一、 工作空间工作空间，意味着，所有R的程序文件、数据集、其他相关资料都保存在某一个文件夹下面，十分方便提取。在一个R语言程序结束后，工作空间可以保存它的映像，在下次启动R时，该工作空间，包括历史代码就会自动重新加，非常方便。但没次使用的包需要重新加载。1.设置工作空间方法一，采用setwd()语句，设置工作空间，设置的文件夹需事先在硬盘中建立，R语言无法创建新的文件夹。...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
R语言主要分析的对象是数据集，R语言数据集主要是向量、矩阵、数据框、列表、数组等，我们主要介绍前4种。前面2文已经进行了4种对象的介绍，现在本文将4种对象的程序方法进行进一步总结和凝练。一、is和as系列函数is 和as系列函数涉及不同类型数据和对象的鉴定和转换。我们经常在R语言编程过程中需要了解某一种数据的类型，也可能进行转换方便计算，所以诸位要熟悉他们。is系列是判断某一个...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
tidyr包 用来处理宽数据和长数据，用来进行字符串变量的拆分和合并，在医学大数据领域用的较多，有兴趣的朋友可以了解下。本文将演示tidyr包中下述四个函数的用法：1. gather—宽数据转为长数据。2. spread—长数据转为宽数据。3. unit—多列合并为一列4. separate—将一列分离为多列tidyr包安装及载入i...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
俱往矣，数风流人物，还看今朝！从今天开始，R语言数据清洗或者叫做数据预处理的大幕正式拉开！众所周知，在现实工作中，我们面临的几乎所有数据都是脏数据，即乱七八糟的数据，要让这些数据发挥价值，就必须要对其进行整理、修饰，让其变成一个软件可接受，可识别的整洁数据。当然了，100个数据科学家就会有98个说，数据清洗最费时间费脑子。这是可想而知的，因为数据的读取与分析这都是固定的套路，唯有数据的清洗不固定，... 阅 读 全 部 >
文章目录1. R自带函数2. reshape2数据重构3. dplyr4. tidyr5. 字符串处理1. R自带函数1.1 转置使用函数t()可对一个矩阵或数据框进行转置，对于数据框，行名将变成变量（列）名。数列array进行维度转换 aperm1.2 整合数据aggregate在R中使用一个或多个by变量和一个预先定义好的函数来折叠（collapse）数据。调用格式为：其中x是待折叠的数据对象... 阅 读 全 部 >
在Seurat的输出结果中，有一个展示表达量变化最大10个基因的图表令人印象深刻，如下图。关于该图表的具体内容参考之前 《单细胞转录组学习笔记之Seurat 3.0（一）》 一文。那么，常规散点图能不能画成这样效果？ 如果仍然使用针对单细胞数据高度定制的Seurat，显然是非常麻烦的。而使用ggplot2绘制类似这样的多标签图表，又容易出现“数据标签重叠”、超出绘图区域的标签“显示不全“和邻近数据... 阅 读 全 部 >
R语言非常讲究数据的整理，我们在7-13天的R语言学习内容中，着重都是关于R语言的整理，各种方法对数据进行整理，查看，对变量进行转换。dplyr包，主要也用于数据清洗和整理，该包专注dataframe数据格式，从而大幅提高了数据处理速度。这个包对数据处理的方式相对之前的方法，更加简单，是医学数据分析必须要掌握的包。dplyr包存在着上百个函数来帮助进行数据的整理，由于篇幅的关系，本...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
新年第一问，你的标书写好了咩！！！马上3月20号就要结束申报了标书写的如何呢看大家过年都在埋头写写完我帮你看看吧临阵磨枪不亮也光赶在Deadline前交标书可以在联系小助理哦(*^__^*)以下是国自然申报书写万能模板 （来源网络） 报告正文A(一)立项依据与研究内容1、项目的立项依据XXX疾病及其研究进展XXXX疾...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
小助理说：今天是你学习R的第4天，每一串代码都有它故事，从bug制造机到修改高手，你的每一步都是在成长。预计阅读时间3分钟文章目录1 按行操作1. 1 过滤1.2 排序1.3 添加新行2 按列操作2.1 过滤2.2 添加新列2.3 变量重命名3 管道操作通常我们将EXCLE表格或者分隔符分割的文本文件导入R中进行处理，这些数据在R语言称为数据框也可以叫做数据集，数据框中的行、列也分...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
一、 介绍细菌基因组研究，是通过基因组测序和组装，获得细菌全基因组序列，并对基因组开展结构预测，功能注释、比较基因组学及泛基因组研究。依据研究精细程度不同，分为框架图（也称为草图）、完成图（0gap），下面我们主要介绍框架图的分析内容。二、 分析流程基本流程为，建库测序，序列优化，基因组组装，基因及结构预测，功能注释，画图展示。三、 分析步骤与结果展示1、测序序列...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >