分类目录归档：组学教程

2023
01-16

客户文章|详解版——拟南芥转录组PacBio和Nanopore RNA测序的综合比较和分析

2020年， 扬州大学和 百迈客生物公司联合开发了基于ONT平台的植物转录组测序新技术，对ONT、PacBio和Illumina转录组测序进行了详细比较和综合评估。此次给大家带来数据的超精细解读~ 摘要 在许多不同的研究领域中，使用Pacifc Biosciences（PacBio）和牛津纳米孔技术（ONT）进行第三代测序的研究数量正在迅速增加。与二代测序技术的短读长（50-500bp）... 阅... 阅 读 全 部 >
2023
01-16

干货！如何获得两套基因组的差异SNP和INDEL位点

随着测序成本的不断降低，测序通量的不断提升，基因组大数据时代已经到来。无论是拟南芥的 1001 基因组研究项目，还是 3000 株水稻基因组的公布，都让研究者们获得了大量可用的测序数据，同时，不同品系的动植物基因组也逐渐发布，如拟南芥的 col 和 Ler，水稻的 9311 和 Nipponbare，那么如何快速的比较两套不同品系的参考基因组，从而准确鉴别两者之间的差异 SNP &a...阅读全文... 阅 读 全 部 >
2023
01-15

超实用！微生物重测序分析软件——bwa的使用

微生物重测序是基于高通量测序数据，与近缘参考基因组进行比对，进行变异检测的方法。通过重测序可以获得目标基因组对于参考基因组的SNP、InDel、SV等一系列变异信息，从中尝试对基因组之间的性状差异进行解析，或作为标记进行大规模的进化分析。本期小编将以微生物重测序分析为例给大家介绍短序列比对软件bwa的使用。一BWA 下载安装下载https://nchc.dl.sourceforge.net/pro... 阅 读 全 部 >
2023
01-15

【表观遗传学基础】BS技术生物信息分析流程及原理

做个铺垫上次写的表观遗传学第一弹“如何研究DNA甲基化”的推文，反馈不错，小编还是有点小欣喜的！今天，小编打算把上篇提到的DNA甲基化的BS技术单独提出来，跟大伙儿详细介绍一下基于该技术的数据分析流程及实现。读过上篇的童鞋们已经了解到，BS技术就是基于亚硫酸盐将胞嘧啶C转化成为胸腺嘧啶T并测序。 上篇推文入口 >>Lister等在2008年首次通过该技术研究拟南芥和人的全基因组甲...... 阅 读 全 部 >
2023
01-15

一文囊括全基因组测序各步骤工具，值得收藏

作者：叶子转载请注明：解螺旋·临床医生科研成长平台高通量测序（HTS）或者说下一代测序（NGS）技术在过去十年中彻底改变了生物医学研究。这项技术能够一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定，快速生成非常大的基因组学，表观基因组学和转录组学研究数据集。全基因组测序（WGS）是下一代测序技术，用于快速，低成本地确定生物体的完整基因组序列。基因组的深度测序对于临床研究的意义重...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
2023
01-15

Snakemake：简单好用的生信流程搭建工具

snakemake是什么？大多数生物信息初学者最早接触的生物信息分析流程，大多数是用脚本语言（Perl、shell、R、Python等）将生物信息流程中的各个功能写成一个个脚本，再用大脚本套小脚本的方式将整个流程打包封装。这种方式对编程能力有很高的要求，否则很容易出现流程bug、无法监控任务运行状态、无法有效查看任务日志等问题。等实验室终于出了个大牛将这些问题都解决了，可能大牛又要毕业了，新来的生... 阅 读 全 部 >
2023
01-15

还在为微生物重测序变异检测发愁？samtools帮助你！

Samtools作为一款操作序列比对结果文件（SAM/BAM）的工具，能够灵活转换sam/bam，并且能基于参考序列和Sam/bam文件进行变异位点检测，并通过bcftools进行变异结果统计。本期将基于上期bwa软件的比对结果，利用samtools进行变异检测。一、软件安装下载地址http://www.htslib.org/download/，利用wget下载得到samtools-1.5.tar... 阅 读 全 部 >
2023
01-14

欧易BSA测序&RNA-seq助力解析类胡萝卜素对玉米籽粒质地调节作用

前言2020年10月22日，中科院上海植物生理生态研究所/分子植物卓越中心巫永睿课题组于Nature Communications（IF：12.121）上在线发表玉米籽粒发育最新研究成果。通过对自然群体的极端表型混池测序分析（BSA测序）筛选到控制玉米硬（透明）/粉（不透明）质的主效数量性状位点Ven1（vitreous endosperm 1），Ven1编码 β-胡萝卜素羟化酶...阅读全文&g... 阅 读 全 部 >
2023
01-14

ChIP-seq发现转录因子Zeb1转录调控新机制

上皮-间质转化(epithelial-to-mesenchymal transition,EMT)是肿瘤侵袭和转移的首要步骤。Zeb1EMT的关键转录因子之一,它与多种癌症的发生发展有关，但在胶质母细胞瘤（GBM ）中Zeb1具体调节哪些基因并不清楚。 最近葡萄牙IGC研究所的科学家们发现，Zeb1可以同时调控胶质母细胞瘤干细胞基因表达的激活和抑制，并非传统认为的EMT因子...阅读全文... 阅 读 全 部 >
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