前段时间，我们对显著差异转录本Pathway富集进行了解读，。今天，我们再来看看GO分析，以及相关图表的意义。预备知识1：转录本是什么？转录组测序的研究对象是特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和。转录组de novo测序是指在不需要物种基因组序列信息的情况下，用新一代高通量测序技术对某一物种特定组织或器官在某一状态下的转录本进行测序、组装得到转录本序列信息。基...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
转录组测序的最直接目的，就是设法寻找组间显著表达变化的基因，解释基因表达水平的变化对生物功能的影响。例如，肿瘤患者与正常人群相比哪些编码蛋白或非编码RNA分子发生了失调，这些失调分子是否是引发或加速肿瘤进程的潜在因素？逆境胁迫下的植物体中哪些基因表达显著激活，这些激活的基因是否有利于植物应对高温、干旱、盐胁迫等不利环境。那么，如何基于转录组测序获得的定量表达值，识别差异表达变化的基...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
基于转录组测序获得的定量表达值，识别差异表达变化的基因或其它非编码RNA分子，实际上方法还是非常多的。但就目前来看，DESeq2和edgeR是出现频率最高的两种方法了。DESeq2已经在前面文章中作了简介，本篇继续展示R包edgeR的差异基因分析流程。类似DESeq2，edgeR作为被广泛使用的R包，文献中经常能看到它的身影，如下举例。相关文献描述1 安装edgeRe...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
这两年随着测序成本的下降和转录组研究的日渐火热，RNA-seq俨然已经成为了分子生物学课题组推进项目的首选方向。在我们接触的转录组项目中，有些老师对项目分析结果存在或多或少不清楚或有疑惑的地方。那么春天来了，花儿开了，今天福利也到了，我们特意将转录组项目中常见的一些问题进行了汇总，各位老师可以按需自取哈。1．如何判定生物学重复一致性的高低？生物学重复统计方法及公式答：（1）皮尔逊相...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
随着测序成本的不断下降，转录组实验已成为生物学及医学研究不可或缺的技术手段。但是，对于大多数初学者来说，会遇到各种各样的问题。为此组学大讲堂的小编总结了20个转录组实验的常用知识点，希望对大家有所帮助。Question and Answer1、什么是转录组测序？转录组广义上指在某一生理条件下，细胞内所有转录组产物的集合，包括：mRNA、ncRNA、rRNA等；狭义上指所有mRNA的集合。转录组测序... 阅 读 全 部 >
转自基迪奥生物上期我们分享了关于样本重复性问题的一些小技巧 ，在我们突破第一关，做好样本关系分析后，这时在转录组测序获得的茫茫基因中，该如何找到心仪的目标基因呢？毕竟我们真正关心的是与处理效应相关的基因，而差异表达的基因才往往是造成组间差别的驱动因素。因此我们需要特定的方法找出这些差异基因，这种方法就是差异分析。本文针对在做差异分析时大家可能经常存在的疑点，如为什么是基于负二项分布？以及进行差..... 阅 读 全 部 >
编者按：代谢组学数据下机啦~如何进行数据筛选？如何进行数据标准化处理？本篇小鹿“安利“一款实用软件：无需复杂的EXCEL操作；无需自己写代码；也无需自己写脚本；可解决代谢组学下机数据地复杂分析？不相信请各位“看官”继续往下看...MetaboAnalyst工具软件MetaboAnalyst是一个基于网络的综合性工具套件，旨在帮助用户...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
目前组学的数据越来越多。其中代谢组学也是其中一个热点。关于代谢组学的相关分析目前用的最多的还是MetaboAnalyst (https://www.metaboanalyst.ca/) 。之前这个数据库一直都是4.0版本。最近刚刚更新了5.0的版本。趁着刚刚更新，我们也就来顺带的介绍这个数据库吧。PS: 从18到现在被引次数就到了1700。可见这个数据库的权威以及研究代谢的人多呀关于MetaboA... 阅 读 全 部 >
近几十年，系统生物学慢慢走近科研者的视野，主要着眼于研究细胞信号转导、基因调控网络和生物系统的组成。多组学联合分析可以由表及里，解析直接原因和根本原因，深入阐释作用机理。在多组学的联合应用中，最终都要落脚到功能注释和通路富集分析，其中基于通路富集分析的图形展示丰富多样，通过此分析可找到与研究相关的通路、关键基因/代谢物，以便进行后续的数据挖掘。小鹿在往期文章中，向大家推荐过一个代谢...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
代谢组学(Metabolomics)是生物体内生化反应的总成，是生命体维持生命的物质基础，也是研究生命活动的重要基础。代谢组学是基于高通量分析和生物信息学技术，研究生命在内、外环境影响下的内源代谢活动，包括对代谢产物种类、数量及其变化规律的检测和分析，从而研究集体生命活动发生和发展的本质。代谢物作为生物学过程的终端产物，其状态改变能够准确地反应细胞功能的变化。研究表明，包括癌症在内的多种疾病...... 阅 读 全 部 >