来自：一口Linux一、变量的运用1. 变量命名界说变量时，变量名不加美元符号（$，PHP言语中变量需求），如：your_name= "yikoulinux"留神，变量名和等号之间不能有空格，这或许和你了解的悉数编程言语都不相同。一同，变量名的命名须遵从如下规矩：命名只能运用英文字母，数字和下划线，首个字符不能以数字开端。中心不能有空格，能够运用下划线（_）。...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
你还在为找不到课题方案而焦虑吗，复现一篇论文吧！你还在为找不到研究思路而苦恼吗，复现一篇论文吧！你还在为找不到数据方法而悔恨吗，复现一篇论文吧！复现？怎么复现？先来看一下某乎上的回答。有道理有道理，感觉也不是很难的样子对不对，聪明的智商又重新占领高地了，此刻我就是华佗再世扁鹊附体，复现没在怕的，摩拳擦掌，跃跃欲试，开整！结果一顿操作猛如虎，代码也写了，夜也熬了，怎么和我想象中的不一样！！！e...... 阅 读 全 部 >
生信实操ENA数据库：European Nucleotide Archive，隶属European Bioinformatics Institute, 功能类似于SRA, 对每个研究产生的数据做了详细注解，主要优势：界面简介友好，直接以表格呈现，且可直接得到原始数据文件的下载地址，并且不用花时间做fastq数据文件的转换，对有数据需求的研究人员来说这是个数据再次挖掘的金库。列举下生物数据的...阅... 阅 读 全 部 >
每年的1-3月份是很多老师撰写国自然本子的主要时期，但是每年这个时期都会有老师因为各种各样的原因，导致实验计划延迟而拿不到需要的实验数据，因此需要借助数据库已有的数据做数据分析为基金申请做理论支撑。另外由于很多突发的因素产生，科研人员往往无法及时开展实验工作，因此更需要借助数据库数据，这在今年的新冠肺炎疫情中体现特别明显，在疫情发生的早期，就陆续发表了多篇研究论文，分析讨论新冠肺炎病毒靶向蛋白血管... 阅 读 全 部 >
一、实验原理利用荧光素酶与底物结合发生化学发光反应的特性，把感兴趣的基因转录的调控元件克隆在萤火虫荧光素酶基因（firefly luciferase）的上游， 构建成荧光素酶报告质粒。然后转染细胞，适当刺激或处理后裂解细胞，测定荧光素酶活性。通过荧光素酶活性的高低判断刺激前后或不同刺激对感兴趣的调控元件的影响。同时，为了减少内在的变化因素，比如：培养细胞的数目、细胞转染和裂解的效率等对实验准确..... 阅 读 全 部 >
一．Cre-loxP重组系统作用原理1. Cre重组酶和loxP位点Cre重组酶（Cyclization Recombination Enzyme）由大肠杆菌噬菌体P1的Cre基因编码，是由343个氨基酸组成的38kD的蛋白质。它不仅具有催化活性，而且与限制酶相似，能够特异性识别loxP位点。LoxP（locus of X-overP1）位点长为34bp，包括两...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
前言：后天我们的多组学文献精读会分享一篇有关 染色质可接近性的文章，考虑到大部分人可能对其中的一些概念还不了解，所以今天我们就来提前学习一下有关ChIP-seq和ATAC-seq的一些基础知识。（视频讲者：张健教授团队张月明）主要内容启动子、增强子的概念什么是基序（motif）什么是染色质可接近性什么是组蛋白修饰研...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。2017年，荷兰瓦格宁根大学分子实验室RGH Immink团队以“Histone H3 lysine 36 methylation affects temperature-induced alternative splicing and flowering in plants”在《Genome Biology...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
原理提起热图，大家可能马上就能领会：热图不就是差异表达基因在不同分组样品中的表达水平吗？一般一列表示一个样品，一行表示一个基因，其中的颜色表示的相对表达值。但说到热图与机器学习，很多人都会惊讶：一个简单的热图与高大上的机器学习能扯上什么关系？都说“越熟悉越陌生”，这话放这一点儿不假；大部分人都接触或亲手绘制过热图，但在这个“过度包装”的时代（很多软件和在线工具都实现了“一...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
第一步 确定您想要定位的基因组区域您需要首先找到哪些外显子存在于您的靶基因的所有转录物中。要在Benchling中获取此信息，请点击右上角的“create”，然后点击“create CRISPR”。 在下一个对话框中，您可以搜索您感兴趣的基因。以下是在人类基因组（hg38）中搜索Ano6的示意图。在Advanced Settings中，您可以选择所有转录物以在基因组上应用注释。...阅读全文>... 阅 读 全 部 >