大家好，我是蟀小伙儿，单基因文章想必大家都不陌生，近年来，单基因的文章层出不穷，内容也是五花八门，今天蟀小伙儿就和大家一起研究一篇发表在Oncoimmunology上的经典单基因文献，这篇文章内容非常丰富，但整体难度不是很大，希望能给想做单基因项目的小伙伴提供一些灵感～ 一、背景①口腔鳞状细胞癌（OSCC）是头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）最常见的亚型，其转移和复发率高，且对传统化疗耐药。 ②CD8... 阅 读 全 部 >
研究背景雌激素是一种甾体激素，对雌性繁殖有广泛的影响。在生殖期，雌激素的合成主要在卵巢卵泡的体细胞（卵泡膜细胞，TCs和颗粒细胞，GCs）中。然而在哺乳动物和鸟类中其合成位置并不相同。在哺乳动物中，TCs从头产生雄激素，GCs进行雌二醇转化。然而由于未知的原因，在鸟类中TCs产生睾酮和雌二醇（一种雌激素）。CYP19A1编码芳香酶，是负责雌激素的生物合成的关键步骤。哺乳动物牛中，雌...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
COG是Clusters of Orthologous Groups of proteins的缩写(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG/)。COG是在对已完成基因组测序的物种的蛋白质序列进行相互比较的基础上构建的，COG数据库选取的物种包括各个主要的系统进化谱系。每个COG家族至少由来自3个系统进化谱系的物种的蛋白所组成，所以一个COG对应于一个古老的保守结构域。构成每... 阅 读 全 部 >
大家好，今天和大家分享的是一月份发表在Front Aging Neurosci(IF：3.633)杂志上的一篇文章，“Integrative Analysis of Hippocampus Gene Expression Profiles Identifies Network Alterations in Aging and Alzheimer’s Disease”，文章中作...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
之前跟大家分享了《转录组测序结题报告怎么看？点进来就知道啦！》，看懂结果是解读数据的第一步，如何把结果跟最终的课题相关联，即数据的挖掘是数据到文章的转化关键，咱们今天就来聊聊如何在转录组结果中挖掘关键基因。有参转录组有参考基因组的物种进行转录组研究，因为基因的信息是已知的，所以在挖掘基因上会相对简单。1、通过参考文献和前期实验获得了一些预期基因的信息，可以直接在转录组的差...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
什么是火山图？火山图（Volcano plot）——顾名思义，因其绘制后图形的效果酷似火山而命名。用于显著差异基因表达的展示，包含显著和差异两个重要信息。显著性一般用T-Test的P值衡量，差异性常用Fold Change值作为筛选标准。如何看懂火山图？每个人在使用火山图时的需要可能不一样，绘制出来的效果就不一样。小编汇总了部分火山图的展示效果，给大家一些参考~看到这些火山图，...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
基因芯片(Gene chip)（又称DNA芯片、生物芯片）最初是80年代中期提出的。它是由大量DNA或寡核苷酸探针密集排列所形成的探针阵列，其工作的基本原理是通过碱基互补配对检测生物信息。即通过与一组已知序列的核酸探针杂交进行核酸序列测定的方法，在一块基片表面固定了序列已知的靶核苷酸的探针。当溶液中带有荧光标记的核酸序列TATGCAATCTAG，与基因芯片上对应位置的核酸探针产生互补匹配...阅读... 阅 读 全 部 >
肠道微生物研究方兴未艾，重磅研究成果硕果累累。这不，又有肠道菌群微生物的研究发表在Nature[1]和Science[2]上了，而地球微生物组计划的第一颗果实也在Nature[3]上发布。继2016年5月13日美国宣布启动“国家微生物组计划”以来，微生物组研究已经成为了各国科学家及政府关注的焦点；而随后2017年12月20日重磅推出的“中国科学院微生物组计划”，再次将我国的微生物组...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
生信分析中我们经常会做KEGG和GO富集分析，一般拿到结果后就想到用柱状图展示pathway的富集情况。比如下面这样：如果学会使用Cytoscape中的ClueGO+CluePedia插件，可以帮我们更形象地展示pathway之间的关系，以及gene在pathway中的富集情况，论文插图瞬间提示一个档次，比如像这样：下面我们就来看一下如何使用Cytoscape中的Clue...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
全基因组关联分析（GWAS）目前已经成为研究复杂性状和疾病遗传变异的有效手段，但是由于群体结构的存在，导致分析结果出现假阳性。经过数十年的发展，新的方法的不断出现，才使得群体结构对分析的影响进一步降低。Timeline of GWAS目前GWAS主要采取两种实验设计，一种是基于情缘关系的群体（Population-based cohorts）设计；另一种是基于无关个体的病例-对照（...阅读全文&... 阅 读 全 部 >