2019年2月26日，中国科学院植物研究所北方资源植物重点实验室与北京百迈客生物科技有限公司等单位合作，成果以“A Chromosome-Scale Genome Assembly of Paper Mulberry (Broussonetia papyrifera) Reveals the Genetic Basis of Its Forage and Papermaking Usage”为题发... 阅 读 全 部 >
R语言主要分析的对象是数据集，R语言数据集类型主要是向量、矩阵、数据框、列表、数组等，我们主要介绍前4种。上一推文我们介绍了向量和矩阵，本文介绍数据框和列表。一、数据框（Data.frame）数据框是医学研究最重要的、也是最主要的格式，常见的医学数据导入到R语言形成的就是数据框。R语言中做统计分析的样本数据，都是基于数据框类型操作的。数据框的每一列代表一个变量属性的所有取值，每一行...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
在所有计算机语言中，条件和循环语句占据着极其重要的地位，在统计软件比如SAS，条件语句在数据整理中的地位也举足轻重。R语言高级编程，条件和循环语句也类似如此。作为初级教程，今天我们就两语句在数据整理做简单的介绍。一、条件语句条件语句，最常见的是 if语句。If语句常见的形式有简单的ifelse 语句 和复杂的if –else if-else语句1. ifelse 语句...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
huanying今天给大家分享一个非常棒的玉米转录组的流程分析。原文作者是cxge，首发于omicshare论坛，阅读原文可跳转至本文的帖子哦~软件及参考基因组BWA, Samtools, Hisat2, HTseq, gffcompare, Stringtie, Ballgown，RB73-V3, B73-V4(Enzampl database)流程protocol首先从原始...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
2020年4分+甲基化生信文章复现领悟生信文章逻辑之美，小伙伴们大家好呀，我是风间琉璃。上一周我们品读了2020年10月发表在《Frontiers in oncology》杂志上的文章“ A Novel Promoter CpG-Based Signature for Long-Term Survival Prediction of Breast Cancer Patients”。作者使用CHAM... 阅 读 全 部 >
一、介绍宏基因组 ( Metagenome) 指特定环境下所有生物遗传物质的总和。它包含了可培养的和未可培养的微生物的基因。一般从环境样品中提取基因组DNA, 进行高通量测序，从而分析微生物多样性、种群结构、功能信息、与环境之间的关系等。宏基因组的分析目前主要包括三种方法：基于组装分析、基于reads分析、基于bin分析。下面我们介绍基于bin的分析方法。二、分析流程...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
病毒是一种个体微小，结构简单，只含一种核酸（DNA 或 RNA），必须在活细胞内寄生并以复制方式增殖的非细胞型生物。病毒是地球上丰度最高的“生物”类群，它们广泛地存在于所有已知的生态环境中，从水体，土壤再到人体，病毒无处不在。病毒能够感染所有已知的生物类型，从动物、植物到微生物，包括细菌和古菌。人体内的病毒主要包括真核病毒和噬菌体，按核酸类型，可分为双链DNA（double-s...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
随着高通量技术的发展，宏基因组学（metagenomics）已经成为研究微生物群落物种及功能的前沿科学，在肠道微生物、环境微生物等研究领域具有广泛应用。宏基因组学通过对微生物群落全部DNA进行高通量测序，将测序序列与公共数据库进行比对或从头组装出微生物基因组，从而识别微生物群落的物种和功能基因。目前主流的宏基因组数据分析方法包括三种：基于测序结果进行组装的分析方法；基于reads直...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
一、介绍宏基因组 ( Metagenome) 指特定环境下所有生物遗传物质的总和。它包含了可培养的和未可培养的微生物的基因。一般从环境样品中提取基因组DNA, 进行高通量测序，从而分析微生物多样性、种群结构、功能信息、与环境之间的关系等。宏基因组的分析目前主要包括三种方法：基于组装分析、基于reads分析、基于bin分析。下面我们介绍基于组装的分析方法。二、分析流程介...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
一、 介绍宏基因组 ( Metagenome) 指特定环境下所有生物遗传物质的总和。它包含了可培养的和未可培养的微生物的基因。一般从环境样品中提取基因组DNA, 进行高通量测序，从而分析微生物多样性、种群结构、功能信息、与环境之间的关系等。宏基因组的分析目前主要包括三种方法：基于组装分析、基于reads分析、基于bin分析。下面我们介绍基于Reads比对的分析方...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >