xcms是基于R语言设计的程序包(R package)，可以用分析代谢组数据等。下面我们就来介绍一下使用方法。操作步骤示例数据是fatty acid amide hydrolase (FAAH) 基因敲除鼠的脊柱LC-MS，六个基因敲除个体，六个野生型，使用的是centroid mode ，正离子模式，200-600 m/z ，2500-4500 seconds。source("htt...阅读全... 阅 读 全 部 >
提到代谢组学峰比对，不得不提到一款老牌的比对软件，它就是MZmine2。它发表于2010年，前身是MZmine，发表于2006年，可谓是十分经典的一款代谢组学峰比对软件。MZmine 2的功能有很多，它是一款基于JAVA开发的开源软件，可以用于处理代谢组学profile数据，并且具有可视化和很多的分析功能。MZmine 2的一部分功能基于R，所以首先需要安装R环境，并且安装一些依赖包：instal... 阅 读 全 部 >
在进行差异基因表达分析时，得到显著差异基因后，接下来就需要分析这些基因参与了哪些功能，常见的就是GO功能注释和KEGG通路富集分析，今天就来介绍一下如何使用在线分析工具DAVID与KOBAS的进行KEGG通路富集分析。操作步骤进入DAVIDhttps://david.ncifcrf.gov/conversion.jsp上传基因列表选择物种开始分析选择转换选择格式，按照ENTREZ_GENE_ID转... 阅 读 全 部 >
对高通量测序数据进行比对，就是将测序得到的reads定位到基因组序列上，对illumina或454得到的short reads比对的软件主要有Bowtie BWA HISAT Tophat。SAM格式，是序列比对文件的格式。分为头部区和主体区，都以tab分列。@HD VN:1.0 SO:unsorted头部区第一行，VN是格式版本，SO是比对的类型，有unknown,unsorted,q...阅读... 阅 读 全 部 >
编译 |生信宝典，May校对 |生信宝典生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础 、 高颜值在线绘图和分析 、转录组分析 （ Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这 ）、ChIP-seq分析 （ChIP-seq基本分析流程 ）、单细胞测序分析 (重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程 )、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘（典型医...阅读... 阅 读 全 部 >
识图：先理解 每个点是什么 （点代表基因、样品、通路或其它的，这个认识可以来自于常识，来自于自己对数据的认识，或来自于文章作者的描述），然后看 横轴代表什么 、 纵轴代表什么 ，再看图例中展示的其他信息如颜色、大小和形状分别代表什么。这些都理顺了，图理解就不难了。来源：https://www.r-graph-gallery.com/272-basic-scatterpl...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
原文链接：http://tecdat.cn/?p=8032可以直接从R / RStudio制作在线交互式图表和地图。配置启动RStudio，创建一个新的RScript，然后将工作目录设置为下载的数据文件夹。使ggplot2图表成为交互式Plotly图表制作交互式 点线图以下代码将安装并加载程序包（该程序还将自动加载ggplot2），加载readr和dplyr，然...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
这里我们就要讲讲如何从海量的芯片数据中寻找到差异表达的基因。首先，我们得知道为什么我们需要找这些差异表达的基因。其实在肿瘤的发生发展过程中，很多平时沉默的基因开始高表达，而原本那些正常表达的基因，它们的表达量可能就会下调。也恰恰这些与平时正常基因表达量发生变化的基因，它们的存在启动了肿瘤的发生。所以，如果我们要研究肿瘤发生的机制，研究这些差异表达的基因是必不可少的。利用在线工具...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
转录组作为研究分子机制最常用的科研手段，几乎每个科研工作者都会与它有那么一两段缘分，今天就带大家一起来通过图说的形式，了解下转录组结果中的重点分析内容，闲话不多说，上干货！图说一、 生物学重复平行性检验-相关性分析热图+PCA图转录组测序目前普遍要求进行检测的每个组别，是少需要三个生物学重复，以保证结果的科学性。生物学重复的平行性越好，重复作为一个组呈现时，分析的结果越可靠，因此，...阅读全文&... 阅 读 全 部 >