10X genomics ScRNA-seq数据的分析，属于群体单细胞数据分析的范畴。分析大体可以分为以下四个步骤（图1）。除了数据质控与过滤属于二代测序通用的步骤外，后续的三个步骤是群体单细胞转录组分析特有的内容，我们下文来一一解析。图1 基础分析步骤细胞过滤10X ScRNA-seq数据可以每个样本获得数千个单细胞的转录组信息。但并非每个单细胞的数据都是合格的，因此需要设立标准进行过...阅读... 阅 读 全 部 >
在进行差异基因表达分析时，得到显著差异基因后，接下来就需要分析这些基因参与了哪些功能，常见的就是GO功能注释和KEGG通路富集分析，今天为大家介绍在线分析工具的使用——DAVID与KOBAS 3.0。DAVID是一个生物信息数据库，其整合了生物学数据和分析工具，为大规模的基因或蛋白列表提供系统综合的生物功能注释信息，帮助用户从中提取生物学信息。目前DAVID数据库主要用于差异基因的功能和通路...... 阅 读 全 部 >
如果大家想要了解测序原理，参考文章（ 测序产生了那么多数据，你知道测序的原理吗？ ）； 如果大家想要了解测序数据格式，参考文章（）本文介绍RNA-seq的具体分析流程。1、cutadapt去接头我们拿到的测序数据一般是带有接头的fastq格式文件，需要用cutadapt把接头去掉。具体代码如下：#cut NAT sample#-u 20(正值u表示切除R1的前20个碱基) -u -30（负值u表示... 阅 读 全 部 >
生信分析过程中，会与很多不同格式的文件打交道，除了原始测序数据 fastq 之外，还需要准备基因组文件 fasta 格式和基因注释文件 gtf 格式。在分析的过程中还会有众多中间文件的生成，如 bed 、 bed12 、 sam 、 bam 、 wig 、 bigwig 、 bedgraph 等，生成后我们一般会查看下内容了解文件每一列的含义，以此来决定需要提取哪些有用信息列来进行下...阅读全文... 阅 读 全 部 >
（一）操作规程1.制胶（1）根据所需浓度称取一定量的琼脂糖加入干净的三角瓶中，加入100mL 0.5×TBE电泳缓冲液，放入微波炉中溶解。注意不要沸腾。（2）将制胶模板两端用胶带封好，调节水平，插入梳子。待凝胶在室温冷却到60℃左右加入EB（终浓度0.5µg/mL）混匀，倒入模板中。注意倒胶要连续，千万不能有气泡。（3）凝胶自然冷却后，取出梳子，去掉胶...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
实验原理琼脂糖凝胶电泳常用于分离、鉴定 DNA、RNA 分子混合物，以琼脂凝胶作为支持物，利用 DNA 分子在电场中时的电荷效应和分子筛效应，达到分离混合物的目的。DNA 分子在高于其等电点的溶液中带负电，在电场中由阴极向阳极运动。在一定的电场强度下，忽略DNA分子携带的电荷，DNA 分子的迁移速度取决于分子筛效应，即分子本身的大小和构型是主要的影响因素。DNA 分子的迁移速度与相...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
通常跑胶分为跑琼脂糖胶和 SDS-PAGE 胶，当然也还有非变性胶，这里主要说明上面两种。琼脂糖凝胶电泳一、原理琼脂糖是 D-和 L-半乳糖残基通过糖苷键交替构成的线状聚合物，且琼脂糖凝胶具有三维网络结构，物质分子通过时会受到阻力，不同的大小的带电物质在电场下涌动时受到的阻力不同，因此在凝胶电泳中，带电颗粒的分离不仅取决于净电荷的性质和数量，而且还取决于分子大小，这就大大...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
近年来，ATAC-seq技术成为研究基因表观组学的新利器，在Cell、Nature等顶级期刊发表了多篇高分文章。这些研究主要通过ATAC-seq来研究表观遗传学调控，包括信号通路、细胞发育、疾病发生等，同时结合motif分析来识别哪些转录因子参与基因表达调控。表1 ATAC-seq发表的部分高分文章什么是ATAC-seq？染色质开放区：真核生物染色体是由DNA分子包裹组蛋白形成的核小体结构通过一系... 阅 读 全 部 >
ATAC-seq,英文全称Assay for Targeting Accessible-Chromatin with high-throughout sequencing，中文可理解为结合高通量测序技术的靶向开放染色质的研究方法。这个方法是2013年由斯坦福大学的William J. Greenleaf和Howard Y. Chang实验室共同开发的用于研究染色质可及性/开放性的方法。目前，通过A... 阅 读 全 部 >
前言RNA甲基化是当今最热门的研究领域之一，2017年共有125篇m6A相关文献发表。而今年更是井喷式增长，截止目前，已发表144篇文献，其中不乏nature，cell等顶级期刊。m6A的功能也是十分强大，涉及生长发育的各个方面。概述m6A（N6-methyladenosine，6-甲基腺嘌呤）是真核生物mRNA最常见的一种转录后修饰，占到RNA甲基化修饰的80%。早在上...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >