在这个信息大爆炸的年代，浩瀚的信息流如同汪洋大海一般，将每个人都紧紧环绕。如何利用已有的工具从中筛选有用信息，对我们每个人，尤其是科研人而言，尤为重要。在免疫学，医学，药学科研和工作中，我们常常会用到蛋白数据库，关于蛋白质的结构，蛋白质质谱等数据库均较多，今天给大家分享讲讲使用频率最高且冗余度最低的uniprot数据库。希望能对你们有所帮助~下面，菲小恩以研究得比较多的 IL-6为...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
今天给大家介绍一个数据库：UniProKB数据库（网址http://www.uniprot.org）。这个数据库对于查询蛋白质相关信息还是很全面的。比如我们想要查询人类p53蛋白的主要功能、结构域、翻译后的修饰和参与的代谢途径，以及与它相互作用的蛋白和疾病这些信息，打开这个网站，输入p53，点击查询。网页左侧会显示出这个蛋白最常见的物种，我们选择物种是human的p53。...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
对于本来就没有多少时间做科研的医学生来说，拿到导师布置的课题时总是如履薄冰，因为导师总是一字千金，就简简单单说一句你去研究什么什么蛋白的功能，而后所有的背景知识都需要自己去查，如何才能快速的掌握自己需要研究蛋白的全部知识呢？今天笔者拿出多年的珍藏，给大家分享一个超好用的数据库SMART。进入SMART数据库，网址为http://smart.embl-heidelberg.de/.进入网站首页，可以... 阅 读 全 部 >
载请：解螺旋·临床医生科研成长平台高通量测序，或称下一代测序（Next Generation Sequencing，NGS）方法在研究中的运用已经很广泛了，它能产生非常丰富的信息量，有助于探索几乎所有性状、疾病的遗传学特征，已经对许多疾病的研究都做出了贡献。但放下研究者的满腔热血，还是要冷静地想，这种方法并不是没有偏倚，不恰当的设计仍然会带来错误的结论。要避免偏倚则要从研究设计阶段就做好控制，..... 阅 读 全 部 >
案例在手，思路不愁！今天继续为大家分享几篇微生物组+代谢组多组学应用在肠道样本中的文献案例。案例1：原名：Microbiome-metabolome reveals the contribution of gut-kidney axis on kidney disease译名：微生物-代谢组学揭示了肠道-肾轴对肾脏疾病的贡献期刊：Journal of Translational M...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
扩增子和宏基因组数据分析实用指南A practical guide to amplicon and metagenomic analysis of microbiome dataProtein Cell [IF: 10.164]DOI: https://doi.org/10.1007/s13238-020-00724-8Review: 2020-5-11第一作者：刘永鑫1,2,3, 秦媛1,2,3... 阅 读 全 部 >
在前两期的推送稿中，我们为大家介绍了宏基因组组装的基本原理和操作。基于组装序列，我们可以实现基因预测、物种注释、功能注释等相关分析，从而研究微生物菌群结构、菌属功能及作用机制。因此，本期我们将从基因预测的原理和操作两个部分出发，为大家介绍基于组装序列的基因预测。1基因预测原理宏基因组基因预测一般包括同源预测和从头预测。同源预测是通过与基因的同源序列比对，从而获得与已知基因序列最大匹配，其预测依赖于... 阅 读 全 部 >
为什么要做调研图基因组测序现在已经成为生物学研究的一个重要手段，基因组的杂合度和重复序列对后续基因组组装有很大的影响。高杂合的基因组往往无法合并姊妹染色体，导致组装的结果偏大，而重复序列在组装中会被折叠，使组装中出现缺口、错误，导致组装的结果偏小。不同的生物体的基因组之间杂合率和重复序列含量差异巨大，因此在进行基因组测序前往往需要对基因组的特征进行调研，以确定测序方案，周期等。目前常用的调研手段有... 阅 读 全 部 >
为了深入探究物种进化、基因表达调控等生物学问题，组装一个高质量的参考基因组显得尤为重要。在进行基因组组装前，通常会借助Survey分析初步了解基因组的特征。那么，一张不起眼的Survey图究竟暗藏着怎样的玄机呢？下面，小编将与大家一起来揭秘！如何进行Survey分析？提到基因组Survey分析就不得不提K-mer评估，这是目前最常用的基因组Survey方法。所谓K-mer，是指从一...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
宏基因组组装有两种常见策略，一种是基于序列overlap关系进行拼接，代表软件有Omega；另一种就是基于de Bruijn图进行组装。基于序列overlap策略组装所要求的序列长度都比较长，因此这种策略更有利于跨越短重复序列，降低宏基因组中复杂的重复序列因素带来的干扰，参见上一篇文章《为什么宏基因组组装比一般的组装困难?》。由于现阶段的主流测序方法是二代短片段测序，序列短而且数目庞大，如果利用o... 阅 读 全 部 >