选自TowardsDataScience作者：Vihar Kurama参与：刘晓坤、许迪R 语言是结合了 S 编程语言的计算环境，可用于实现对数据的编程；它有很强大的数值分析工具，对于处理线性代数、微分方程和随机学的问题非常有用。通过一系列内建函数和库，你可以用 R 语言学习数据可视化，特别是它还有很多图形前端。本文将简单介绍 R 语言的编程基础，带你逐步实现第一个可视化案例。代码地址...阅读全... 阅 读 全 部 >
因子在R语言中可以用来表示名义型变量或有序变量。名义变量一般表示类别，如性别，种族等等。有序变量是有一定排序顺序的变量，如职称，年级等等。在R语言中，名义变量和有序变量可以使用因子来表示。创建因子在R语言中可以使用factor()函数和gl()函数来创建因子变量。（1）使用factor()函数factor()函数的语法格式为：f <- facto...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
这些周R语言学习，记录如下。01数据操作概述数据操作是一个对数据加工处理以满足后续数据工作（分析或者建模）的过程。数据操作主要做的事情，包括：数据列的操作。数据行的操作。数据的聚合操作。数据的其它操作。我用dplyr包做数据操作，它功能强大，应用简便，编码易懂。dplyr包做各种数据操作，无论多复杂，都可以分解5种基...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
派森诺转录组致力于科技服务的产品丰富且专业，产品在丰富的同时也有细致划分。今天带大家来了解一下对于无参考基因组的物种，比较转录组和无参转录组的区别。区别：1、分析目的不同：无参转录组测序：利用高通量测序技术进行cDNA测序，全面快速地获取某一种特定器官或组织在某一状态下的几乎所有转录本。根据将不同组的unigene进行比较，得到差异基因进行分析。比较转录组测序：是基于高通...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
转载请注明：解螺旋·临床医生科研成长平台10余年前，华盛顿大学的生物学教授Michael Skinner的团队做过一系列有意思的实验。2005年，他们将怀孕的女大鼠（F0）暴露于一种农业中常用的杀真菌剂，乙烯菌核利。接着在无杀菌剂的环境中将她们的后代拉扯大，一直养了4代，也就是养到了她们的玄孙（F4）。结果几乎所有玄孙子的精子数量、繁殖能力都有下降，并且出现了年龄相关的不育症。在所...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
本文根据 2016 年 8 月清华大学颉伟研究员在复旦大学「表观基因组学暑期国际讲习班」中的报告整理而成，本文采用第一人称叙述，文中的“我”皆指颉伟研究员。报告原视频详见：系列视频5 | 清华颉伟：表观遗传的遗传与重编程，视频全长约 2h30min，文字约 2 万字（不含提问）。且听颉伟教授由浅入深，娓娓道来。本文正确打开方式：阅读 2 万字长文确实需要花点时间，不过本文语言通俗，逻辑严密...阅... 阅 读 全 部 >
发现与细胞状态相关的基因表达特征是分子生物学研究的重要方向。对于细胞在分子层面的差异，可能表现为跨多个维度，如基因组变异、基因表达、蛋白质翻译和翻译后修饰（PTM）。这些不同维度之间的变化是动态的，单独分析某特定维度可能会丢失很多信息，这就需要对这类多层信息进行综合分析，以了解生物系统各个组成部分之间的相互作用。近年来，高通量RNA测序和质谱技术在转录和蛋白质方面的最新进展使其成为...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
R语言主要分析的对象是数据集，R语言数据集主要是向量、矩阵、数据框、列表、数组等，我们主要介绍前4种。本文先介绍向量和矩阵。一、向量（一维数据） 向量是R语言中最基本的数据对象类型，它可以是数值型、字符型、逻辑值型、复数型。注意：同一向量不能混杂多种不同类型的数据。在医学数据分析中，向量相当于一个变量，向量名为变量名，向量值为变量值。1. 创建向量 通过函数c( )实现向...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
R语言中，绝大多数的函数，是软件提供的，或者R包提供的，可以直接调用R后台的算法，帮助我们进行计算。比如我们计算标准差sd时，无需采用公式去计算，而是调用sd()函数即可。但R语言也提供了一种R函数的编写方法，实在没有找到相应方便函数时，可以自行编写函数，方便计算，我们称之为自定义函数或者自编函数。R入门者实际上无需自己去编写函数，这里只介绍入门，便于以后进行深入学习。• 第11天...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
在利用R语言统计分析之前，建议诸位复习数据清洗和整理方法，打好基础！今天，我着重对定量定性数据的转换功能进行总结，并推出tidyverse系列包供大家了解。1、 数值变量数据转为分类变量数据数值变量数据经常要转换为分类变量，由于本系列课程分类变量的转换，分散在各处，今天进行汇总。常见的方法如下：# 先读取数据集t1<-read.csv("elder1.csv")...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >