因，随后对这些基因进行功能富集分析。 如下图所示，流程图展示了如何使用RNA数据进行lncRNA的查找与其靶基因功能注释，IGV则将这个过程找到的基因进行可视化。流...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
1. CircRNA背景及分析流程简介1.1. 背景简介环形RNA是一类在真核生物中广泛存在的具有特殊环状结构的非编码RNA分子。已有文献表明，在生物体内，环形RNA有着miRNA海绵、RBP海绵以及翻译短肽等多项功能，在许多生物学过程中发挥着重要作用。目前研究表明，大部分环形RNA来源于蛋白编码基因的外显子区域。在pre-mRNA剪接的过程中，除典型的内含子剪接事件外，还...阅读全文>&... 阅 读 全 部 >
1. 工作流程RNA免疫共沉淀（RIP）是一种用于研究蛋白质与 RNA 的体内相互作用的经典实验技术。采用特异性抗体将目的蛋白进行免疫沉淀，由此可以把目的蛋白所结合的RNA片段也富集下来。通过与高通量测序技术的结合，对 RIP 后的RNA 产物进行测序分析， 从全基因组范围内寻找目的蛋白的 RNA 结合位点，以高效率的测序手段得到高通量的数据结果。1.1. RIP ...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
文库构建样品质检合格后，Input样品，使用去核糖体转录组建库，IP样品，核糖体含量低，采用全转录组建库。文库构建完成后，随后使用 Agilent 2100 Bioanalyzer 对文 库大小范围进行检测，插入的目的片段大小符合预期后，使用 Q-PCR 方法对文库的有效浓度进行准确定量（文库有效浓度 ＞3nM），以保证文库质量库检合格后，将不同文库按照有效浓度及目标下机数据...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
1. 建库测序流程1.1. Total RNA 样品制备和检测(1)使用 NanoDrop 2000 分光光度计对 RNA 样品进行初步定量；(2)使用 Aglient 2100 对 RNA 样品浓度精确定量。 RNA 总量、浓度、完整性 （RIN 值，RNA Integrity Number）、纯度（OD260/OD280 比 值）符合收样立项标准后，进入下一...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
建库测序流程MicroRNA (miRNA) 是一类长度约为20-24个核苷酸长度的具有调控功能的非编码RNA，miRNA 是生物体内一类重要的特殊分子，诱导基因沉默，参与细胞生长、发育、基因转录和翻译等诸多生命活动的调控过程。从RNA样品到最终分析结果数据，需要经过样品检测、建库、测序和信息分析等过程，其中测序过程我们采用高通量测序illumina HiSeq/MiSeq测序平...阅读全文&g... 阅 读 全 部 >
技术服务描述此文为Chip-seq报告的解读文件：以下红字灰色背景为每一小节的结果解读信息结果解读位于每一小节末尾1. 工作流程染色体免疫共沉淀（ChIP）是一种用于研究蛋白质与 DNA 的体内相互作用的经典实验技术。采用特异性抗体将目的蛋白进行免疫沉淀，由此可以把目的蛋白所结合的基因组 DNA 片段也富集下来。通过与高通量测序技术...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >