领略高端套路，发表高分文章！今天带给大家的是一篇于2021年1月发表在《Cell》上的高分生信文章，题目是“ A modular master regulator landscape controls cancer tranional identity”。 期刊简介数据来源 & 思路框架本项研究意在将基因组的改变与癌细胞转录的特性联系起... 阅 读 全 部 >
领略高端套路，发表高分文章！ 小伙伴们大家好，我是菠小萝。这里是菠小萝的高分生信SCI解读专栏。说到套路，大家都是又爱又恨，简单的套路分数低，分高的套路实验多，难道就没有我们自己也能通过基础的生信和简单的实验发表的高分文章吗？2020年的12月，菠小萝将以“你也能发表的高分生信”为专题，带给大家不一样的生信套路套路~本周我要与大家分享的是一篇2018年发表在《Cell Systems》上的纯生..... 阅 读 全 部 >
CNV变化的GISTIC_2.0分析大家好，我是阿琛。在基因组水平，除了单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP）水平的改变，拷贝数(Copy number variation, CNV)的变化同样是一个十分重要的改变因素。拷贝数变异，是由基因组发生重排而导致的, 一般指长度为 1 kb 以上的基因组大片段的拷贝数增加或者减少,主要表现为亚显微水平的缺失... 阅 读 全 部 >
变异的分类（目前主要分为三个大类）单碱基变异，即单核苷酸多态性(SNP)，最常见也最简单的一种基因组变异形式；SNP是针对群体而言的，其在人群中发生的概率一半大于1%。在整个地球上所有的人群中，小于1%的这种变异，大家把它通称为突变，叫mutation；超过了1%的这种变异，就叫做polymorphism。有时候也用5%作为cutoff 。variation或者var...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
1 什么是整洁数据？2 tidyverse怎么使用？tidyverse是由RStudio首席科学家Hadley Wickham开发的R套装的集合。 这些包作为大数据分析管道的一部分可以很好地协同工作。要了解这些工具及其协同工作的更多信息，请阅读R for data science。 对于R的新手，请查看我之前的Storybench教程：RStudio笔记本中的R入门。以下教程将介绍...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
Seurat对象剖析以及Seurat Command List前景回顾首次揭秘！不做实验也能发10+SCI，CNS级别空间转录组套路全解析（附超详细代码！）过关神助！99%审稿人必问，多数据集联合分析，你注意到这点了吗？太猛了！万字长文单细胞分析全流程讲解，看完就能发文章！建议收藏！（附代码）秀儿！10+生信分析最大的难点在这里！30多种方法怎么选？今天帮你解决！ ...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
#单细胞测序的优势#近年来，快速发展的高通量测序，已经广泛应用于生命科学的各个领域。传统的混合细胞测序（bulk cells sequencing）检测的是数以万计的细胞群体平均后的表达水平，无法反应每个细胞的真实情况，这使得局部/微小组织的功能研究有了极高的门槛。同时，细胞异质性也成了研究组织中特殊种类的细胞功能作用时无法跨越的鸿沟。单细胞测序技术通过对单个细胞的RNA进行测序，精准得到单个细胞... 阅 读 全 部 >
据降维是数据分析中最常用到的一种技术了，这篇小文将试图用大白话讲一讲数据降维到底是什么，有什么用，常用的方法分别是什么？希望写的让小学生也能听懂，下面先为各位奉上这篇小文的思维导图。这篇文章贯穿始终的一个故事场景是如何在一个小镇上将横纵的街道编号，例如科技三路和凤城五路的接口这样一个用俩个数字标注的位置信息，转化更一个只用一个数字标识的位置描述。在上述的例子中，原来的位置信息有俩个维度，...阅读... 阅 读 全 部 >
国际顶级期刊经过四个多月的评选，《Cell》“Best of 2017”特刊中刊登其评选结果，包括“2017年度十大最佳论文”以及“2017年度四大最佳综述”。不出意料的是这些文章涵盖癌症、免疫学、干细胞、神经科学等热门研究领域，以及很火的AI技术在生物医学领域的研究进展。但是有一篇综述的入选确实有点出乎意外，就是这篇题为“Putting p53 in Context”的文章。为什么仅...阅读全... 阅 读 全 部 >
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