2022
10-04
10-04
高通量生信分析结果报告（微生物）
我们拿到测序的数据后，首先根据barcode区分每个样本，然后进行生信分析。这里先抛个砖，简单说说生信分析,下面以细菌为例说明我们的分析结果。生物信息分析流程主要分为6大步：n 序列优化n 优化序列OTU聚类及注释n OTU分析及注释物种分析n 基于alpha多样性分析n 基于beta多样性分析n 差异分析详细流...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
分类目录归档：科研教程
我们拿到测序的数据后，首先根据barcode区分每个样本，然后进行生信分析。这里先抛个砖，简单说说生信分析,下面以细菌为例说明我们的分析结果。生物信息分析流程主要分为6大步：n 序列优化n 优化序列OTU聚类及注释n OTU分析及注释物种分析n 基于alpha多样性分析n 基于beta多样性分析n 差异分析详细流...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2022
10-04
10-04
PCR原理 | PCR分类 | 引物设计方法详解剖析
最早接触PCR是在做科创和本科毕业论文相关实验的时候，通过扩增野生型菌株和突变体菌株的某个基因，然后通过AS-PCR方法，设置温度梯度，筛选一对能够区别S和M菌株的特异性引物。那个时候对PCR有一个大概的影响，其实在操作方面是没什么问题的。但是仔细想起来，和其他实验一样，都是一知半解，对PCR亦是如此。因此，我觉得有必要重新学习一下PCR相关的各种技术和原理。第一部分——PCR原理及各种衍生技术【... 阅 读 全 部 >
2022
10-03
10-03
一文看懂RT-qPCR
起始材料：RNA定量逆转录PCR（quantitative reverse tranion PCR, RT-qPCR）是应用于以RNA作为起始材料的PCR实验中的一种实验方法。 在该方法中，总RNA或信使RNA（mRNA）首先通过逆转录酶转录成互补DNA（cDNA）。随后，以cDNA为模板进行qPCR反应。RT-qPCR已被用于多种分子生物学的应用中，其中包括基因表达分析、RNA干...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
2022
10-03
10-03
单细胞分析大揭秘！基因集富集，你做对了吗？
Hi，大家好，我是晨曦最近晨曦在处理一些单细胞的数据，所以在不断的处理中，也是感觉到以前学习的一些知识或多或少有了些许的遗忘，感觉确实需要反复且用笔记录一下自己学习的痕迹，MR分析并不会就此搁浅，会穿插在单细胞中间断性更新那么本期推文的主题，我们来聊一聊单细胞基因集富集分析~那么，我们开始吧一、单细胞基因富集分析算法一个不算正式的引言：目前来说，基于基因集进行分析已经开发出来了很多成体系的R包或者... 阅 读 全 部 >
2022
10-01
10-01
超适合小白！Linux 之 shell 编程入门
来自：一口Linux一、变量的运用1. 变量命名界说变量时，变量名不加美元符号（$，PHP言语中变量需求），如：your_name= "yikoulinux"留神，变量名和等号之间不能有空格，这或许和你了解的悉数编程言语都不相同。一同，变量名的命名须遵从如下规矩：命名只能运用英文字母，数字和下划线，首个字符不能以数字开端。中心不能有空格，能够运用下划线（_）。...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2022
10-01
10-01
干货|原来用GEO数据挖掘还可以这样完整复现一篇SCI
你还在为找不到课题方案而焦虑吗，复现一篇论文吧！你还在为找不到研究思路而苦恼吗，复现一篇论文吧！你还在为找不到数据方法而悔恨吗，复现一篇论文吧！复现？怎么复现？先来看一下某乎上的回答。有道理有道理，感觉也不是很难的样子对不对，聪明的智商又重新占领高地了，此刻我就是华佗再世扁鹊附体，复现没在怕的，摩拳擦掌，跃跃欲试，开整！结果一顿操作猛如虎，代码也写了，夜也熬了，怎么和我想象中的不一样！！！e...... 阅 读 全 部 >
2022
10-01
10-01
生信人必会！你知道如何下载ENA 数据库的数据吗？
生信实操ENA数据库：European Nucleotide Archive，隶属European Bioinformatics Institute, 功能类似于SRA, 对每个研究产生的数据做了详细注解，主要优势：界面简介友好，直接以表格呈现，且可直接得到原始数据文件的下载地址，并且不用花时间做fastq数据文件的转换，对有数据需求的研究人员来说这是个数据再次挖掘的金库。列举下生物数据的...阅... 阅 读 全 部 >
2022
10-01
10-01
不看后悔！GEO数据库10X单细胞测序原始测序测序数据（fastq）下载指南来啦
每年的1-3月份是很多老师撰写国自然本子的主要时期，但是每年这个时期都会有老师因为各种各样的原因，导致实验计划延迟而拿不到需要的实验数据，因此需要借助数据库已有的数据做数据分析为基金申请做理论支撑。另外由于很多突发的因素产生，科研人员往往无法及时开展实验工作，因此更需要借助数据库数据，这在今年的新冠肺炎疫情中体现特别明显，在疫情发生的早期，就陆续发表了多篇研究论文，分析讨论新冠肺炎病毒靶向蛋白血管... 阅 读 全 部 >
2022
10-01
10-01
双荧光素酶实验
一、实验原理利用荧光素酶与底物结合发生化学发光反应的特性，把感兴趣的基因转录的调控元件克隆在萤火虫荧光素酶基因（firefly luciferase）的上游， 构建成荧光素酶报告质粒。然后转染细胞，适当刺激或处理后裂解细胞，测定荧光素酶活性。通过荧光素酶活性的高低判断刺激前后或不同刺激对感兴趣的调控元件的影响。同时，为了减少内在的变化因素，比如：培养细胞的数目、细胞转染和裂解的效率等对实验准确..... 阅 读 全 部 >
2022
10-01
10-01
知识分享：Cre-loxP重组系统
一．Cre-loxP重组系统作用原理1. Cre重组酶和loxP位点Cre重组酶（Cyclization Recombination Enzyme）由大肠杆菌噬菌体P1的Cre基因编码，是由343个氨基酸组成的38kD的蛋白质。它不仅具有催化活性，而且与限制酶相似，能够特异性识别loxP位点。LoxP（locus of X-overP1）位点长为34bp，包括两...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >