关键词：测序技术、序列格式、数据质控 阅读用时：全文共6小节，约4800字，约9分钟 关键词：测序技术、序列格式、数据质控 作为一名生信老鸟，深知一入生信深似海。俗话说，不了解数据格式的程序猿不是好科研工作者，今天我们就聊聊随着高通量测序技术的发展，不同测序原理、不同测序仪的的原始下机文件格式都有哪些，走过了怎样的发展演化史？2005年454公司的 Genome Seque...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
微生物重测序是基于高通量测序数据，与近缘参考基因组进行比对，进行变异检测的方法。通过重测序可以获得目标基因组对于参考基因组的SNP、InDel、SV等一系列变异信息，从中尝试对基因组之间的性状差异进行解析，或作为标记进行大规模的进化分析。本期小编将以微生物重测序分析为例给大家介绍短序列比对软件bwa的使用。一BWA 下载安装下载https://nchc.dl.sourceforge.net/pro... 阅 读 全 部 >
BSA在遗传学、基因组学和育种中的应用摘要以前生物学分析需要基于样本群体中的所有个体开展，但是混合样本分析（Bulked sample analysis, BSA）这种通过挑选个体并进行混合分析的方法渐渐在遗传绘图方面得到了广泛运用，方式包括构建双亲本遗传群体、测序重要基因突变体或是对极端突变体进行GWAS分析等。与传统的基于整个样本群体的分析相比，BSA显著降低了测序的规模（数据量）和花...阅... 阅 读 全 部 >
技术简介BSA（Bulked Segregant Analysis），又称集群分离分析法或混合分组分析法，针对目标性状，选择表型极端差异的亲本构建家系，同时对两亲本和该家系目标性状表型极端的子代分别混合得到的两个混池进行全基因组重测序，检测到的两混池间DNA差异片段即为候选区域，并注释该区域基因，可进一步定位到目标性状相关的基因或标记。利用该方法，可以快速的对单一性状在基因组上进行定位。随...阅... 阅 读 全 部 >
原文Zou C, Wang P, Xu Y. Bulked sample analysis in genetics, genomics and crop improvement[J]. Plant biotechnology journal, 2016.PerspectivesBSA既有前面讨论的一些优势，也存在一些限制。尽管BSA已经广泛应用于遗传学和基因组学研...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
SNP-index这个词，作为BSA的最常用的核心算法，给出的是BSA类项目最重要的QTL定位结果。SNP-index通过结果的可视化，可以非常直观地看出BSA定位得到的QTL在基因组上的位置。例如下图是一个典型的SNP-index的展示结果：上图中，第一行和第二行分别代表两个子代极端性状混池的SNP-index结果，第三行是两个子代池的△SNP-index的结果。通过第三行我们可以看出，QTL被... 阅 读 全 部 >
5月10日，《Plos One》杂志（最新影响因子： 3.057）在线发表了派森诺与上海交通大学合作的简化基因组+重测序项目的一篇文章。下面，小编就来分享一下该文章的内容。研究背景多趾，即趾头数目过多，是脊椎动物中常见的一种遗传性肢体异常。鸡常见趾型为四趾，多趾畸形一般为额外多一个拇趾在一边或两边脚趾。研究目的前人利用混池测序性状定位（BSA）、连锁分析和全基因组关联分析...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。染色质免疫共沉淀（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP），是一种用来在体内鉴定及分析基因组内部蛋白质-DNA 相互作用的有力研究技术。在ChIP的基础上，用二代测序检测ChIP实验的DNA产物，将ChIP与高通量测序技术相结合的ChIP-seq技术，可在全基因组范围对特定蛋白的DN...阅读全文>&... 阅 读 全 部 >
一、 介绍细菌基因组研究，是通过基因组测序和组装，获得细菌全基因组序列，并对基因组开展结构预测，功能注释、比较基因组学及泛基因组研究。依据研究精细程度不同，分为框架图（也称为草图）、完成图（0gap），下面我们主要介绍框架图的分析内容。二、 分析流程基本流程为，建库测序，序列优化，基因组组装，基因及结构预测，功能注释，画图展示。三、 分析步骤与结果展示...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
马上2019就过完了，实验还没眉目？标书还没开始？我想起了那句名言：Deadline是第一生产力。今天师兄又给大家送温暖，送干货，讲解一个Cell大牛总结的lncRNA研究套路。据说看懂这张图，lncRNA研究易如反掌，咳咳咳师兄似乎看懂了 看是看得懂，就是没钱啊这张图是不是很厉害的样子，咳咳咳，师兄装作自己看得懂的样子给大家继续讲解（1）人家一篇review都能发Cell能在CNS上面... 阅 读 全 部 >