在Seurat的输出结果中，有一个展示表达量变化最大10个基因的图表令人印象深刻，如下图。关于该图表的具体内容参考之前 《单细胞转录组学习笔记之Seurat 3.0（一）》 一文。那么，常规散点图能不能画成这样效果？ 如果仍然使用针对单细胞数据高度定制的Seurat，显然是非常麻烦的。而使用ggplot2绘制类似这样的多标签图表，又容易出现“数据标签重叠”、超出绘图区域的标签“显示不全“和邻近数据... 阅 读 全 部 >
R语言非常讲究数据的整理，我们在7-13天的R语言学习内容中，着重都是关于R语言的整理，各种方法对数据进行整理，查看，对变量进行转换。dplyr包，主要也用于数据清洗和整理，该包专注dataframe数据格式，从而大幅提高了数据处理速度。这个包对数据处理的方式相对之前的方法，更加简单，是医学数据分析必须要掌握的包。dplyr包存在着上百个函数来帮助进行数据的整理，由于篇幅的关系，本...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
新年第一问，你的标书写好了咩！！！马上3月20号就要结束申报了标书写的如何呢看大家过年都在埋头写写完我帮你看看吧临阵磨枪不亮也光赶在Deadline前交标书可以在联系小助理哦(*^__^*)以下是国自然申报书写万能模板 （来源网络） 报告正文A(一)立项依据与研究内容1、项目的立项依据XXX疾病及其研究进展XXXX疾...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
小助理说：今天是你学习R的第4天，每一串代码都有它故事，从bug制造机到修改高手，你的每一步都是在成长。预计阅读时间3分钟文章目录1 按行操作1. 1 过滤1.2 排序1.3 添加新行2 按列操作2.1 过滤2.2 添加新列2.3 变量重命名3 管道操作通常我们将EXCLE表格或者分隔符分割的文本文件导入R中进行处理，这些数据在R语言称为数据框也可以叫做数据集，数据框中的行、列也分...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
一、 介绍细菌基因组研究，是通过基因组测序和组装，获得细菌全基因组序列，并对基因组开展结构预测，功能注释、比较基因组学及泛基因组研究。依据研究精细程度不同，分为框架图（也称为草图）、完成图（0gap），下面我们主要介绍框架图的分析内容。二、 分析流程基本流程为，建库测序，序列优化，基因组组装，基因及结构预测，功能注释，画图展示。三、 分析步骤与结果展示1、测序序列...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
文章链接：https://www.listendata.com/2016/08/dplyr-tutorial.htmldplyr软件包是R中功能最强大，最受欢迎的软件包之一。该软件包由最受欢迎的R程序员HadleyWickham编写，他编写了许多有用的R软件包，如ggplot2，tidyr等。本文包括一些示例和如何使用使用dplyr软件包来清理和转换数据。这是一个关于数据操作和数据处理的完整教..... 阅 读 全 部 >
森言森语下午开完组会，吃过晚饭终于得空干点别的，于是决定将之前写过的这篇关于基因家族分析的推文再检查完善一下。检查日志2021年9月30日：黄底红字为更新内容，其他色彩为原文。最近的一段时间是倦怠的，虽然忙，却实际上浑浑噩噩，没有长进。不管怎么样，一个阶段的结束，总要写点东西来宣告它的结束，然后迎接新的开始。已经很久没有跑步了，原本计划今年参加6月份的兰州马拉松...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
第五天 R语言对象的操作总结R语言主要分析的对象是数据集，R语言数据集主要是向量、矩阵、数据框、列表、数组等，我们主要介绍前4种。前面2文已经进行了4种对象的介绍，现在本文将4种对象的程序方法进行进一步总结和凝练。一、is和as系列函数is 和as系列函数涉及不同类型数据和对象的鉴定和转换。我们经常在R语言编程过程中需要了解某一种数据的类型，也可能进行转换方便计算，所以诸位要熟悉他...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
在线工具一般具有“功能强大、操作简单、无需安装、用完就走”的特点，轻松实现“用别人的服务器分析自己的数据”。之前，在基迪奥生物的微信公众号分享过32个常用的生信在线工具，广受欢迎，这里再补充16个。基因结构绘制1.Exon-Intron Graphic Maker工具链接：http://www.wormweb.org/exonintronRNA二级结构2.Mfold工具链接：h...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
大家好，我是Leopard。大家在处理生物信息数据，比如RNA-seq数据、芯片数据，或者从TCGA数据库下载的数据时，都会遇到各种各样的ID！这些ID就像是我们每个人的身份证，用于对基因进行标识。由于ID来自于不同的数据库，或者说命名的意图不同，所以对于同一个基因，总是有多个不同的ID，最常见的比如entrze ID、ensembl ID、HGNC ID、refseq ID等。Entrze ID... 阅 读 全 部 >