分类目录归档：科研教程

2023
03-28

如何分析TCGA数据之cBioportal网站

今天，小编将为大家介绍一个无需代码，并且免费使用的TCGA子数据库——cBioportal网站。毋庸置疑，这是一个科研汪们集万千宠爱的网站。首先，我们进入网站了解一下。官网网址为http://www.cbioportal.org/。进入官网后，主页分为以下三个区域，左侧的为选择研究的区域(按器官对各肿瘤分类)，中间是下载研究数据的区域，右侧区域是对各研究数据的一个总结及该癌种的临床信息。...阅读... 阅 读 全 部 >
2023
02-06

手把手教你做全基因组DNA甲基化测序分析

大家好，这是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。本期，我们讲讲全基因组DNA甲基化实验怎么做，从技术原理、建库测序流程、信息分析流程和研究套路等四方面详细介绍。一、全基因组甲基化测序技术原理表观修饰不需要改变 DNA 序列便能实现对性状的改变，表观修饰的改变与基因功能乃至细胞状态、发育、衰老、疾病等存在重要的关联。在众多的表观遗传修饰中，最为重要且研究最为...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2023
01-29

DNA甲基化研究的测序数据挖掘思路：干货分享

作者：易基因总体来说，DNA甲基化一般遵循三个步骤进行数据挖掘。首先，进行整体全基因组甲基化变化的分析，包括平均甲基化水平变化、甲基化水平分布变化、降维分析、聚类分析、相关性分析等。其次，进行甲基化差异水平分析，筛选具体差异基因，包括DMC/DMR/DMG鉴定、DMC/DMR在基因组元件上的分布、DMC/DMR的TF结合分析、时序甲基化数据的分析策略、DMG的功能分析等。...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
2023
01-29

一文读懂工具病毒如何助力国自然研究？

国家自然科学基金可以帮助研究型临床医生和科学家成长，在成长过程中国自然标书的申请，以及成果的转化，是一个永恒的话题。我们知道，国自然的转化成果类型包括：期刊论文、专利、会议论文、奖励、专著。那么工具病毒是如何助力老师们的国自然成果转化呢？为了便于老师们理解工具病毒的功能与应用场景，我从国自然官网上检索出了腺相关病毒[1]、慢病毒[2]、腺病毒[3]助力，国自然成果转化的期刊论文，进行简要解读...... 阅 读 全 部 >
2023
01-14

如何使用MEME预测序列motif？

做基因家族分析或者其他一些需要同时展示一个序列集合的保守序列区域（motif或者pattern的时候），最常用的工具，应该是MEME suite。MEME Suite是集合众多预测和注释motif工具的在线网站，其中MEME是一款强大的分析motif软件，MEME算法是基于最大期望值（EM）算法来识别motif。工具：MEME链接：http://meme-suite.org/ 具体的操作如...阅... 阅 读 全 部 >
2023
01-13

如何从ENCODE数据库中快速获取组蛋白chip-Seq的可视化数据

在我们平时的科研中，常常需要知道自己研究的基因组区段是否位于一些调控元件上，如enhancer，promoter或者特定蛋白结合位点（如TFBS）等。ENCODE (Encyclopedia of DNA Elements) 作为DNA调控元件百科全书整合了14,046个来自不同组织或细胞系的各类实验数据，并能通过UCSC genome browser快速可视化检索结果。...阅读全文>&g... 阅 读 全 部 >
2023
01-13

转录调控必知数据库：ENCODE

之前我们在介绍很多转录调控相关的数据库的时候，都会提到这些数据库包含了ENCODE数据库。那么ENCODE数据库是什么样的数据库呢？ENCODE（Encyclopedia of DNA Elements, https://www.encodeproject.org/），翻译成中文就是 DNA元素百科全书，其主要目的是为了了解这个基因组当中的调控反应，主要方法还是利用高通量的测序技术来...阅读全文... 阅 读 全 部 >
2022
12-15

13分纯生信分析全流程解析！学会成为组会上最靓的仔！

解读生信之美，探索每篇文章背后的故事大家好呀，我是风间琉璃。前面我们学习了这么多转录因子相关的顶级文献操作（“17+干湿结合转录因子生信套路！新的技能点又增加了！国庆回来给老板汇报用！”、“真香预警！近30分多组学干湿结合套路，你看这些图是不是很熟悉，仿佛自己也能来一套的样子？！”、“中科院一区近30分SCI，给你演示下干湿结合顶级套路！学会这个模板，收获一波10+代表作！”），想必大家已经对Ch... 阅 读 全 部 >
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