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2023
04-21

快速入门群体结构分析,Structure教程来了!

tructure是由斯坦福大学Pritchard实验室开发的一款群体结构分析软件。structure可通过贝叶斯聚类方法对每个样本的来源进行判断,进而反应群体的遗传结构。真正跑时burnin设为100000,跑100000代,k设为1-20,每轮运行10次。

序列文件用xmfa2struct转为structure可识别的格式,SSR用Genalex转为structure可识别的格式。

操作步骤

打开structure选择新建任务输入任务名,保存路径与输入文件输入个体数,倍性,位点数,missing data的比重(一般都是-9)输入除了数据外多余的行的内容输入除了数据外多余的列代表的内容,点击finish确认信息,点击proceed

点击parameter set下的New 输入burnin多少代和burnin后再跑多少代,可以是5000与50000,其他模型之类的按照默认,点击OK

输入配置名,点确定

点击start a job 设定k为1到10,number of iterations为20次

点击开始跑,等待跑完 找到结果的目录,找到results文件夹,压缩为zip文件 进入网站 http://taylor0.biology.ucla.edu/structureHarvester/# 选则results.zip,点击上传 等待跑完 查看最近的K值是多少 返回structure,点击具有最近k值的结果文件 点击bar plot下的show 结果出来了,图像可以以多种形式显示,并可保存。 可以标上居群ID 还可以根据Q值来划分 还可以分成多层来显示 此外,还有FST的图

直方图

三角图 树图等 另外,也可用结果中的文件利用distruct软件进行美化处理

好了,以上就是Structure教程。如果文章对你有所帮助,请转发给你身边需要的人噢!

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作者:萌小白
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