「如何FFPE样本中获得高质量DNA？」，带你解锁！

FFPE样本是医学领域常见的生物材料。此类样本已经被广泛应用于高通量测序、原位杂交、免疫组织化学等研究领域。目前，全球约有数亿FFPE组织样本,这些组织样本已经是疾病诊断和科学研究的最为宝贵的生物学资源之一。

从FFPE中获得高质量核酸，是顺利推进下游实验的第一步。那么，如何从FFPE样本中获得高品质的核酸来进行下游实验呢？今天小编就来为您支招儿！

01 什么是FFPE样本？

FFPE（Formalin-fixed paraffin-embedding）即用福尔马林将组织或细胞固定后用石蜡包埋，是一种组织或细胞保存技术。福尔马林中的甲醛可以与蛋白质的氨基结合，使蛋白质凝固变性，保持组织细胞结构的完整性。通过FFPE技术处理得到的样本我们称为FFPE样本，因实际使用时会切成薄片，也称石蜡切片。

02 FFPE样本的应用

这项技术长期以来在临床检验、医学科学研究中得到广泛应用，尤其是细胞形态学研究和肿瘤病理学研究，如：HE染色、免疫组化及荧光原位杂交等。随着分子生物学的发展，FFPE样本在分子诊断及研究的应用需求越来越多。目前在NGS医检所中，除去血液样本，接收的所有组织样本几乎均为蜡块、白片、蜡卷等FFPE样本。为了保证实验数据的准确性与真实性，从FFPE样本中纯化出高质量的核酸十分重要。

FFPE样本的多个应用场景

FFPE样本提取流程分析

福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）样本的核酸检测流程主要包括四大流程：

核酸的提取与纯化，是FFPE样本核酸检测的第二步，其质量直接影响后续的PCR、测序等分析的顺利进行，在检测流程中占据极其重要的地位。

核酸提取的原则首先保证一级结构的完整性，其次要排除其它分子的污染。FFPE样本由于经历了福尔马林固定以及石蜡包埋的双重处理，使样本内部发生了变化，从而给该样本的核酸提取带来了诸多挑战。

FFPE样本检测中诸多挑战

·总量少

·在FFPE样本的制备过程中，组织经福尔马林固定、石蜡包埋时很容易引起DNA的降解，长期的储存也会导致核酸进一步降解

·组织消化不彻底会严重影响DNA的得率

·存在C>T/G>A等碱基替换造成检测结果的假阳性

·脱蜡试剂残留会干扰后续建库实验

·DNA损伤的变异数量和类型，如果忽略，可能会对最终结果产生负面影响，这对下游应用比如测序的影响是巨大的：从简单测序文库构建的失败到虚假文库的产生，最终导致结果的错误。

04 提取FFPE样本的秘诀

1.从源头抓起，完善样本的前处理

离体时间：取材后应在30min内及时固定，防止组织变质。

样本要求：选择合适大小的组织块制作石蜡包埋组织样本，一般不超过15x10x5mm。

固定液选择：建议使用10%中性福尔马林固定液对组织进行固定，固定液应为被固定标本体积的5-10倍，并定期更换。

固定时间：根据样本情况调节固定时间，一般在24-48h为宜，固定时间过长会加重FFPE DNA的片段化。

包埋要求：选用纯净且熔点适宜的蜡，包埋要迅速，禁用明火。

切片厚度：包埋好的组织样本根据需要确定切片厚度，标准切片厚度为4μm，用于核酸提取的切片可以在10-20μm，保证切片厚度的持续稳定。

2.选择合适的提取试剂盒

工欲善其事，必先利其器，提取FFPE是所有研究开始的第一步。目前市场上有多种提取试剂盒，选择合适的试剂盒才能保证实验的成功率。为了能更好地从FFPE样本中获取足量的高质量的核酸，凡知医学研发出针对FFPE样本的核酸提取试剂盒。

组织石蜡切片基因组

DNA提取试剂盒（磁珠法）

本产品采用独特的无二甲苯的脱蜡配方裂解释放石蜡切片组织中的微量DNA，并利用经过特殊修饰的纳米级超顺磁性微球对DNA进行选择性吸附，从而实现高质量DNA的提取。

【产品应用】

适用于临床检验中肿瘤组织基因突变检测、个性化药物疗法的诊断等核酸类检测项目的样品前处理。

【产品优势】

快速安全：2小时内即可完成实验，不依赖毒性有机溶剂（如二甲苯）进行脱蜡，使用安全。

产物纯度高：采用特殊表面处理的纳米级超顺磁性微球可特异性吸附DNA，污染低。

场景灵活：既可支持手动提取，又可高效的与液体工作站或全自动核酸提取仪配套使用，以进行快速、大样本量的提取，提升整体效率。

【案例展示】

利用本试剂盒产品对切片（编号1-3为一组，编号4-6为一组）提取DNA，通过Nanodrop仪测试浓度。结果显示两组数据A260/A280比值结果均在1.8-2.0之间，蛋白、盐类等杂质污染少，纯度高；通过组内及组间对比，显示结果均一稳定。

编号1-8样本DNA浓度结果展示

最后编辑：2023-12-31

作者：萌小白

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