GSEA（Gene Set Enrichment Analysis）即基因集富集分析，该方法最早于2005年由Broad Institute研究所发表在PNAS杂志上，并提供了对应的分析软件GSEA和一个基因集数据库，截止到当前已被引用3万多次。通过KEGG、GO富集分析，我们能够获取差异基因显著富集的通路和功能，及其对表型变化的潜在作用。但无法帮助我们知晓某条通路下差异基因的总体变化趋...阅读... 阅 读 全 部 >
家好，这是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。本期，我们讲讲甲基化RNA免疫共沉淀(MeRIP-seq/m6A-seq)实验怎么做，从技术原理、建库测序流程、信息分析流程和研究套路等四方面详细介绍。一、甲基化RNA免疫共沉淀(MeRIP-seq/m6A-seq)测序技术原理表观转录组指RNA序列不发生改变的情况下，由RNA上的化学修饰调节基因表达的现象。胞内RNA的...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
很多小伙伴拿到转录组结果，都会有一个大大的疑问，明明上一步已经计算了FPKM了，为什么差异分析还是用readcount来做，我想用FPKM行不行？这里，郑重地回答你：不可以且没必要！你熟悉的DESeq，DESeq2和EdgeR都表示不同意！他们都只认readcount！首先，先让你和老朋友FPKM再重新熟悉一下：由于不同样品过滤后获得的数据量是不可能完全一致的，不同基因长...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
转录组测序中，常见的几种reads count值的标准化方法，基于测序深度和基因长度进行标准化。RPKM、FPKM和TPM标准化RPKM（Reads Per Kilobase Million）计算方法：计算样本中的总reads数，然后将其除以1000000，获得百万缩放因子。将每个基因的reads count值，除以百万缩放因子标准化测序深度，获得每百万reads中...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
ggThemeAssist：鼠标调整主题，并返回代码R语言中的ggplot2是最美的绘图包之一。但调整主题的细节，需要写大量代码，而且反复修改、预览，费时费力。当然你可以用Adobe Illustrator等工具进行后期编辑，但要是图重画，所有后期编辑的工作又要重来，无法实现可重复分析，每个修改都很崩溃。有没有更方便的方式调整主题细节呢？ggTheme...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
大家好，这是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。本期，我们讲讲cfDNA重亚硫酸盐测序(cfDNA-RBS)实验怎么做，从技术原理、建库测序流程、信息分析流程等方面详细介绍。一、cfDNA重亚硫酸盐测序(cfDNA-RBS)技术概述在⼈类基因组中，90%以上的CpG位点是被甲基化的，CpG位点的分布有两种形式，⼀种是少量分散在基因组中，另⼀种就是集中在启动⼦周...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
我们拿到测序的数据后，首先根据barcode区分每个样本，然后进行生信分析。这里先抛个砖，简单说说生信分析,下面以细菌为例说明我们的分析结果。生物信息分析流程主要分为6大步：n 序列优化n 优化序列OTU聚类及注释n OTU分析及注释物种分析n 基于alpha多样性分析n 基于beta多样性分析n 差异分析详细流...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
最早接触PCR是在做科创和本科毕业论文相关实验的时候，通过扩增野生型菌株和突变体菌株的某个基因，然后通过AS-PCR方法，设置温度梯度，筛选一对能够区别S和M菌株的特异性引物。那个时候对PCR有一个大概的影响，其实在操作方面是没什么问题的。但是仔细想起来，和其他实验一样，都是一知半解，对PCR亦是如此。因此，我觉得有必要重新学习一下PCR相关的各种技术和原理。第一部分——PCR原理及各种衍生技术【... 阅 读 全 部 >
起始材料：RNA定量逆转录PCR（quantitative reverse tranion PCR, RT-qPCR）是应用于以RNA作为起始材料的PCR实验中的一种实验方法。 在该方法中，总RNA或信使RNA（mRNA）首先通过逆转录酶转录成互补DNA（cDNA）。随后，以cDNA为模板进行qPCR反应。RT-qPCR已被用于多种分子生物学的应用中，其中包括基因表达分析、RNA干...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
Hi，大家好，我是晨曦最近晨曦在处理一些单细胞的数据，所以在不断的处理中，也是感觉到以前学习的一些知识或多或少有了些许的遗忘，感觉确实需要反复且用笔记录一下自己学习的痕迹，MR分析并不会就此搁浅，会穿插在单细胞中间断性更新那么本期推文的主题，我们来聊一聊单细胞基因集富集分析~那么，我们开始吧一、单细胞基因富集分析算法一个不算正式的引言：目前来说，基于基因集进行分析已经开发出来了很多成体系的R包或者... 阅 读 全 部 >