首页 > 科研教程 > 干货|原来用GEO数据挖掘还可以这样完整复现一篇SCI
2022
10-01

干货|原来用GEO数据挖掘还可以这样完整复现一篇SCI

你还在为找不到课题方案而焦虑吗,复现一篇论文吧!

你还在为找不到研究思路而苦恼吗,复现一篇论文吧!

你还在为找不到数据方法而悔恨吗,复现一篇论文吧!

复现?怎么复现?先来看一下某乎上的回答。

有道理有道理,感觉也不是很难的样子对不对,聪明的智商又重新占领高地了,此刻我就是华佗再世扁鹊附体,复现没在怕的,摩拳擦掌,跃跃欲试,开整!结果一顿操作猛如虎,代码也写了,夜也熬了,怎么和我想象中的不一样!!!emmm.......至少......我们曾经努力过。

且慢,贴心的小助理早就为大家想到了,今天分享的就是整合GEO数据挖掘的完整复现,跟着文章一步步走,他山之石可以攻玉,看看人家是怎样弄的,一不小心你也会了呢?

论文来源

文章目录

GSE7476数据下载到表达矩阵

  • GSE7476数据下载
  • getGEO包下载的探针注释文件不全,需要在GEO网站下载
  • 筛选探针
  • 分位数标准化预处理
  • 分组

差异表达

  • 表达矩阵
  • 分组矩阵
  • 差异表达矩阵
  • 按照logFC排序
  • 保存差异表达矩阵
  • 火山图
  • 热图,按p值从小到大筛选前100个差异基因( |logFC| > 1)

GSE7476数据下载到表达矩阵

01

GSE7476数据下载

getGEO包下载的探针注释文件不全,需要在GEO网站下载

筛选探针

分位数标准化预处理

分组

差异表达

02

火山图

热图,按p值从小到大筛选前100个差异基因( |logFC| > 1)

温馨提醒:想要代码的文本形式,可以联系小助理哦~

大家学会了吗?没学会的话,再重新......看一遍?



最后编辑:
作者:萌小白
一个热爱网络的青年!

发布评论

表情