不用写代码，三步搞定Hi-C多组学分析

Hi-C分析很难吗？生信小白不会写脚本能自己分析吗？当然可以的，今天小编分享了安诺基因Hi–C分析百宝箱里的大宝贝-数据库WashU Epigenome Browser，今天要推荐给大家，让你轻松搞定Hi–C多组学联合分析。这是小编用过最赞的浏览器，没有之一哦，省时省力还省钱！年底将至，如果你的数据还没分析完，快来试试小编今天要推荐的这个神奇的网站吧~

WashU EpiGenome Browser数据库由圣路易斯华盛顿大学医学院的王艇教授小组（http://wang.wustl.edu/）创建维护。相比其他数据库，WashU EpiGenome Browser在浏览表观遗传修饰数据中更加专业，界面友好，更易上手学习，配色方案也更优化，同时可加载ENCDOE、RoadMap和用户自定义文件，实现数据的快速浏览比对。分析结果可视化所追求的完美大概就是这样的吧~

数据库网址：

http://epigenomegateway.wustl.edu/browser/

先来一张结果展示图，是不是就是你梦里想遇见的那个Figure？

拿到Hi-C实验数据后，我们做生信分析时往往需要做一些联合展示，这样方便我们去观察染色质之间的相互作用、DNA甲基化及组蛋白修饰之间的关系。那么WashU EpiGenome Browser是如何实现Hi-C与多组学分析的联合展示呢？其实很简单，只需要输入相应的数据，就可以绘制出精美的联合展示图片。接下来大家就跟着小编的步骤试一试吧~

文件准备

要想使用WashU Epigenome Browser，第一步需要准备好数据。

1）Hi–C数据结果展示染色体间相互作用的连线图，我们所需数据如下：

上图每一列由tab键分割，第一列：Chr1,3544,3703，分别是染色体，染色体起始位点，染色体终止位点，全部由逗号分割。第二列为与第一列有相互作用的染色体区间。最后一列的数值为两个染色体区间有相互作用的强度。

2）甲基化与组蛋白修饰数据展示peaks富集，我们所需数据如下：

上图的每一列由Tab键分割，第一列为染色体，第二列为染色体区间起始位点，第三列为染色体区间终止位点，第四列为甲基化或者组蛋白修饰富集丰度。

（不要问我这些文件哪里来，安诺Hi-C测序服务的结果文件中都为各位小主备好了~）

利用Hi-C数据来绘制染色体间相互作用的连线图

1）打开WashU的网站：http://epigenomegateway.wustl.edu/browser/；

2）选择物种：在页面中选取需要分析的样本物种，目前WashU能够支持的物种有限，我们以拟南芥为例：先点击Plantae，然后点击Arabidopsis tari10；

3）上传Hi-C数据：点击Genome browser；

之后点击All apps，然后点击File upload；

然后在弹出的界面中点击Choose Files，选择要上传的数据（即第一步准备好的文件），点击setup；

对于染色体间相互作用的数据，要点击Pairwise，然后点击add as Track；

4）Hi-C数据效果展示：选其中一个Track，点击右键，然后点Arc（连线图）；

可以选定感兴趣的区域，点击蓝色的bar，可以输Chr2，即可切换成二号染色体；

最终效果图为：

利用ChIP-seq等多组学数据做柱状图

1）在添加完染色体相互作用的数据后，我们再进一步添加ChIP或甲基化在染色体富集程度的数据，我们以Polymerase II 为例，依然是上传文件，点击APPs—>File—>upload—>Choose Files—>setup，然后会弹出如下界面，之后点击bedGranph。

2）然后就画出如下图所示的图，可以展示在染色体不同的位置，Polymerase II 在染色体上的富集分布图。

我们可依次上传不同的bedgraph或者pairwise的文件，最终画出文章开始展示的多组学联合展示的图，可任意的拖拽或隐藏任何一个pannel来达到展示目的。

怎么样，这波操作是不是简单的很，熟练应用这个网站把Hi-C数据可视化展示变得触手可得，文章中的图也不一定非得通过写代码的方式来获得，该网站做出的图可直接用于文章发表，并且配色精美丝毫不输一堆脚本堆起来的分析图，可以说为我们解决了常规物种的Hi-C多组学联合分析可视化的后顾之忧，分析零基础都毫无压力，小编不禁要给它点个大大的赞了，这么棒的网站大家快快用起来吧！

彩蛋

颜色不满意怎么办？右键可改~数据太多不好看？右键可过滤~万能的右键，要不要这么贴心~