上一期为大家介绍了用主流基因组数据库查询物种基因组的办法。那么问题来了，当在这些数据库中没有查到目标物种参考基因组，就一定是无参吗？这期我们就给大家列举一些主流基因组数据库之外的Genome Data base。JGI基因组数据库以植物基因组为主，且植物基因组更新较快，其他物种的更新较慢。1、植物：https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/po...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
所研究物种是否有可用参考基因组是做转录组测序之前需要确认的第一个问题，这决定了我们是做有参转录组测序还是无参转录组测序。有参转录组项目会将测到的转录本序列直接比对到参考基因组，以确定基因信息；无参的话，我们就需要借助拼接软件，获得unigene集后去做注释来获得基因信息。基因组只有序列信息可以做为转录组测序的参考基因组吗？答案是不能哦！转录组测序的参考基因组不仅需要有序列信息，还要...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
什么是SNP？SNP全称Single Nucleotide Polymorphism，即单核苷酸多态性，是指在基因组DNA序列中由于单个核苷酸（A，T，C和G）的突变引起的多态性。一个SNP表示基因组某个位点有一个核苷酸的变化，源于单个碱基的转换，颠换，插入和缺失。理论上讲，SNP既可能是二等位多态性，也可能是3个或4个等位多态性，但实际上，后两者非常少见，几乎可以忽略。通常所...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
作者：晨星所谓“聂擒烟愁容可掬，屈身坐在驿亭内悬悬而望，直似望穿秋水”，当我们翘首以盼SCI论文投稿的审稿决定时也是这般煎熬。但我们的心情又是复杂的，即想收到审稿决定又担心收到的是不好的审稿决定。不管审稿结论如何，我们首先要明白的是那几个简短字母的审稿决定对我们来说，意味着什么。只有这样才有可能即不妄自菲薄也不杞人忧天。下面，本文介绍一下那些让人惴惴不安的审稿决定的具体含义是什么意思，以及它对你和... 阅 读 全 部 >
今天我们要讲的主题是RNA的甲基化修饰。是的，不是DNA不是蛋白，也不是前面我们介绍过的microRNA、lncRNA与甲基化（（策略篇）甲基化：一个与lncRNA剪不断理还乱的主题，（文章篇）S3E15: 组蛋白甲基化修饰在lncRNA水平调控中的作用），就是RNA水平的甲基化修饰。1. 什么是RNA甲基化修饰？我们知道DNA的甲基化修饰是发生在胞嘧啶（C）上的，而最常见的RNA的甲基...阅读... 阅 读 全 部 >
标记基因筛选（差异分析）与可视化类似普通RNA-seq，10X ScRNA-seq也会进行差异分析。但两者的分析目标通常不同，所以策略上也有所不同，具体请见下表。1分析目标与策略10X ScRNA-seq在细胞分为若干亚群后，一般需要对细胞亚群进行鉴定。亚群鉴定则依赖于标记基因。例如，如果是血液样本，高表达CD79A的亚群为B细胞；高表达CD3D和CD8A的亚群为T细胞。因此，...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
10X genomics ScRNA-seq数据的分析，属于群体单细胞数据分析的范畴。分析大体可以分为以下四个步骤（图1）。除了数据质控与过滤属于二代测序通用的步骤外，后续的三个步骤是群体单细胞转录组分析特有的内容，我们下文来一一解析。图1 基础分析步骤细胞过滤10X ScRNA-seq数据可以每个样本获得数千个单细胞的转录组信息。但并非每个单细胞的数据都是合格的，因此需要设立标准进行过...阅读... 阅 读 全 部 >
在进行差异基因表达分析时，得到显著差异基因后，接下来就需要分析这些基因参与了哪些功能，常见的就是GO功能注释和KEGG通路富集分析，今天为大家介绍在线分析工具的使用——DAVID与KOBAS 3.0。DAVID是一个生物信息数据库，其整合了生物学数据和分析工具，为大规模的基因或蛋白列表提供系统综合的生物功能注释信息，帮助用户从中提取生物学信息。目前DAVID数据库主要用于差异基因的功能和通路...... 阅 读 全 部 >
如果大家想要了解测序原理，参考文章（ 测序产生了那么多数据，你知道测序的原理吗？ ）； 如果大家想要了解测序数据格式，参考文章（）本文介绍RNA-seq的具体分析流程。1、cutadapt去接头我们拿到的测序数据一般是带有接头的fastq格式文件，需要用cutadapt把接头去掉。具体代码如下：#cut NAT sample#-u 20(正值u表示切除R1的前20个碱基) -u -30（负值u表示... 阅 读 全 部 >
生信分析过程中，会与很多不同格式的文件打交道，除了原始测序数据 fastq 之外，还需要准备基因组文件 fasta 格式和基因注释文件 gtf 格式。在分析的过程中还会有众多中间文件的生成，如 bed 、 bed12 、 sam 、 bam 、 wig 、 bigwig 、 bedgraph 等，生成后我们一般会查看下内容了解文件每一列的含义，以此来决定需要提取哪些有用信息列来进行下...阅读全文... 阅 读 全 部 >