肿瘤突变的类型丰富多样，包括点突变，杂合性缺失，缺失突变，倒位等等。如下图所示：小师妹最近在学习肿瘤克隆进化的过程中，发现人类的点突变的分类与农学里的差异较大，为了厘清这里边的关系，小师妹觉得非常有必要做一个系统的梳理。农学中的点突变，之前在Nature Genetics|从GWAS结果里挖掘候选基因方法微文中有描述，在GWAS定位的LD block中，将所有的SNP分为5类，再一次摘抄下来如下：... 阅 读 全 部 >
群体遗传学研究中，LD连锁不平衡分析是最常见的分析内容，也是关联分析的基础。在很多的遗传进化GWAS的文章中都会出现LD衰减及单体型block图，如果你还不是很了解的话，是时候补补课了哦～～LD概念当位于某一座位的特定等位基因与另一座位的某一等位基因同时出现的概率大于群体中因随机分布的两个等位基因同时出现的概率时，就称这两个座位处于连锁不平衡状态（linkage disequilibri...阅读... 阅 读 全 部 >
总结目前主流的免疫细胞浸润方法，整理归纳可用的资源及相关代码的实现，以及可视化方式，方便以后查询和分享。这里面提到的免疫浸润分析主要是基于组织样本转录组测序数据或者基因芯片数据的分析。因为我们取到的肿瘤组织并不只是包含肿瘤细胞，其中还有正常细胞、免疫细胞、基质细胞、血管细胞等。不同的细胞具有一些标志性的marker，免疫细胞也是一样。因此，可以根据这些marker基因在组织中的表达...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
种数据挖掘文章本质上都是要把目标基因集缩小，比如表达量矩阵通常是2万多个蛋白编码基因，不管是表达芯片还是RNA-seq测序的，采用何种程度的差异分析，最后都还有成百上千个目标基因。如果是临床队列，通常是会跟生存分析进行交集，或者多个数据集差异结果的交集，比如：多个数据集整合神器-RobustRankAggreg包 ，这样的基因集就是100个以内的数量了，但是仍然有缩小的空间，比如lasso等统计学... 阅 读 全 部 >
系统发育树系统发育树（phylogenetic tree），又称系统发生树、演化树、进化树、系统树、系统演化树、种系发生树等。表明被认为具有共同祖先的各物种之间的演化关系树形图，用来描述物种之间的分类和演化关系。自达尔文时期，很多生物学家希望用一棵树的形式，描述地球上各个物种的演化史。最理想的方法，就是采集各个物种的化石（直接证据），基于化石信息构建系统树。但是最大的缺点就是化石零散、不完整，甚至... 阅 读 全 部 >
分化时间，当前宏观进化分析的一个热点，以某一特定类群的化石记录作为参照点，通过基因序列间的分歧程度以及分子钟来估计速率恒定分支间的分歧时间，同时计算系统发育树上其它节点的发生时间，从而推断相关类群的起源时间和不同类群的分歧时间。在这里有一个重要概念，分子钟：一个特定的生物大分子（蛋白质或DNA）在所有的演化谱系中具有恒定的演化速率。其中，演化谱系指不同类群。目前进行分化时间分析的软...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
声明：本文转载自“微生物生态”公众号，一个有干货的公众号系统发育树系统发育树（Phylogenetic tree）又称为系统进化树，是用一种类似树状分支的图形来概括各物种之间的亲缘关系，可用来描述物种之间的进化关系。1.系统发育树构建步骤2.多序列比对 系统发育树构建的第一步是进行多序列比对，常用的软件包括MEGA， cluster X，Muscle，phylip等。（都很常用，就看哪个...阅读... 阅 读 全 部 >
前言拷贝数变异（copy number variation ,CNV）是指基因组上某些大片段的拷贝数增加或减少，可分为缺失（deletion）和重复（duplication）两种类型。CNV是一种基因组结构变异，可通过改变基因剂量和转录结构等来调节有机体的可塑性，是个体表型多样性和群体适应性进化的主要遗传基础之一。在基因组中，CNV的变异形式主要包括单个片段的倍增、缺失和多次重复，其中，最常见..... 阅 读 全 部 >
中文名：百香果染色体水平的参考基因组装可提供对香气生物合成的见解英文名：Chromosome-level reference genome assembly provides insights into aroma biosynthesis in passion fruit (Passiflora edulis)杂志：Molecular Ecology Resources发表时间：2020年12月... 阅 读 全 部 >
作者：微生态编译：微科盟中元，编辑：微科盟茗溪、江舜尧。微科盟原创微文，欢迎转发转载，转载须注明来源《微生态》公众号。导读人类肠道中有胆汁酸7α-去羟基细菌，通过bai操纵子编码的酶从宿主来源的胆汁酸中产生次级胆汁酸，如脱氧胆酸(DCA)。虽然最近的宏基因组研究表明，这些细菌是高度多样化和丰富的，但DCA生产者很少被确认。本文研究了20世纪80年代从人类粪便中分...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >