分类目录归档：科研教程

2022
05-26

基因家族分析流程及保姆级实操流程

森言森语下午开完组会，吃过晚饭终于得空干点别的，于是决定将之前写过的这篇关于基因家族分析的推文再检查完善一下。检查日志2021年9月30日：黄底红字为更新内容，其他色彩为原文。最近的一段时间是倦怠的，虽然忙，却实际上浑浑噩噩，没有长进。不管怎么样，一个阶段的结束，总要写点东西来宣告它的结束，然后迎接新的开始。已经很久没有跑步了，原本计划今年参加6月份的兰州马拉松...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2022
05-23

30天学会R DAY5： R语言对象的操作总结

第五天 R语言对象的操作总结R语言主要分析的对象是数据集，R语言数据集主要是向量、矩阵、数据框、列表、数组等，我们主要介绍前4种。前面2文已经进行了4种对象的介绍，现在本文将4种对象的程序方法进行进一步总结和凝练。一、is和as系列函数is 和as系列函数涉及不同类型数据和对象的鉴定和转换。我们经常在R语言编程过程中需要了解某一种数据的类型，也可能进行转换方便计算，所以诸位要熟悉他...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
2022
05-22

48个实用的生信在线工具

在线工具一般具有“功能强大、操作简单、无需安装、用完就走”的特点，轻松实现“用别人的服务器分析自己的数据”。之前，在基迪奥生物的微信公众号分享过32个常用的生信在线工具，广受欢迎，这里再补充16个。基因结构绘制1.Exon-Intron Graphic Maker工具链接：http://www.wormweb.org/exonintronRNA二级结构2.Mfold工具链接：h...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
2022
05-21

ID转换不用慌，biomart帮你忙

大家好，我是Leopard。大家在处理生物信息数据，比如RNA-seq数据、芯片数据，或者从TCGA数据库下载的数据时，都会遇到各种各样的ID！这些ID就像是我们每个人的身份证，用于对基因进行标识。由于ID来自于不同的数据库，或者说命名的意图不同，所以对于同一个基因，总是有多个不同的ID，最常见的比如entrze ID、ensembl ID、HGNC ID、refseq ID等。Entrze ID... 阅 读 全 部 >
2022
05-19

WGCNA+多组学+体外实验=单基因模板文章！

大家好，我是蟀小伙儿，单基因文章想必大家都不陌生，近年来，单基因的文章层出不穷，内容也是五花八门，今天蟀小伙儿就和大家一起研究一篇发表在Oncoimmunology上的经典单基因文献，这篇文章内容非常丰富，但整体难度不是很大，希望能给想做单基因项目的小伙伴提供一些灵感～ 一、背景①口腔鳞状细胞癌（OSCC）是头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）最常见的亚型，其转移和复发率高，且对传统化疗耐药。 ②CD8... 阅 读 全 部 >
2022
05-13

基因共表达网络分析（WGCNA）教你寻找已知功能基因的调控基因

研究背景雌激素是一种甾体激素，对雌性繁殖有广泛的影响。在生殖期，雌激素的合成主要在卵巢卵泡的体细胞（卵泡膜细胞，TCs和颗粒细胞，GCs）中。然而在哺乳动物和鸟类中其合成位置并不相同。在哺乳动物中，TCs从头产生雄激素，GCs进行雌二醇转化。然而由于未知的原因，在鸟类中TCs产生睾酮和雌二醇（一种雌激素）。CYP19A1编码芳香酶，是负责雌激素的生物合成的关键步骤。哺乳动物牛中，雌...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
2022
05-12

数据库|eggNOG在线注释以及本地化全攻略

COG是Clusters of Orthologous Groups of proteins的缩写(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG/)。COG是在对已完成基因组测序的物种的蛋白质序列进行相互比较的基础上构建的，COG数据库选取的物种包括各个主要的系统进化谱系。每个COG家族至少由来自3个系统进化谱系的物种的蛋白所组成，所以一个COG对应于一个古老的保守结构域。构成每... 阅 读 全 部 >
2022
04-30

转录组结果如何挖掘关键基因——你不得不知的“套路”

之前跟大家分享了《转录组测序结题报告怎么看？点进来就知道啦！》，看懂结果是解读数据的第一步，如何把结果跟最终的课题相关联，即数据的挖掘是数据到文章的转化关键，咱们今天就来聊聊如何在转录组结果中挖掘关键基因。有参转录组有参考基因组的物种进行转录组研究，因为基因的信息是已知的，所以在挖掘基因上会相对简单。1、通过参考文献和前期实验获得了一些预期基因的信息，可以直接在转录组的差...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
2022
04-30

玩转生信—火山图中“亿点细节”，你会打造吗？

什么是火山图？火山图（Volcano plot）——顾名思义，因其绘制后图形的效果酷似火山而命名。用于显著差异基因表达的展示，包含显著和差异两个重要信息。显著性一般用T-Test的P值衡量，差异性常用Fold Change值作为筛选标准。如何看懂火山图？每个人在使用火山图时的需要可能不一样，绘制出来的效果就不一样。小编汇总了部分火山图的展示效果，给大家一些参考~看到这些火山图，...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
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