做基因家族分析或者其他一些需要同时展示一个序列集合的保守序列区域（motif或者pattern的时候），最常用的工具，应该是MEME suite。MEME Suite是集合众多预测和注释motif工具的在线网站，其中MEME是一款强大的分析motif软件，MEME算法是基于最大期望值（EM）算法来识别motif。工具：MEME链接：http://meme-suite.org/ 具体的操作如...阅... 阅 读 全 部 >
在我们平时的科研中，常常需要知道自己研究的基因组区段是否位于一些调控元件上，如enhancer，promoter或者特定蛋白结合位点（如TFBS）等。ENCODE (Encyclopedia of DNA Elements) 作为DNA调控元件百科全书整合了14,046个来自不同组织或细胞系的各类实验数据，并能通过UCSC genome browser快速可视化检索结果。...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
一、不求甚解系列软件下载及配置conda安装： conda install -c bioconda homer使用configureHomer.pl完成HOMER软件的配置# 下载配置文件wget http://homer.salk.edu/homer/configureHomer.pl# 使用配置文件进行软件配置perl configureHomer.pl -ins...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
之前我们在介绍很多转录调控相关的数据库的时候，都会提到这些数据库包含了ENCODE数据库。那么ENCODE数据库是什么样的数据库呢？ENCODE（Encyclopedia of DNA Elements, https://www.encodeproject.org/），翻译成中文就是 DNA元素百科全书，其主要目的是为了了解这个基因组当中的调控反应，主要方法还是利用高通量的测序技术来...阅读全文... 阅 读 全 部 >
解读生信之美，探索每篇文章背后的故事大家好呀，我是风间琉璃。前面我们学习了这么多转录因子相关的顶级文献操作（“17+干湿结合转录因子生信套路！新的技能点又增加了！国庆回来给老板汇报用！”、“真香预警！近30分多组学干湿结合套路，你看这些图是不是很熟悉，仿佛自己也能来一套的样子？！”、“中科院一区近30分SCI，给你演示下干湿结合顶级套路！学会这个模板，收获一波10+代表作！”），想必大家已经对Ch... 阅 读 全 部 >
1. CHIP-seqChIP-Seq技术是研究蛋白质与DNA相互作用的有力工具，利用该技术可以检测转录因子与DNA的动态调控作用，各种组蛋白修饰，染色质调控因子等，转录因子与组蛋白修饰的ChIP-Seq示意图如下：ChIP-Seq技术包括两部分：建库和测序，建库和测序的质量对于后续分析尤为关键，但是建库前ChIP实验的设计也同样重要。从实验的操作来讲ChIP主要分为两大类，一类是X...阅读全文... 阅 读 全 部 >
micRNA测序与分析报告1. 建库测序工作流程1.1. 建库测序流程MicroRNA (miRNA) 是一类长度约为20-24个核苷酸长度的具有调控功能的非编码RNA，miRNA 是生物体内一类重要的特殊分子，诱导基因沉默，参与细胞生长、发育、基因转录和翻译等诸多生命活动的调控过程。从RNA样品到最终分析结果数据，需要经过样品检测、建库、测序和信息分析等过程，其中测序过程...阅读全文>&... 阅 读 全 部 >
1. Histone-Chip组蛋白(Histone)是什么？组蛋白是真核生物体细胞染色质与原核细胞中的碱性蛋白质，和DNA共同组成核小体结构。它们是染色质的主要蛋白质组分，作为DNA缠绕的线轴，并在基因调控中发挥作用。组蛋白存在五个主要的组蛋白家族：H1/H5、H2A、H2B、H3和H4。 组蛋白H2A，H2B，H3和H4被称为核心织蛋白（Core Histone）。...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
对于ChIP-seq实验，我们从比对文件中观察到的是链的不对称性，其中+/-链上的读取密度位于结合位点的中心。所选片段的5'末端将在正链和负链上形成基团。然后使用统计方法评估这些组的分布，并与背景（输入或模拟IP样本）进行比较，以确定富集位点是否可能是真实的结合位点。MACS2MACS2，一个基于模型分析的，常用于ChIP-seq识别转录因子结合位点的工具。 MACS算...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
GSEA（Gene Set Enrichment Analysis）即基因集富集分析，该方法最早于2005年由Broad Institute研究所发表在PNAS杂志上，并提供了对应的分析软件GSEA和一个基因集数据库，截止到当前已被引用3万多次。通过KEGG、GO富集分析，我们能够获取差异基因显著富集的通路和功能，及其对表型变化的潜在作用。但无法帮助我们知晓某条通路下差异基因的总体变化趋...阅读... 阅 读 全 部 >