分类目录归档：科研教程

2023
04-29

基因家族分析流程及保姆级实操流程

森言森语下午开完组会，吃过晚饭终于得空干点别的，于是决定将之前写过的这篇关于基因家族分析的推文再检查完善一下。检查日志2021年9月30日：黄底红字为更新内容，其他色彩为原文。最近的一段时间是倦怠的，虽然忙，却实际上浑浑噩噩，没有长进。不管怎么样，一个阶段的结束，总要写点东西来宣告它的结束，然后迎接新的开始。已经很久没有跑步了，原本计划今年参加6月份的兰州马拉松...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >

2023
04-29

手把手教你用 Fast Tree 快速构建序列进化树

常见的建树方法有：贝叶斯法（Bayesian），最大似然法（Maximum likelihood，ML），最大简约法（Maximum parsimony，MP），邻接法（Neighbor-Joining，NJ），最小进化法（Minimum Evolution，ME），类平均法（UPGMA）。一般来讲，如果模型合适，最大似然法的效果较好。对于近缘序列，最大简约法用的假设最少，各种方法结果...阅读全... 阅 读 全 部 >

2023
04-28

宏基因组鉴定病毒流程中需要的生物信息工具

许多流行病的爆发都是病毒引起的，面对新的传染性基因组出现的最佳策略是及时识别，以便于在感染开始时立即实施相应措施。目前可用的诊断测试仅限于检测新的病理因子。适用于同时检测存在的任何病原体的高通量方法可能比使用基于当前方法的大量单独测试更有优势。宏基因组学测序、全基因组测序和靶向深度测序是目前用于病毒遗传鉴定和表征的最佳工具。通过使用这些技术，可以正确的对病毒进行分类，确定...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >

2023
04-28

红花变豆菜叶绿体基因组组装与序列特征分析研究

红花变豆菜Sanicula rubriflora Fr. Schmidt是伞形科（Apiaceae）变豆菜属多年生草本植物，是一种可食用的山野菜，具有一定的药用价值，变豆菜属全世界约40余种[1]。其生长在山间林下，阴湿及腐殖质较多的地方，海拔200～470 m，主要产地在我国的东北地区，另外，蒙古、朝鲜、日本北部也有分布[2]。变豆菜属植物在中国约有18种，具有一定的经济价值和药用价值[3]，薄... 阅 读 全 部 >

2023
04-28

dbGaP加密数据权限申请和数据解密

我们在NCBI、TCGA、GEO等数据库下载数据时，经常遇到controlled access（限制下载）的数据，不知道怎么弄，有时选择其他可以下载的数据代替，或者直接放弃了。其实这些数据库都是需要通过dbGaP申请下载权限的。这里就以NCBI为例给大家介绍一下dbGaP数据权限申请过程，以及数据下载解密时要注意的地方。Step1：获取账号dbgap账号需要NCI/NIH...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >

2023
04-28

什么是肿瘤驱动基因？| 肿瘤全外专题

一般认为，癌症是一类基因疾病。基因对细胞生长的调控就像开车，有两大类基因进行调控，分别是“加油基因”和“刹车基因”。“加油基因”负责保持生长速度，让身体的细胞不断得到更新；“刹车基因”负责减缓或者终止细胞生长，以供新生细胞代替原来功能。某些“加油基因”或者“刹车基因”突变后就会对癌症的发生和发展过程起到推动作用且影响显著，这类基因就是肿瘤驱动基因（driver gene），而不会直接导致癌症发..... 阅 读 全 部 >

2023
04-28

经验分享：癌症研究模型选择需慎重

癌症是一种多阶段的遗传和表观遗传疾病，病因复杂，涉及癌基因和抑癌基因的突变、下调、过表达和缺失等多方面[1]。癌症基因组学的发展已经确认了数千个可能的癌症驱动基因（drivergene），这些基因的突变可以促进肿瘤的发生。一个典型的肿瘤包含2到8个这样的“驱动基因”突变，剩下的突变则是不提供选择性生长优势的“乘客”，驱动基因调节着肿瘤的细胞命运、细胞存活和基因组维持等重要的细胞过程[2]...阅读... 阅 读 全 部 >

2023
04-28

sgRNA文库想做个自我介绍

基因是一切生命活动的源头，对于生命科学的研究，只要找到目标基因，就能针对性地开展这个基因的功能、机制以及后续表达等一系列研究。研究基因在代谢通路或某些特定疾病发生过程中的功能，对于疾病机理研究及药物研发具有非常重要的意义。近年来，CRISPR基因编辑技术以其操作简单和通用的独特优势，已发展为研究分子生物学机制的强有力工具。利用CRISPR技术建立可能与某类功能相关的突变体库，通过功能性筛选和...... 阅 读 全 部 >

2023
04-27

综述 | 癌症全基因组关联分析的现状与未来

全基因组关联分析（GWAS, Genome-wide association studies）是研究复杂疾病的遗传基础的策略之一。在肿瘤研究领域中，几乎所有常见恶性肿瘤的GWAS均已完成，并确定了与风险增加相关的450多个遗传变异。这些研究不仅揭示了致癌的新途径，而且还表明了常见的遗传变异大幅增加了许多常见癌症的遗传风险。GWAS有望应用于药物研发和癌症预防，助力精准预测、诊断和治疗。当...阅读... 阅 读 全 部 >

2023
04-25

LncRNA相关研究这么多，这些策略你知道吗？

对于乳腺癌来说，MALAT1到底是抑制了转移还是促进了转移呢？今天就以发表在Nature Genetics这篇“Long noncoding RNA MALAT1 suppresses breast cancer metastasis”文章为切入点，说的是lncRNA MALAT1抑制乳腺癌的转移，问题是大部分文章是说MALAT1促进乳腺癌等肿瘤的转移。到底哪里出问题了呢? 之所以会出现促进转移的... 阅 读 全 部 >