在特定的细胞或组织中，发挥作用的转录因子在调控网络中的地位也是不同的。来自胚胎干细胞和其他细胞模型的研究表明，一小组细胞类型特异性或谱系特异性转录因子（TFs）形成了相互连接的自动调节环，以控制特定细胞类型的转录程序。将某种细胞或者组织中的核心转录因子及其调控回路称之为core transcription regulatory circuitry, 简称CRC。核心TF及其相互连接的...阅读全文... 阅 读 全 部 >
本篇文章给大家分享的是有关怎么使用ROSE鉴定超级增强子，小编觉得挺实用的，因此分享给大家学习，希望大家阅读完这篇文章后可以有所收获，话不多说，跟着小编一起来看看吧。ROSE是最经典的超级增强子预测软件，由Richard A. Young大牛团队开发，源代码的网址如下http://younglab.wi.mit.edu/super_enhancer_code.html...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
对于Hi-C互作分析而言，不同分辨率水平可以分析不同的结构特征，其中，分析A/B compartment结构需要的分辨率在100kb，分析TAD结构需要的分辨率在40kb，分析loop结构的分辨率在10kb。随着研究的深入，越来越多的研究者希望通过Hi-C技术去分析DNA loop结构。在染色体的折叠过程中，DNA loop环的形成让线性距离上相隔很远的位点有机会靠近并发生互作，这些loop的..... 阅 读 全 部 >
来源：小张聊科研平台的“ i生信”公众号，微信公众号搜索“ i生信”即可关注/扫描关注见文末#生信分析# #生信发文# #肿瘤单基因#昨天的讲座（详情见文末视频）Paper小师妹Rika已经为大家浅析了一下“数据驱动”和“假设驱动”类型文章的差异，今天咱们更进一步，仔细看看昨天提到的那篇 “药理+生信”的文章是如何将“数据驱动”的单细胞数据融入“假设驱动”的整体风格，...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
细胞焦亡（pyroptosis）是一种由炎症小体引发的裂解性程序性细胞死亡形式[1]，该过程由促炎性半胱氨酸蛋白酶（Caspase）-1、4、5、11的底物gasdermin D介导并伴随炎症和免疫反应[2]。研究发现细胞焦亡可以影响肿瘤的增殖、侵袭和转移[3]。因此，有报道认为诱导肿瘤细胞焦亡是一种潜在的癌症治疗策略[4]。乳腺癌（breast cancer）是目前最常见的恶性肿瘤之一，是女性癌... 阅 读 全 部 >
楔子1最终目的 大家好，我是鑫仔。我们将用三期推文，讨论一个大家比较感兴趣问题：影像组学研究的最终目的是什么？构想一：我们希望构建分类器或者预测模型，能够帮助我们辅助诊断、评估疗效、预测预后； （这个时候我们建立的科学假设往往是影像组学特征可以反应xxx患者的结局信息）构想二：我们希望影像组学可以为我们提供一种易于获得、非侵入、低消费、3D的方式获得客观测量和评估的特征（定量），作为正常生物过程、... 阅 读 全 部 >
之前详细介绍过糖基化这一研究热点，详见： 【涨知识】生信新天地！发文神热点之糖基化修饰 我们再来回顾一下基于糖基化研究的生信文章示例。 生信发文案例解析文献案例一：多组学数据探究高级别浆液性卵巢的肿瘤分型特征及临床预后预测研究背景：肿瘤间的异质性是基因组、转录、翻译和翻译后分子特征的结果。为了探讨蛋白糖基化在高级别浆液性卵巢癌(HGSC)异质性中的作用，作者基于自测数据和公共数据库数据对HGSC组... 阅 读 全 部 >
蛋白质糖基化是一种丰度高、结构类型特别复杂的蛋白质翻译后修饰类型，具有很强的宏观不均一性和微观不均一性。据估计，细胞表达的蛋白质有50%以上为糖蛋白。但目前为止，只有不到20%的蛋白质糖基化得到了实验证实。蛋白质的糖基化酶促反应是一个复杂且精密的过程。通过对蛋白质进行复杂而精确的糖基化修饰，细胞内可以产生丰富的蛋白质类型；通过对各类糖基化信号途径的精密调控，细胞中蛋白质的功能得到了极大的拓展...... 阅 读 全 部 >
之前的对rMATS软件做笔记的时候，提到过rmats2sashimiplot这款专门用来对rMATS分析结果做可视化的软件，最近尝试用了下，操作比较简洁，但是还是留了点问题没解决rmats2sashimiplot，网址：rmats2sashimiplot下载git clone https://github.com/Xinglab/rmats2sashimiplotorhtt...阅读全文>&... 阅 读 全 部 >
全长转录组研究是理解生物机体功能的一个重要途径。传统二代转录组测序无法直接获得单个RNA分子由5ˊ到3ˊ的全部序列。基于PacBio三代测序平台的转录组研究，无需打断，直接读取反转录的全长cDNA,能够有效的获取高质量的单个RNA分子的全部序列，准确辨别二代测序无法识别的同源异构体（isoform）、同源基因、超家族基因或等位基因表达的转录本。 分析内容 结...阅读全文... 阅 读 全 部 >