随着抗生素药物的发现及使用，越来越多的耐药菌株由此产生。而耐药菌株的发展则会增加疾病治疗的难度和成本，因此耐药微生物的研究则显得尤为重要。目前，通过对耐药基因的鉴定挖掘能够一定程度上帮助我们揭开耐药机制，为疾病的治疗、药物研发提供参考。ARDB是最先整合了各种微生物中抗药基因的数据库，但它从2009年开始就不再更新。而CARD(the Comprehensive Antibiotic Rese..... 阅 读 全 部 >
微生物的基因组序列被研究的越来越多，当我们得到菌株的基因组序列后，我们该怎样进行分析研究？通常我们会通过NCBI、KEGG等公共数据库来进行基因组的注释分析，但有时你会发现分析结果没有针对性，想要研究却无从下手。这时我们不妨换个专有数据库来试试，或许能得到不一样的结果，从而踏上“不一样”的科研之路，发更高分的文章。下面就让小编来介绍几个微生物专有数据库供大家参考。Isfinder (the ref... 阅 读 全 部 >
1.home网址：http://www.kegg.jp/kegg/2.关于kegg数据库的一些统计情况：http://www.kegg.jp/kegg/docs/statistics.html截止2018.4.12该数据库总共包含：525个代谢通路(Pathway maps)，21,952条同源群(KEGG Orthology (KO) groups)，涉及物种442真核生物、4654...阅读全... 阅 读 全 部 >
背景KEGG是一个整合了基因组、化学和系统功能信息的数据库。与其他数据库相比，KEGG 的一个显著特点就是具有强大的图形功能，它利用图形而不是繁缛的文字来介绍众多的代谢途径以及各途径之间的关系，这样可以达到以下两个层面的信息：一，如果从功能出发，我们研究功能到通路到基因，达到迅速锁定某些功能的基因；二，从基因出发，我们获得某个基因在信号通路中的角色（上下游关系）和生物学功能。ko：表示通路，这个通... 阅 读 全 部 >
毋庸置疑，NCBI，UCSC，Ensembl，UniProt四个数据库功能非常强大，下面给大家介绍下我自己用的最多的功能。NCBI 中BLAST工具NCBI中的Nucleotide BLAST、Protein BLAST、BLAST Genomes（对应图中的1、2、3），这三种比对工具用的最多，其余两种blastx、tblastn（对应图中的4和5），用的相对较少，但是不得不说，...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
在这个信息大爆炸的年代，浩瀚的信息流如同汪洋大海一般，将每个人都紧紧环绕。如何利用已有的工具从中筛选有用信息，对我们每个人，尤其是科研人而言，尤为重要。在免疫学，医学，药学科研和工作中，我们常常会用到蛋白数据库，关于蛋白质的结构，蛋白质质谱等数据库均较多，今天给大家分享讲讲使用频率最高且冗余度最低的uniprot数据库。希望能对你们有所帮助~下面，菲小恩以研究得比较多的 IL-6为...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
今天给大家介绍一个数据库：UniProKB数据库（网址http://www.uniprot.org）。这个数据库对于查询蛋白质相关信息还是很全面的。比如我们想要查询人类p53蛋白的主要功能、结构域、翻译后的修饰和参与的代谢途径，以及与它相互作用的蛋白和疾病这些信息，打开这个网站，输入p53，点击查询。网页左侧会显示出这个蛋白最常见的物种，我们选择物种是human的p53。...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
对于本来就没有多少时间做科研的医学生来说，拿到导师布置的课题时总是如履薄冰，因为导师总是一字千金，就简简单单说一句你去研究什么什么蛋白的功能，而后所有的背景知识都需要自己去查，如何才能快速的掌握自己需要研究蛋白的全部知识呢？今天笔者拿出多年的珍藏，给大家分享一个超好用的数据库SMART。进入SMART数据库，网址为http://smart.embl-heidelberg.de/.进入网站首页，可以... 阅 读 全 部 >
载请：解螺旋·临床医生科研成长平台高通量测序，或称下一代测序（Next Generation Sequencing，NGS）方法在研究中的运用已经很广泛了，它能产生非常丰富的信息量，有助于探索几乎所有性状、疾病的遗传学特征，已经对许多疾病的研究都做出了贡献。但放下研究者的满腔热血，还是要冷静地想，这种方法并不是没有偏倚，不恰当的设计仍然会带来错误的结论。要避免偏倚则要从研究设计阶段就做好控制，..... 阅 读 全 部 >
案例在手，思路不愁！今天继续为大家分享几篇微生物组+代谢组多组学应用在肠道样本中的文献案例。案例1：原名：Microbiome-metabolome reveals the contribution of gut-kidney axis on kidney disease译名：微生物-代谢组学揭示了肠道-肾轴对肾脏疾病的贡献期刊：Journal of Translational M...阅读全文&... 阅 读 全 部 >